| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2588434 = | 219 (1.150) | 17 (0.100) | 8/142 | NT | 8.3% | intergenic (+17/+151) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2588483 = | 184 (1.090) | intergenic (+66/+102) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
AAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCCG > USA300TCH1516_ALE/2588393‑2588573 | aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt > 1:2091809/1‑91 (MQ=255)aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 2:3806585/91‑1 (MQ=255) aagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCttt > 2:2001861/1‑91 (MQ=255) aagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCttt < 2:1112914/91‑1 (MQ=255) agaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTa > 1:941742/1‑91 (MQ=255) gaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTaa > 1:2765672/1‑91 (MQ=255) aTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAat > 1:1549376/1‑91 (MQ=255) aTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAat > 2:3531933/1‑91 (MQ=255) tagaaTGGACGACAAAGAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAata < 2:434710/88‑1 (MQ=255) atgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAatat > 2:1664866‑M1/33‑91 (MQ=255) atgatggtcacacaagaacttcaaatattaatGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAttt > 1:3135269‑M1/33‑91 (MQ=255) aaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAttt > 1:3003176/1‑91 (MQ=255) aaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAttt < 1:2038625/91‑1 (MQ=255) aTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTg > 2:2637520/1‑91 (MQ=255) tGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGa < 1:1708548/91‑1 (MQ=255) gacgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAg < 1:2180180/91‑1 (MQ=255) gacAAATTGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAATTGAAGTTc < 1:1945006/91‑1 (MQ=255) gacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTc < 1:1723565/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt < 2:2908129/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgt < 2:1346968/91‑1 (MQ=255) aTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtg > 1:294908/1‑91 (MQ=255) aTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAAGTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtg < 1:3280892/91‑1 (MQ=255) tAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgt > 1:3862131/1‑91 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 2:3368115/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 2:3166895/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 1:2098364/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 1:1269441/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg > 1:2383629/1‑91 (MQ=255) tttATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAc > 1:3235994/1‑91 (MQ=255) tttATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAc < 1:2600545/91‑1 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:1913827/91‑1 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:1844183/91‑1 (MQ=255) tataACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCa > 1:131741/1‑91 (MQ=255) tataACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCa > 2:3721641/1‑91 (MQ=255) tataACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCa > 1:1606468/1‑91 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 1:82103/91‑1 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 2:2344875/91‑1 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 2:1321699/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa > 2:3643223/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATcc > 1:923585/1‑91 (MQ=255) atattaaagccctcagaatatgaattaaggtttgtaaccttaattcatattctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCAt > 2:1664935‑M2/60‑91 (MQ=255) tAAAAATGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCa > 1:3716034/1‑91 (MQ=255) aaaaaTGCCCTCAGA‑TAAGCCT‑ATCGTTACAAACATTAATTCTTATTATGAAGGCTTTAATATTTGAAGTGATAGTGTGACCATCATCCac > 2:1399182/1‑91 (MQ=255) aaTGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCactac < 1:143616/91‑1 (MQ=255) aTGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCactact < 1:1993206/91‑1 (MQ=255) tGCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCActacta < 2:3498473/91‑1 (MQ=255) GCCCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTaa < 1:356736‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAata > 1:1394036‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAatat < 2:2482377‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAatat < 2:912916‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAatat < 1:3722109‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa < 1:1492438‑M1/91‑1 (MQ=255) tcagaatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAAtata > 2:280914‑M2/46‑91 (MQ=255) GA‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaaa > 1:1008700‑M1/1‑91 (MQ=255) A‑TAAGACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAAt > 1:689022‑M1/1‑91 (MQ=255) gaatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaaa > 2:1647862‑M2/43‑91 (MQ=255) gACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattatt > 1:2608604/1‑91 (MQ=255) gACT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattatt > 1:1189527/1‑91 (MQ=255) atgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattat > 2:3456760‑M2/39‑91 (MQ=255) aCT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAttt > 2:2193201/1‑91 (MQ=255) cT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattatt > 2:244042/1‑89 (MQ=255) cT‑AAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattatt < 1:244042/89‑1 (MQ=255) aaGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCa > 1:1341403/1‑91 (MQ=255) gTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTa < 1:2531755/91‑1 (MQ=255) ttACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTaa < 2:2313172/91‑1 (MQ=255) tACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAAc > 2:2685942/1‑91 (MQ=255) tACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAAc > 1:1892004/1‑91 (MQ=255) cAAACCTTAATTCATATTCTGAGGTCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGTCCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGc < 2:3599429/91‑1 (MQ=255) cAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGc < 1:2637520/91‑1 (MQ=255) cAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGc > 1:340079/1‑91 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt < 1:3178406/91‑1 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt > 1:3669188/1‑91 (MQ=255) taCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTa < 1:3515209/90‑1 (MQ=255) aaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTa < 1:2909555/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTa > 2:1508062/1‑91 (MQ=255) aaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTa > 2:1507826/1‑91 (MQ=255) aCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTaa > 2:2545632/1‑91 (MQ=255) ccTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTaaa < 1:585850/91‑1 (MQ=255) cTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTaaaa > 2:1835102/1‑91 (MQ=255) cTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTaaaa > 2:2879280/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAAt > 2:3884598/1‑91 (MQ=255) tAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATc < 2:1765258/91‑1 (MQ=255) tAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATc < 2:2615906/91‑1 (MQ=255) aaTTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATcc > 1:2551873/1‑91 (MQ=255) aaTTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATcc > 2:484141/1‑91 (MQ=255) aTTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCg > 1:997908/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |