| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 160 (0.840) | 12 (0.080) | 7/130 | NT | 7.7% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 157 (1.020) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
TAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525500‑2525679 | tAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATg > 2:2469788/1‑91 (MQ=255)tAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATg < 2:3500243/91‑1 (MQ=255) aaaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaa > 2:1717178‑M1/1‑88 (MQ=255) aaaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGaa < 2:2937424/91‑1 (MQ=255) gtCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCAGGCATATTCCTTATACATGTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATc < 2:1664590/90‑1 (MQ=255) tCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATcc > 2:1947630/1‑91 (MQ=255) tCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATcc < 2:1474966/91‑1 (MQ=255) cAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATccc > 2:312687/1‑91 (MQ=255) cAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATccc > 2:2269623/1‑91 (MQ=255) gggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTa > 1:3265650/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 2:2858510/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc < 2:2173723/91‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc < 2:294539/91‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc < 1:1982518/91‑1 (MQ=255) 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ccTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACat > 1:1776896/1‑91 (MQ=255) ccTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACat < 2:2331868/91‑1 (MQ=255) cTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatt < 2:3750602/91‑1 (MQ=255) tGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACattt > 1:605283/1‑91 (MQ=255) tGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACattt > 1:2105304/1‑91 (MQ=255) aTGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatttat < 2:2371753/91‑1 (MQ=255) tGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatttatt < 1:2548017/91‑1 (MQ=255) tGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatttatt < 2:515618/91‑1 (MQ=255) cTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGa < 2:3884456/91‑1 (MQ=255) tGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGag > 1:1172804/1‑91 (MQ=255) gTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagc < 2:1535743/91‑1 (MQ=255) tAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagta < 1:1597888‑M1/91‑29 (MQ=255) tAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagca < 1:2517009/91‑1 (MQ=255) gTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaag > 2:1188755/1‑91 (MQ=255) gTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaag > 2:1860870/1‑91 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtaggga < 1:691745‑M1/91‑33 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca < 2:3009941/91‑1 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca > 1:2372071/1‑91 (MQ=255) tGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAtt > 1:2716349/1‑91 (MQ=255) tGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAtt > 2:371661/1‑91 (MQ=255) cATATTCCTTATACATTTTCCCTGTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattca < 1:1126045‑M1/91‑37 (MQ=255) atatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAat < 2:2099819‑M2/91‑3 (MQ=255) tatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAata < 1:3654393‑M2/91‑4 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 2:878417‑M2/1‑87 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 1:1188755‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatata < 1:86233‑M2/91‑6 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCATAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 2:1667029‑M2/1‑82 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggt < 1:1717178‑M1/91‑46 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc < 2:1864014‑M2/91‑12 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc < 1:1458352‑M2/91‑12 (MQ=255) taCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg < 2:680695‑M2/91‑13 (MQ=255) aCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 2:3297873‑M2/1‑78 (MQ=255) 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tatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATCAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTa < 2:33938/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa > 2:343794/1‑91 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 2:1267808/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 1:3192834/91‑1 (MQ=255) ttaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatg > 1:3143973‑M1/1‑1 (MQ=255) ttaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatatg < 1:3562749‑M1/91‑91 (MQ=255) | TAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525500‑2525679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |