| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2625677 = | 156 (0.820) | 6 (0.040) | 5/144 | NT | 4.3% | coding (724/1335 nt) | sasG | Surface protein G |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2625711 = | 125 (0.730) | coding (690/1335 nt) | sasG | Surface protein G | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACTTTCATTA > USA300TCH1516_ALE/2625621‑2625801 | aaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAt > 1:2752754‑M1/56‑91 (MQ=255) tCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAttt > 2:3056557/1‑91 (MQ=255) ccaccaTTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTg > 2:3514696/1‑91 (MQ=255) caccaTTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTATACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGc > 2:3801754/1‑91 (MQ=255) accaTTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGcc < 1:305477/91‑1 (MQ=255) tAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCActct > 2:1706517/1‑91 (MQ=255) aGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTa < 1:256538/91‑1 (MQ=255) gTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTaa > 1:793786/1‑91 (MQ=255) ttAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAAc > 2:2252422/1‑91 (MQ=255) tAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACt < 2:1878804/91‑1 (MQ=255) tAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACt < 1:2430332/91‑1 (MQ=255) aaTATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACttt > 2:2323335/1‑91 (MQ=255) tatTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTaa > 1:1132068/1‑91 (MQ=255) tctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGa > 1:53664/1‑91 (MQ=255) tctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGa > 1:2093925/1‑91 (MQ=255) ctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGaa > 1:2001513/1‑91 (MQ=255) tGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGaaa > 2:3456657/1‑91 (MQ=255) tGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGaaa > 2:1719476/1‑91 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 2:3622917/91‑1 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 2:1309517/91‑1 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 2:3868177/91‑1 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 1:2794467/91‑1 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 2:837110/91‑1 (MQ=255) ttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCtt > 2:2179980/1‑91 (MQ=255) ttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCtt > 1:194230/1‑91 (MQ=255) cTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACt < 2:2762940/91‑1 (MQ=255) tttACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTa < 1:1432145/91‑1 (MQ=255) ttACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAACCCTTACTaa > 1:3717331/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTaaa > 1:1788791/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTaaa > 2:2857749/1‑91 (MQ=255) aCTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTaaaa > 1:3818528/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCt > 1:616265/1‑91 (MQ=255) aTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtat < 2:798848/91‑1 (MQ=255) aTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtat < 2:1125092/91‑1 (MQ=255) aTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtat < 1:2252422/91‑1 (MQ=255) aGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtatttt < 1:2687914/91‑1 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat > 1:3672320/1‑91 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat > 2:476686/1‑91 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat < 1:3400185/91‑1 (MQ=255) aCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttatt > 2:250720/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 2:1343419/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt < 1:896074/91‑1 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 1:2811773/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt < 1:3514696/91‑1 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt < 2:46723/91‑1 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 1:1532682/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 2:299809/1‑91 (MQ=255) ccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTattttatttt < 2:2451203/91‑1 (MQ=255) aaatAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTattttatttt > 1:1732138‑M1/5‑91 (MQ=255) cccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAttttt > 2:1053978/1‑91 (MQ=255) cccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAttttt < 2:1436472/91‑1 (MQ=255) ccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAtttttt > 2:1762637/1‑91 (MQ=255) ccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAtttttt > 2:544999/1‑91 (MQ=255) cAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTa < 1:232512/91‑1 (MQ=255) accatcaatcaaataccacaggtgctgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAt > 2:1181970‑M2/34‑91 (MQ=255) ACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAt < 1:2660380‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAtt > 2:318212‑M1/1‑91 (MQ=255) CCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAtt > 2:299490‑M1/1‑91 (MQ=255) CCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAtt < 2:1120860‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAAtt > 1:973384‑M1/1‑91 (MQ=255) catcaatcaaataccacaggtgctgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTg > 2:1540878‑M2/32‑91 (MQ=255) CATCAGCACCTGTTGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTg > 2:12362‑M1/1‑91 (MQ=255) 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AGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTaaa < 1:2944391‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTaaa > 1:2779549‑M1/1‑91 (MQ=255) cACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGc > 2:2103501/1‑91 (MQ=255) cACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGc > 2:1741180/1‑91 (MQ=255) aCCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCt < 1:1021294/91‑1 (MQ=255) ccTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTc > 1:2464132/1‑91 (MQ=255) ccTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTc < 1:1741180/91‑1 (MQ=255) tgtgGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCt > 1:129561/1‑91 (MQ=255) 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attgatGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCAtt > 1:190795/1‑91 (MQ=255) tgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAc < 2:2017947‑M2/83‑1 (MQ=255) tgatggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTAc < 1:3461233‑M2/83‑1 (MQ=255) atggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACtt > 2:902993‑M2/7‑91 (MQ=255) atggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACtt > 1:3168682‑M2/7‑91 (MQ=255) tggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACttt < 1:3233513‑M2/86‑1 (MQ=255) tggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACttt > 1:1749899‑M2/6‑91 (MQ=255) tggttATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAATTGTAAAGCTCCTATCAAACCATTACttt > 1:1832198‑M2/6‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |