| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2508438 = | 213 (1.120) | 30 (0.180) | 14/138 | NT | 16.0% | intergenic (+26/+81) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2508486 = | 132 (0.800) | intergenic (+74/+33) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT | |||||
GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2508538‑2508438‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAA > USA300TCH1516_ALE/2508486‑2508575 GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACA < 2:3020128/91‑1GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACA < 2:1673539/91‑1GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACA < 1:1103346/91‑1GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACA < 1:2027751/91‑1GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACA < 1:2027679/91‑1 CTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACAT > 2:1884808/1‑91 TCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATT > 1:1891505/1‑91 CATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTA < 2:1879194/91‑1 CATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTA < 2:1879010/91‑1 GAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATGCAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGC < 2:825921/91‑1 GAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGC < 1:688708/91‑1 GAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGC < 2:736048/91‑1 GAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGC < 2:1876924/91‑1 GAAAAACGGGTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGC > 2:726786/1‑91 AAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCT < 1:1619009/91‑1 AAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCT < 1:1619468/91‑1 AAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTT > 2:2036954/1‑91 AAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTT > 1:3430522/1‑91 AAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTT > 1:2984040/1‑91 AAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTT > 1:2984041/1‑91 AATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTATGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAAC > 1:3073432/1‑91 AATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAAC > 1:1834034/1‑91 ACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGT > 1:2093751/1‑91 ACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGT > 2:2378605/1‑91 AAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTT > 2:1012814/1‑91 AAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTT > 1:939909/1‑91 AAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTT > 1:471947/1‑91 GCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTC > 1:3541606/1‑91 CCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTACATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCA > 2:2312989/1‑91 CTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAA > 1:356575/1‑91 CTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATGACATATCAACCGTTTTTCAA > 2:701554/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 1:657810/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 1:657942/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 1:534650/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 1:2465037/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 2:821599/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 2:822114/1‑91 TTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAT > 1:3588940/1‑91 AATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGA > 1:3822472/1‑91 AATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGA > 2:196557/1‑91 ATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAG > 1:966247/1‑91 ATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCC > 2:2795990/1‑91 ATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCC > 2:2795829/1‑91 ATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCC > 1:772570/1‑91 TCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCA > 2:1727575/1‑91 TCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCA > 2:1726965/1‑91 TCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCA > 2:1726090/1‑91 CATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCAT > 2:2722308/1‑91 CATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCAT > 1:3080780/1‑91 ATTCGTAGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTG > 2:2010943/1‑91 ATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCA > 2:348895/1‑91 ATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCA < 1:3515068/91‑1 TTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCAT > 1:56247/1‑91 TTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCAT > 1:1475946/1‑91 tacGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTCTTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATG > 2:1616994/4‑91 TAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATG > 1:822978/1‑91 TAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATG > 2:2631329/1‑91 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 1:32175/91‑1 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 2:3735925/91‑1 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 2:2877083/91‑1 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG > 1:719739/1‑91 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 1:395793/91‑1 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 1:1587852/91‑1 AAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGG < 1:472297/91‑1 AGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGT < 1:789578/91‑1 AGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGT > 1:1878100/1‑91 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAA < 1:2995563/91‑1 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAA > 1:1534939/1‑91 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAA > 1:494895/1‑91 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAA > 1:1534890/1‑91 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAA > 1:1441618/1‑91 GCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAAGGACGCATGGTAA < 1:2973564/91‑1 CTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAA < 2:1863148/91‑1 CTTTGTAGTTAACTAAATGAAAGGCATGGATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCAAATTCTTATTGGTATAAATGACGCATGGTAAA < 1:1714946/91‑1 TGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAA > 1:324405/1‑91 TGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAA < 2:1729960/91‑1 TGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAA > 2:1136870/1‑91 GCTCATTGAAAAACGGTTGATATGTAATACATGCCATTCATTTAGTTAAATACAAAGCCTTAATATCATGCGCAATATTCGTAGCATGACATTAAGGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2508538‑2508438‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAA > USA300TCH1516_ALE/2508486‑2508575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |