| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2625677 = | 156 (0.820) | 6 (0.040) | 5/144 | NT | 4.3% | coding (724/1335 nt) | sasG | Surface protein G |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2625711 = | 125 (0.730) | coding (690/1335 nt) | sasG | Surface protein G | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2625774‑2625677‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCATT > USA300TCH1516_ALE/2625711‑2625800 TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCT > 1:2779549/1‑91TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCT < 1:522588/91‑1TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCT < 2:3280891/91‑1TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCT < 1:2944391/91‑1 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG < 2:648892/91‑1 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG > 2:2009829/1‑91 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG < 2:205274/91‑1 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG > 2:3790774/1‑91 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG > 2:3790643/1‑91 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG > 1:913638/1‑91 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG > 1:913074/1‑91 TTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTG < 1:2439747/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCATAGGTGCTGA < 1:1919027/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 1:507486/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 1:507497/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 1:2444081/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 1:3593851/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 2:1738832/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTGAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 2:1142729/91‑1 TACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATCTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGA < 2:3410425/91‑1 ACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGAT < 2:1279646/91‑1 ACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGAT < 2:1623866/91‑1 CAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATG > 1:741907/1‑91 CAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATG > 2:12107/1‑91 CAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATG > 2:12271/1‑91 CAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACAACAGGTGCTGATG > 2:12362/1‑91 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG > 2:299490/1‑91 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG > 2:318212/1‑91 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG < 2:630220/91‑1 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG < 1:2289184/91‑1 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG < 2:3447621/91‑1 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG > 1:973384/1‑91 AATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGG < 2:1120860/91‑1 ATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGT < 1:2660380/91‑1 TTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTT < 2:1574276/91‑1 AAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTT > 1:1732138/1‑91 ATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTT > 1:2752754/1‑91 ACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAT > 2:1181970/1‑91 CCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATT > 1:856890/1‑91 CATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTG > 2:1540878/1‑91 CATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTG > 1:279976/1‑91 ATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGT > 1:1053245/1‑91 TGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAC < 2:118614/91‑1 TGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAC < 1:3461233/91‑1 TGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAC < 2:2017947/91‑1 TGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAC > 1:301000/1‑91 GATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACT < 1:836942/91‑1 GATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACT < 1:56493/91‑1 ATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTT > 2:902993/1‑91 ATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTT > 1:3168682/1‑91 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT < 2:1749020/91‑1 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT < 2:778240/91‑1 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT < 1:3233513/91‑1 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT > 1:1749899/1‑91 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT > 1:1756889/1‑91 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT < 2:3687675/91‑1 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT > 1:1832198/1‑91 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT > 1:2869384/1‑91 TGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTT > 1:25331/1‑91 GGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATGAAACCATTACTTTC < 2:3293660/91‑1 GGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTC > 1:3640100/1‑91 GGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTC < 1:2153888/91‑1 GGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTC < 2:2722294/91‑1 GGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATGTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTC < 1:3365933/91‑1 GTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCA < 2:266982/91‑1 GTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCA < 2:266981/91‑1 TTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCAT < 2:2381811/91‑1 TTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCAT > 2:451936/1‑91 TTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCAT > 1:1164404/1‑91 TATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCATT > 1:1372296/1‑91 TATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCATT > 1:1371672/1‑91 TTTACAATTAAAAAATAAAATAGATTTTAGTAAGGATTTCAATTTTAAAGTTAGAGTGGCAAATAACCATCAATCAAATACCACAGGTGCTGATGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2625774‑2625677‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCATT > USA300TCH1516_ALE/2625711‑2625800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |