| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 160 (0.840) | 12 (0.080) | 7/130 | NT | 7.7% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 157 (1.020) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2525486‑2525589‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgaccgatatatTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATG < USA300TCH1516_ALE/2525624‑2525535 ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:3122615/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:2136201/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 1:3213431/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:1065633/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:2135950/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:2109181/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTACCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:3123488/1‑91ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTACCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 2:3122604/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG > 1:3723346/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG < 1:430135/91‑1 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG > 2:3384867/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG > 2:364884/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG > 1:1318298/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG < 2:3138412/91‑1 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 2:336729/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 1:1668996/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 1:1669279/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 2:337886/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTT‑TTAATTTAAAAAAAagg < 2:288781/91‑4 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 2:1706749/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 1:750863/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 1:1267808/1‑91 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 2:3351322/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA > 1:3123415/1‑91 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 1:1015141/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 1:1182307/91‑1 TATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCG > 2:1248758/1‑91 TATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCG < 1:3866452/91‑1 ATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGA < 2:3653434/91‑1 ATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGA > 2:2272420/1‑91 ATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTAAATAAATAAAAAAAAGCGACCGA < 2:3653366/91‑1 ATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTATGTAAAAAAAAAAAAAGCGACCGA < 2:346291/91‑1 AATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATA < 2:3675099/91‑1 ATGTAGAAGCACGCAATTCCCTGATCCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTAATAAATAAAAAAAAGCGACCGATAT < 2:2365444/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT < 1:211803/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT > 1:2074370/1‑91 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT < 1:168825/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT > 2:3036507/1‑91 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT > 1:2074152/1‑91 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATA > 1:2808627/1‑91 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATA > 1:2808626/1‑91 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATA > 1:893508/1‑91 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATA > 1:961731/1‑91 AAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAA > 2:1717178/1‑91 ATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATG > 2:1236056/1‑91 TAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTA < 1:1597888/91‑1 TAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTA < 1:1598076/91‑1 TAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTA < 1:3792264/91‑1 TAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTA < 1:3792251/91‑1 CATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGA < 1:691745/91‑1 CATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGA < 1:1236056/91‑1 CATATTCCTTATACATTTTCCCTGTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCA < 1:1126045/91‑1 TCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATC‑AAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATC < 1:3766738/91‑1 TATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGT < 1:1717178/91‑1 TATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGT < 2:3204819/91‑1 gTACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTC < 2:3850310/90‑1 ACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGC < 1:1981058/91‑1 AGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTT < 1:1832325/67‑1 AGCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTT > 2:1832325/1‑67 GCGACCGATCTATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGCAAAATGT > 1:1947630/1‑91 GCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATCAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTATTTGATTTAACAAAAAGAGAAAATGT > 2:3369510/1‑91 GCGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGT > 2:3297873/1‑91 CGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTA > 2:3055144/1‑91 CGACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTA < 2:680695/91‑1 GACCGATATATTAATGGTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAAAAAAAAGGGAAAATGTAT < 2:624407/91‑1 GACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTAT < 1:1458352/91‑1 GACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAGGGAAAATGTAT < 2:1864014/91‑1 ACCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATA < 1:1389130/91‑1 CCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAA > 1:1838730/1‑91 CCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTATGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAA > 2:1667029/1‑91 CCGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAAAGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAA > 1:1017367/1‑91 CGATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAG < 1:1264861/91‑1 GATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGG < 1:1623471/91‑1 GATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGG > 1:1503936/1‑91 ATATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGTTTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGA > 1:3263211/1‑91 TATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAA < 1:86233/91‑1 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAAT > 1:480835/1‑91 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAAT < 1:2205590/91‑1 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAAT > 1:1188755/1‑91 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAAT > 2:878417/1‑91 ATATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAAT < 2:3795294/91‑1 TATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATA < 1:3654393/91‑1 TATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATA > 2:668843/1‑91 ATTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATAT < 2:2099819/91‑1 TTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATG < 1:3562749/91‑1 TTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATG > 1:3143973/1‑91 ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2525486‑2525589‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgaccgatatatTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAACAAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATG < USA300TCH1516_ALE/2525624‑2525535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |