| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2626696 = | 206 (1.080) | 15 (0.090) | 14/144 | NT | 7.7% | intergenic (‑296/+10) | sasG/sarT | Surface protein G/HTH‑type transcriptional regulator SarT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2626715 = | 172 (1.000) | coding (348/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT | |||||
TAGTAGAAATGTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2626793‑2626696‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgtttcATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGT > USA300TCH1516_ALE/2626715‑2626803 TAGTAGATATGTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGT < 2:311118/91‑1TAGTAGAAATGTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGT < 1:1287243/91‑1 AGTATATATTTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTA < 2:230465/91‑1 AGTAGAAATGTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTA > 2:2789282/1‑91 AGTAGAAATGTAATCATTGTTGTTTCTGTAAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTA < 1:2984783/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |