| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484170 | 151 (0.790) | 20 (0.130) | 11/132 | NT | 12.2% | intergenic (+32/+34) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2484183 | 163 (1.040) | intergenic (+45/+21) | USA300HOU_RS12795/mqo1 | hypothetical protein/putative malate:quinone oxidoreductase 1 | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACCGTTTCGTTTATTATTTAACTTGTAAATACTTAGTTACTTCTTCATTAATTTTATGATATAAATCCTC > USA300TCH1516_ALE/2484080‑2484260 | tttAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTAt > 1:2596984/1‑91 (MQ=255) tttAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTAt < 2:3385328/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACACTTAATATGATTTTTATTAACCACTACCAAAAGGTAATGTCTATc > 2:199692/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATc > 1:2127352/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATc > 2:258799/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATca > 1:859585/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATca > 1:1049529/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATca > 1:1913342/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATcac < 1:1028902/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACAtt > 2:3264583/1‑91 (MQ=255) aaCAAGAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACAtt > 1:725675/1‑91 (MQ=255) gAACTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTaaaaa > 1:3822007/1‑91 (MQ=255) aaCTACGTAGACACTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAa > 1:824339‑M2/1‑90 (MQ=255) aCTACGTAGACACTATTAACAAGCATGTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAag > 2:3362500‑M2/1‑89 (MQ=255) 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acacTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattaccg > 1:444098‑M2/1‑80 (MQ=255) cacTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTtttttaatgtgatagacattaccgt < 2:1177278‑M1/91‑26 (MQ=255) cTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTtttttaatgtgatagacattaccgttt < 1:1533327‑M1/91‑28 (MQ=255) cTATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAagacattaccgttt < 2:2206355‑M2/91‑15 (MQ=255) tATTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttc > 2:521850/1‑91 (MQ=255) aTTAACAAGTAACTAAAACAAGTAAAATGATTTTTAATAAACAATAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcg < 2:761180/91‑1 (MQ=255) aTTAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcg < 1:2567508/91‑1 (MQ=255) tAACAAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAACCACTAAAAAACGGTAATGTCTATCACATTAAAAAAGACATTACcgtttcgtt > 2:2851788/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |