| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2622931 | 177 (0.930) | 14 (0.080) | 10/142 | NT | 8.1% | intergenic (‑261/+123) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2622960 | 162 (0.960) | intergenic (‑290/+94) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTA‑AATATAGTGAATG > USA300TCH1516_ALE/2622841‑2623021 | gACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC < 2:1235375‑M1/91‑1 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 1:482329/91‑1 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 1:3806050/91‑1 (MQ=255) ctactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCtt > 2:2897544/1‑91 (MQ=255) ctactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTACCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCtt > 2:3831258/1‑91 (MQ=255) tactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTa < 2:2372819/91‑1 (MQ=255) 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ctaATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATAAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCa < 1:3883992/91‑1 (MQ=255) aaTTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAAc > 2:256236/1‑91 (MQ=255) aTTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACt > 1:3352629/1‑91 (MQ=255) ttATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACtt < 2:2036544/91‑1 (MQ=255) tATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCaaaagttggattgaaagacctaacttta < 1:666011‑M1/91‑29 (MQ=255) tGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTg < 2:2287474‑M2/91‑2 (MQ=255) tGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTg < 1:2268773‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggg < 2:2271803‑M2/91‑4 (MQ=255) atatTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtg > 1:2282771‑M2/1‑85 (MQ=255) atatTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtg < 2:2292058‑M2/91‑7 (MQ=255) atTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCaaaagttggattgaaagacctaactttaaggggtgta < 1:2179062‑M1/91‑38 (MQ=255) atTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgta > 1:1353774‑M2/1‑83 (MQ=255) ttAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCaaaagttggattgaaagacctaactttaaggggtgtat < 2:1389290‑M1/91‑39 (MQ=255) ttAAATATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgtat > 2:3661799‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaTATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgtattt < 2:1694985‑M2/91‑12 (MQ=255) aaTATGAAAATATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATc > 1:2452834/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATtctc < 2:2630054/91‑1 (MQ=255) aaTATTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtcat < 1:205169/91‑1 (MQ=255) atatTATCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtcatc > 2:2795485/1‑91 (MQ=255) ttatCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCata > 1:3477284/1‑91 (MQ=255) ttatCAAAAAAATCAAATTTAT‑ACAAAAATACACCCCTTCAAGTTAGGTCTTTCAATCAAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCatat > 2:1554553/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATcc > 2:1341970/1‑57 (MQ=255) tCAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATcc < 1:1341970/57‑1 (MQ=255) cAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCt < 1:816467/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTa < 2:723156/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |