| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2508438 = | 213 (1.120) | 30 (0.180) | 14/138 | NT | 16.0% | intergenic (+26/+81) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2508486 = | 132 (0.800) | intergenic (+74/+33) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT | |||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TTACCTTGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTT > USA300TCH1516_ALE/2508348‑2508528 | ttatttaccatgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaataca > 2:1136870‑M1/91‑91 (MQ=255) tACCTTGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTaa < 2:1755394/91‑1 (MQ=255) tttaccatgcgtcatttataccaataagaatttggctcattgaaaaacggttgatatgtaatccatgcctttcatttagttaactacAAAg < 1:1714946‑M1/4‑1 (MQ=255) ccTTGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAg < 1:1832593/91‑1 (MQ=255) ttaccatgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGc < 1:2995563‑M1/5‑1 (MQ=255) cTTGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGc > 1:1884808/1‑91 (MQ=255) ttGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGcc > 2:3159061/1‑91 (MQ=255) ttGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGcc > 2:258426/1‑91 (MQ=255) tGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCt < 1:1384491/91‑1 (MQ=255) tGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCt < 2:2876592/91‑1 (MQ=255) tGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCt > 2:505432/1‑91 (MQ=255) accatgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCt < 1:789578‑M1/7‑1 (MQ=255) gCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCtt > 1:3869972/1‑91 (MQ=255) gCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCtt < 2:32558/91‑1 (MQ=255) gCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCtt > 1:1845625/1‑91 (MQ=255) gCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCtt < 1:1211199/91‑1 (MQ=255) gCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCtt > 2:1264292/1‑91 (MQ=255) ccatgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCtt < 1:32175‑M1/8‑1 (MQ=255) ccTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATCGTCAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTa > 2:2409486/1‑91 (MQ=255) catgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaagacatgccattcatttagttaaatacAaagccgta > 2:1616994‑M1/83‑88 (MQ=255) atgcgtcatttataccaaaaagaatatggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTaa > 1:1475946‑M1/82‑91 (MQ=255) tAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAAt > 1:3676637/1‑91 (MQ=255) aaTCAAACCAAGCAATGAACCTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTc > 2:3395320/1‑91 (MQ=255) aaTCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAAGTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTc < 1:3082663/91‑1 (MQ=255) tCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCAt < 2:2102588/91‑1 (MQ=255) taaaCCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATg < 2:2187/90‑1 (MQ=255) cAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATg < 2:1711680/91‑1 (MQ=255) cAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATg < 2:2761/91‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCt > 2:2607176/1‑91 (MQ=255) aCCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTa > 2:3681654/1‑91 (MQ=255) aCCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTa > 1:1103482/1‑91 (MQ=255) ccAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTAc > 1:1869116/1‑91 (MQ=255) ccAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTAc > 2:3820643/1‑91 (MQ=255) ccAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTAc > 1:413151/1‑91 (MQ=255) cAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACg < 1:75256/91‑1 (MQ=255) aaGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGa > 2:2344449/1‑91 (MQ=255) aGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGaa > 1:2849757/1‑91 (MQ=255) aGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGaa > 1:608169/1‑91 (MQ=255) gCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAat < 2:318802/91‑1 (MQ=255) aTGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATAtt > 2:3080986/1‑91 (MQ=255) aTGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATAtt > 2:337060/1‑91 (MQ=255) aTGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATAtt > 1:1973373/1‑91 (MQ=255) aTGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATAtt > 1:1248412/1‑91 (MQ=255) aaaCTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTgcg < 1:1089931/91‑1 (MQ=255) aaCTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTgcgc > 2:2941664/1‑91 (MQ=255) aaCTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTgcgc > 2:448395/1‑91 (MQ=255) ctactTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCAt < 1:722786/91‑1 (MQ=255) ctactTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCAt > 2:2642518/1‑91 (MQ=255) tactTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTAAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATg < 2:3458763/91‑1 (MQ=255) tggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGa > 2:1726965‑M1/56‑91 (MQ=255) ggctcattgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGat > 2:2795990‑M1/55‑91 (MQ=255) ctTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGat > 2:783366/1‑91 (MQ=255) ttCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGata < 2:2700686/91‑1 (MQ=255) ttCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGata < 1:2030803/91‑1 (MQ=255) tcatcaACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGatat < 2:539952/91‑1 (MQ=255) catcaACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATAtt < 2:2784673/91‑1 (MQ=255) atcaACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTa < 1:3153341/91‑1 (MQ=255) attgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTaa > 1:534650‑M1/50‑91 (MQ=255) attgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTaa > 1:2465037‑M1/50‑91 (MQ=255) attgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTaa > 2:822114‑M1/50‑91 (MQ=255) ttgaaaaacggttgatatgtcatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAg > 2:701554‑M1/49‑91 (MQ=255) ttgaaaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAg > 1:356575‑M1/49‑91 (MQ=255) aaCATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAgg > 2:3662957/1‑91 (MQ=255) cATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCt > 1:2909397/1‑91 (MQ=255) cATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCt > 1:493206/1‑91 (MQ=255) aaaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCtt > 1:939909‑M1/45‑91 (MQ=255) aTCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCtt > 2:650845/1‑91 (MQ=255) aaacggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCttt > 2:1012814‑M1/44‑91 (MQ=255) cTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTg < 1:1532158/91‑1 (MQ=255) aTTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTa > 2:2292778/1‑91 (MQ=255) aTTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTa < 2:3534742/91‑1 (MQ=255) ttCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAt > 1:3470746/1‑91 (MQ=255) ttCCAATTTCATAGTAAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAt > 1:3307344/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAtt < 2:2866091/91‑1 (MQ=255) ccAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAttt > 2:2501946/1‑91 (MQ=255) aaTTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTaa < 1:477472/91‑1 (MQ=255) tttCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACt > 1:2324004/1‑91 (MQ=255) tCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTaa < 2:3017693/91‑1 (MQ=255) tAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatg > 2:144037/1‑91 (MQ=255) aGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatga > 2:3747209/1‑91 (MQ=255) gTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaa > 2:1923768/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaatg < 1:3061860/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATgg > 2:3013263/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCa < 1:2731956/91‑1 (MQ=255) tttAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCAt > 2:2444785/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATg < 1:2352065/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTa < 2:3583915/91‑1 (MQ=255) aaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTAt > 1:1423184/1‑91 (MQ=255) aaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTAt > 1:3538082/1‑91 (MQ=255) aTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTa < 1:2810049/91‑1 (MQ=255) aTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTa > 1:2591013/1‑91 (MQ=255) gAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACa > 2:2013779/1‑91 (MQ=255) tACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACatat > 1:2621908/1‑91 (MQ=255) tACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACatat < 2:3849527/91‑1 (MQ=255) acacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATc < 2:2849757/91‑1 (MQ=255) acacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATc < 1:1544055/91‑1 (MQ=255) actactAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCaa < 1:3397477/91‑1 (MQ=255) actaAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCg < 1:1802855/91‑1 (MQ=255) ctaAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGt > 1:678831/1‑91 (MQ=255) AAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGttt > 1:2984040‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTACCTTGCCTAAAATCAAACCAAGCAATGAAACTACTTCATCAACATCTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTT > USA300TCH1516_ALE/2508348‑2508528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |