| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 160 (0.840) | 12 (0.080) | 7/130 | NT | 7.7% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 157 (1.020) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTT > USA300TCH1516_ALE/2525534‑2525713 | gCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTa < 1:2726533/91‑1 (MQ=255) atatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAat < 2:2099819‑M2/91‑3 (MQ=255) tatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAata < 1:3654393‑M2/91‑4 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 2:3795294‑M2/91‑5 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 2:878417‑M2/1‑87 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 1:2205590‑M2/91‑5 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 1:1188755‑M2/1‑87 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatc > 1:1503936‑M2/1‑84 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatc < 1:1623471‑M2/91‑8 (MQ=255) cTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcg < 1:1264861‑M2/91‑9 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCATAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 2:1667029‑M2/1‑82 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACTTTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 1:1017367‑M2/1‑82 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggt < 1:1389130‑M2/91‑11 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTTTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAACCATTAatatatcggtc < 2:624407‑M2/91‑12 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc < 1:1458352‑M2/91‑12 (MQ=255) ttttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCGAGCATTAATATATGGGTCGCTTg < 2:640827/91‑1 (MQ=255) ttttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTg > 1:3809108/1‑91 (MQ=255) ttttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTg > 2:3593712/1‑91 (MQ=255) tttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGt > 2:1817779/1‑91 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGGCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgt > 2:3213822/1‑91 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtg > 1:1967439/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtgt < 2:597865/91‑1 (MQ=255) cTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtgt > 2:3320417/1‑91 (MQ=255) ttttGTTAAATCAAAAATAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtat > 2:3564413/1‑91 (MQ=255) ttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtat < 2:3157239/91‑1 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtata < 2:52397/91‑1 (MQ=255) gTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtatta > 1:2460557/1‑91 (MQ=255) gTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtatta > 1:54247/1‑91 (MQ=255) ttAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtattat > 2:230435/1‑91 (MQ=255) aaaTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtattatta > 1:1750414/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATc < 2:1087467/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCt > 1:2527848/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCt > 1:3160834/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCtt < 1:1894452/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaga > 2:905336/1‑89 (MQ=255) aaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAt < 1:2268021/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 2:2175530/91‑1 (MQ=255) aGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtgg < 2:3097916/91‑1 (MQ=255) 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gAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAata < 2:3781667/91‑1 (MQ=255) gAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAata < 1:1706749/91‑1 (MQ=255) aaTCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGGAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat < 2:3192723/91‑1 (MQ=255) tCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatg < 1:1236056‑M2/91‑60 (MQ=255) cccTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGt < 1:2395317/91‑1 (MQ=255) tACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatgcatgacta < 1:1597888‑M2/91‑64 (MQ=255) aCTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCg > 2:1628980/1‑91 (MQ=255) aCTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCg > 2:2796364/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |