| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2625677 = | 156 (0.820) | 6 (0.040) | 5/144 | NT | 4.3% | coding (724/1335 nt) | sasG | Surface protein G |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2625711 = | 125 (0.730) | coding (690/1335 nt) | sasG | Surface protein G | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
ATCCGCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2625587‑2625767 | aatgaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaata > 1:1371672‑M1/91‑91 (MQ=255)aTCCGCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCa > 1:798848/1‑91 (MQ=255) atgaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaataa > 1:1164404‑M1/90‑91 (MQ=255) atgaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaataa > 2:451936‑M1/90‑91 (MQ=255) ccGCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAAc < 1:3805648/91‑1 (MQ=255) ccGCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAAc > 2:68513/1‑91 (MQ=255) gaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataacatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAAcc < 1:3365933‑M1/4‑1 (MQ=255) gaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAAcc > 1:3640100‑M1/88‑91 (MQ=255) gaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAAcc < 2:2722294‑M1/4‑1 (MQ=255) gaaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAAcc < 1:2153888‑M1/4‑1 (MQ=255) cGCCTGAATTTACCATACCTTTATCTTCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAAcc < 2:3356223/91‑1 (MQ=255) gCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCa > 1:46723/1‑91 (MQ=255) gCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCa > 2:952263/1‑91 (MQ=255) aaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCa < 2:778240‑M1/5‑1 (MQ=255) aaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCa < 1:3233513‑M1/5‑1 (MQ=255) aaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCa > 1:2869384‑M1/87‑91 (MQ=255) aaagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCa > 1:1756889‑M1/87‑91 (MQ=255) ccTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCAt > 2:896074/1‑91 (MQ=255) aagtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCAt > 1:3168682‑M1/86‑91 (MQ=255) agtaatggtttgataggagctttacaattaaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCATc < 1:836942‑M1/7‑1 (MQ=255) tGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCa > 2:2971658/1‑91 (MQ=255) gAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAg < 1:3581441/91‑1 (MQ=255) gAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAg < 1:1398406/91‑1 (MQ=255) aaTTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGc < 1:2397401/91‑1 (MQ=255) aaTTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGc < 1:3701216/91‑1 (MQ=255) aaTTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGc < 1:3552664/91‑1 (MQ=255) aTTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCa > 2:3233513/1‑91 (MQ=255) ttgccAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGATCCCCCAACCATCAGCAcc < 2:1756371/88‑1 (MQ=255) ttACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCAcc > 2:2429871/1‑91 (MQ=255) ttACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCAcc > 2:3686722/1‑91 (MQ=255) ctgccAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCAcc > 1:12271/4‑91 (MQ=255) tACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCt > 2:1094642/1‑91 (MQ=255) tACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTCCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCt > 1:3077713/1‑91 (MQ=255) gACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGt > 2:933951/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTa > 1:2821306/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTa > 2:3461233/1‑91 (MQ=255) tttATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTAttt < 1:2819338/91‑1 (MQ=255) tATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATttga > 1:1534806/1‑91 (MQ=255) 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aGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGt > 2:428199/1‑91 (MQ=255) aGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGt < 1:3550488/91‑1 (MQ=255) aGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGt < 2:3779251/91‑1 (MQ=255) aaaaaataaaatagattttagtaaggatttcaattttaaagttagagtggcaaatAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAt > 1:2752754‑M1/56‑91 (MQ=255) aTTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAt < 2:816471/91‑1 (MQ=255) ttCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAtt > 1:2187766/1‑91 (MQ=255) tCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAttt > 1:318212/1‑91 (MQ=255) tCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAttt > 1:2489442/1‑91 (MQ=255) tCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTAttt > 2:3056557/1‑91 (MQ=255) ccaccaTTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTg < 1:1912026/91‑1 (MQ=255) aTTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAACACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCAct < 2:3663208/91‑1 (MQ=255) aGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTa < 1:256538/91‑1 (MQ=255) ttAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCtgtg < 1:3464511/59‑1 (MQ=255) ttAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAAc > 2:2252422/1‑91 (MQ=255) tAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACt < 2:1878804/91‑1 (MQ=255) tAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACt < 1:2430332/91‑1 (MQ=255) aaTATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACttt > 1:1813534/1‑91 (MQ=255) aaTATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACttt > 2:2323335/1‑91 (MQ=255) tatTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTaa > 1:1132068/1‑91 (MQ=255) cttctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAAtt > 2:406742/1‑91 (MQ=255) tctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGa > 1:2093925/1‑91 (MQ=255) tctGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGa > 1:53664/1‑91 (MQ=255) tGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGaaa > 2:1719476/1‑91 (MQ=255) tGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGaaa > 2:3456586/1‑91 (MQ=255) aTTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATcc < 1:340706/91‑1 (MQ=255) tttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCt < 1:2794467/91‑1 (MQ=255) ttCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCtt > 2:2179980/1‑91 (MQ=255) tCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTa > 2:1556519/1‑91 (MQ=255) tttACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTa < 1:1432145/91‑1 (MQ=255) tttACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTa < 2:2649198/91‑1 (MQ=255) ttACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAACCCTTACTaa > 1:3717331/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGATATCCTTACTaaa > 2:3471434/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTaaa > 1:2680303/1‑91 (MQ=255) tACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTaaa > 2:2857749/1‑91 (MQ=255) cTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAAt > 2:245917/1‑91 (MQ=255) cTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAAt > 2:3564404/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCt > 1:616265/1‑91 (MQ=255) aaTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCta < 2:858883/91‑1 (MQ=255) aTAAGAAGCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtat < 1:1949149/91‑1 (MQ=255) aTAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtat < 1:2252422/91‑1 (MQ=255) aaGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattt < 2:1646380/91‑1 (MQ=255) aaGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattt < 2:2047463/91‑1 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat > 1:3672320/1‑91 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat > 2:478669/1‑91 (MQ=255) aaCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttat > 2:3154977/1‑91 (MQ=255) aCCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttatt > 2:1239798/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt < 1:896074/91‑1 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt < 2:46723/91‑1 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 2:1342859/1‑91 (MQ=255) cccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCtattttattt > 2:299517/1‑91 (MQ=255) ccccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTattttatttt > 2:2093276/1‑91 (MQ=255) cccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAttttt < 2:1436472/91‑1 (MQ=255) ccAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTAtttttt > 2:1762637/1‑91 (MQ=255) AACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTaa < 2:1574276‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATCCGCCTGAATTTACCAGACCTTTATCCCCAAGGATTCCACCATTAGTTAAATATTCTTCTGCATTTCCTTTACTAAATAAGAACCCCCAACCATCAGCACCTGTGGTATTTGATTGATGGTTATTTGCCACTCTAACTTTAAAATTGAAATCCTTACTAAAATCTATTTTATTTTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2625587‑2625767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |