| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2588434 = | 219 (1.150) | 17 (0.100) | 8/142 | NT | 8.3% | intergenic (+17/+151) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2588483 = | 184 (1.090) | intergenic (+66/+102) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2588532‑2588434‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > USA300TCH1516_ALE/2588483‑2588572 ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑T > 1:689022/1‑91ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑T > 1:3746582/1‑91 TTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TC > 1:3350717/1‑91 TTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TC > 1:1008700/1‑91 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTG < 1:29650/91‑1 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTG < 1:1492438/91‑1 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTG < 1:1492482/91‑1 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTG < 1:1492598/91‑1 ATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAG < 2:912916/91‑1 ATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAG < 2:2482377/91‑1 ATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAG < 1:3722109/91‑1 TATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGG > 1:3039753/1‑91 TATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGG > 1:1394036/1‑91 ATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGG < 1:2147586/91‑1 ATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGG < 2:1008700/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTATCCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGC < 1:3601960/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGC < 2:382213/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGC < 1:356736/91‑1 AAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCATTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCATCAT > 1:3135269/1‑91 ATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAAT‑TCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCAT > 2:1664866/1‑91 ATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAAT‑TCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCAT > 2:1664935/1‑91 TCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATA > 1:607805/1‑91 TCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATA > 1:1433100/1‑91 TCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATA > 2:280914/1‑91 TCAGAATATGAATTAAGGCTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TATGAGGGCTTTAATACTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATA > 1:1652776/1‑91 GAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAA > 1:95876/1‑91 GAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAA > 2:1647862/1‑91 GAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAA > 2:1647942/1‑91 ATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATT > 1:1254302/1‑91 ATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATT > 1:1176584/1‑91 TATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTA > 1:1331419/1‑91 ATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAT > 2:3456760/1‑91 ATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAT > 1:2098154/1‑91 ATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGCATTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAT > 2:60118/1‑91 TGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AGTTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTA > 1:3859404/1‑91 TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTC < 1:1081968/91‑1 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCA > 2:261600/1‑91 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCA > 2:724855/1‑91 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCA < 1:1010306/91‑1 TGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAA < 1:2085749/91‑1 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT < 1:394716/91‑1 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT < 2:698678/91‑1 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT > 2:559521/1‑91 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT < 1:3545998/91‑1 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT < 1:3546023/91‑1 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:1464341/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:1464278/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:243871/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:2392357/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:2326154/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 1:2326114/1‑91 GCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAGTTTCC > 2:3567805/1‑91 GCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAGTTTCC > 2:3567887/1‑91 GCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCC < 2:154708/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > 1:1860179/1‑91 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 1:3778559/91‑1 ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTT‑AG‑TCTTA‑TCTGAGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2588532‑2588434‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > USA300TCH1516_ALE/2588483‑2588572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |