| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2622931 | 177 (0.930) | 14 (0.080) | 10/142 | NT | 8.1% | intergenic (‑261/+123) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2622960 | 162 (0.960) | intergenic (‑290/+94) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein | |||||
CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2622833‑2622931‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atacacccc‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < USA300TCH1516_ALE/2622960‑2622871 CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAA > 2:1470274/1‑91CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAA > 1:3673744/1‑91CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAA > 1:2265061/1‑91CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAA > 1:2466162/1‑91 CCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAAT > 1:1591291/1‑91 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TATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGT < 2:678012/91‑1 ATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTA < 1:2179062/91‑1 ATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTA < 1:2178996/91‑1 ATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTAGAACAAAAATACACCCC‑AAAGGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTA < 1:2179063/91‑1 TTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTAT < 2:1389290/91‑1 ATATGACAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑GAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTT < 2:985994/91‑1 ATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATT < 1:106702/91‑1 AAATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTT < 2:1694985/91‑1 ATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAA > 2:3661799/1‑91 ATACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAA > 1:3219621/1‑91 TACACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAAT > 1:1353774/1‑91 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT < 2:3752471/91‑1 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT > 1:1394930/1‑91 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT > 1:1395344/1‑91 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT > 1:2282771/1‑91 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT < 2:2292058/91‑1 CACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATAT < 2:1378993/91‑1 ACCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATA < 2:554974/91‑1 CCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAA > 2:2860883/1‑91 CCCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAA < 1:2038605/91‑1 CCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAAT < 2:2271803/91‑1 CCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAAT < 2:1106996/91‑1 CCC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAAT > 1:1292830/1‑91 CC‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTTTTTTTTTTTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATt > 2:1403875/1‑90 C‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < 2:481932/91‑1 C‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < 1:2268773/91‑1 C‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < 2:2287474/91‑1 C‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < 2:683786/91‑1 CCCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2622833‑2622931‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atacacccc‑AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATTTTTGTTATAAATTTGATTTTTTTGATAATATTTTCATATTTAATATAATCA < USA300TCH1516_ALE/2622960‑2622871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |