| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2508438 = | 213 (1.120) | 30 (0.180) | 14/138 | NT | 16.0% | intergenic (+26/+81) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2508486 = | 132 (0.800) | intergenic (+74/+33) | USA300TCH1516_02393/narT | Acid shock protein/putative nitrate transporter NarT | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2508396‑2508576 | cTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTg < 1:1532158/91‑1 (MQ=255)cTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTg < 1:2754950/91‑1 (MQ=255)cTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTg < 1:527822/91‑1 (MQ=255) tATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGt > 1:2475690/1‑91 (MQ=255) acggttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGt > 2:2378605‑M1/42‑91 (MQ=255) ttCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAt > 1:3470746/1‑91 (MQ=255) ttCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAt > 1:234353/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAtt < 2:2866091/91‑1 (MQ=255) gttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAtt > 1:1834034‑M1/39‑91 (MQ=255) gttgatatgtaatacatgccattcatttagttaaatacAAAGCCATAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAtt > 1:3073432‑M1/39‑91 (MQ=255) ccAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTAttt > 1:325265/1‑91 (MQ=255) tttCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACt < 2:2601565/91‑1 (MQ=255) tttCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACt > 2:472297/1‑91 (MQ=255) tCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTaa < 2:3017693/91‑1 (MQ=255) tAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatg > 2:144037/1‑91 (MQ=255) gTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaa > 2:1923768/1‑91 (MQ=255) gTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaa > 1:2355508/1‑91 (MQ=255) gTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaa > 1:3384913/1‑91 (MQ=255) gTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAaatgaa < 1:490078/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATgg < 2:1274968/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATgg < 1:1803651/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATgg > 2:3013263/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGc < 2:2499362/91‑1 (MQ=255) tttAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGTTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCAt > 2:2444769/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATg < 2:3220638/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTa < 2:3583915/91‑1 (MQ=255) aaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTAt > 1:1848452/1‑91 (MQ=255) aaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTAt > 2:3820153/1‑91 (MQ=255) aaaTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTAt > 1:1423184/1‑91 (MQ=255) aTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTa < 1:2810049/91‑1 (MQ=255) aTGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTa > 1:2591122/1‑91 (MQ=255) gAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACa > 2:2013779/1‑91 (MQ=255) tACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACatat > 1:2621908/1‑91 (MQ=255) tACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACatat < 2:3849527/91‑1 (MQ=255) acacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATc < 1:1264292/91‑1 (MQ=255) acacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATc < 2:2849757/91‑1 (MQ=255) cacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCa > 2:3357327/1‑91 (MQ=255) cacTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCa < 2:2784473/91‑1 (MQ=255) actactAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCaa < 1:3398290/91‑1 (MQ=255) actactAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCaa < 1:3009123/91‑1 (MQ=255) ctactaAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAAc < 2:2531610/91‑1 (MQ=255) acaaagccttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGt > 1:2093751‑M2/51‑91 (MQ=255) AAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGttt > 1:2984041‑M1/1‑91 (MQ=255) aagccttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGtttt > 1:939909‑M2/48‑91 (MQ=255) AAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGtttt > 1:3430522‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGttttt < 1:1619468‑M1/91‑1 (MQ=255) gccttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTc > 1:3541606‑M2/46‑91 (MQ=255) GCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCACCCGTTTTTc > 2:726786‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTc < 2:1876924‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTc < 1:688708‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGCATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTc < 2:825921‑M1/91‑1 (MQ=255) cttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATGACATATCAACCGTTTTTCaa > 2:701554‑M2/44‑91 (MQ=255) ttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAt > 1:657942‑M2/43‑91 (MQ=255) ttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAt > 2:821599‑M2/43‑91 (MQ=255) ttaatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAAt > 1:3588940‑M2/43‑91 (MQ=255) TAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATg < 2:1879194‑M1/91‑1 (MQ=255) aatatcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGa > 1:3822472‑M2/41‑91 (MQ=255) AATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGa > 1:1891505‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGc < 1:1103346‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGc < 1:2027679‑M1/91‑1 (MQ=255) atcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGcc > 1:772570‑M2/38‑91 (MQ=255) atcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGcc > 2:2795829‑M2/38‑91 (MQ=255) tcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCa > 2:1726090‑M2/37‑91 (MQ=255) tcatgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCa > 2:1727575‑M2/37‑91 (MQ=255) catgcgcaatattcgtagcatgacattaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCat > 1:3080780‑M2/36‑91 (MQ=255) cATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCat < 1:1586946/91‑1 (MQ=255) cATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCat < 2:3490354/91‑1 (MQ=255) cATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCat > 1:550515/1‑91 (MQ=255) cATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCat < 2:3082592/91‑1 (MQ=255) aTGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCata < 1:2344449/91‑1 (MQ=255) aTGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCata > 1:1780988/1‑91 (MQ=255) aTGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCata > 1:883911/1‑91 (MQ=255) aTGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCata < 1:2724617/91‑1 (MQ=255) aTGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCata > 1:2970538/1‑91 (MQ=255) tGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCatat > 2:2102556/1‑91 (MQ=255) gCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATAtt < 2:2939414/91‑1 (MQ=255) cTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTc > 1:2455747/1‑91 (MQ=255) aCGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCtt > 1:618186/1‑91 (MQ=255) aCGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCtt > 1:9913/1‑91 (MQ=255) gAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCACTGAGCCATATTCtttt > 2:3715138/1‑91 (MQ=255) atatTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTg > 1:1189438/1‑91 (MQ=255) tatTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTgg > 1:2238388/1‑91 (MQ=255) tatTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTgg > 2:2927564/1‑91 (MQ=255) tatTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTgg > 1:3093113/1‑91 (MQ=255) atTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGt < 1:3767707/91‑1 (MQ=255) ttGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTTAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGta > 2:3233481/1‑91 (MQ=255) gcATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATaaa > 2:2205784/1‑91 (MQ=255) aTGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATg < 1:3676111/91‑1 (MQ=255) aTGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATg < 1:28750/91‑1 (MQ=255) aTGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATg < 2:1983315/91‑1 (MQ=255) attaaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCa < 1:3515068‑M2/80‑1 (MQ=255) tacggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTCTTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATg > 2:1616994‑M2/10‑91 (MQ=255) taaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATg > 1:822978‑M2/10‑91 (MQ=255) aaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATgg < 1:472297‑M2/83‑1 (MQ=255) aaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATgg < 2:3735925‑M2/83‑1 (MQ=255) aaggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATgg < 1:32175‑M2/83‑1 (MQ=255) aggctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGt < 1:789578‑M2/84‑1 (MQ=255) gctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTaa > 1:1534939‑M2/6‑91 (MQ=255) gctttGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTaa > 1:1441618‑M2/6‑91 (MQ=255) tGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAaataa > 2:1136870‑M2/2‑91 (MQ=255) | CTATTCCAATTTCATAGTTAAATTTAAAATGAATACACTACTAAAGCCTTAATGTCATGCTACGAATATTGCGCATGATATTAAGGCTTTGTATTTAACTAAATGAATGGCATGTATTACATATCAACCGTTTTTCAATGAGCCATATTCTTTTTGGTATAAATGACGCATGGTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2508396‑2508576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |