New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2626696 = | 206 (1.080) | 15 (0.090) | 14/144 | NT | 7.7% | intergenic (‑296/+10) | sasG/sarT | Surface protein G/HTH‑type transcriptional regulator SarT |
? | USA300TCH1516_ALE | 2626715 = | 172 (1.000) | coding (348/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCT > USA300TCH1516_ALE/2626626‑2626805 | tCTAAAATAAAATATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTaa < 2:2105911/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTaa < 2:742907/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTaa < 2:667707/91‑1 (MQ=255) taaaataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAata > 1:2789282/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAatat < 1:3352628/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAatat > 1:2102615/1‑91 (MQ=255) attgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacatactttatgtttcATTAAtatt < 2:1755068‑M2/9‑1 (MQ=255) aataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattt > 2:3747237/1‑91 (MQ=255) aataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattt > 2:2898017/1‑91 (MQ=255) aataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattt > 2:2890415/1‑91 (MQ=255) taaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtatttat < 1:1779615/91‑1 (MQ=255) aaaTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCa > 2:942342/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCa > 2:3040146/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACt > 2:2328045/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACt > 2:2328142/1‑91 (MQ=255) tACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTc > 1:2346837/1‑91 (MQ=255) aCCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCa < 1:1839332/91‑1 (MQ=255) aCCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCa > 1:2888443/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 2:1476599/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 2:109041/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa < 1:3302443/91‑1 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 2:2776372/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 1:101410/1‑91 (MQ=255) cTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaaa < 1:1703736/91‑1 (MQ=255) ttAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaaaa < 2:1935631/91‑1 (MQ=255) ttAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaaaa > 2:466242/1‑91 (MQ=255) aaCGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGa > 1:2019016/1‑91 (MQ=255) aaCGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGa < 2:1394223/91‑1 (MQ=255) aaCGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGa > 1:2018958/1‑91 (MQ=255) cGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAtt < 2:2273573/91‑1 (MQ=255) gCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAttt < 1:544315/91‑1 (MQ=255) acacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATAAAGTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAtttt < 2:1109166‑M1/48‑1 (MQ=255) aTTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAttttt < 1:3493942/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAttttt < 1:1110952/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAttttt < 1:2267858/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTa > 1:2438984/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAata > 2:2913046/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAatat > 2:386525/1‑91 (MQ=255) aaaaTACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAAtata < 1:267963/91‑1 (MQ=255) atattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATAAAGTATGTTTCATTAATATTTATTTAACTCAAAAGATTTTTAATATaa < 2:56296‑M1/56‑1 (MQ=255) aaTACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAAt < 2:2731839/91‑1 (MQ=255) tACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtg > 1:3779185/1‑91 (MQ=255) aCATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtgt < 2:872015/91‑1 (MQ=255) cATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtgtg < 1:2023394/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:608225/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:3405845/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCCATACATGCTTTATGGTTCATTAAGATTGATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:3103557/91‑1 (MQ=255) tttAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGtgtt > 2:1793983/1‑91 (MQ=255) cTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGtttt > 1:2632577/1‑91 (MQ=255) tGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTa < 1:3839563/91‑1 (MQ=255) gCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTAc < 1:136365/91‑1 (MQ=255) cACCAAGATATTTAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACa > 1:1463185/1‑91 (MQ=255) aCCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTATATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTCTTTTACAg > 2:3373601/1‑91 (MQ=255) ccAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGa > 2:1533526/1‑91 (MQ=255) 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taaatattaatGAAACATAAAGTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAacaaca < 1:3679959‑M1/80‑1 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa < 2:3172272/91‑1 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa < 2:2363507/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 1:3565033/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 2:1427483/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 2:1427379/91‑1 (MQ=255) aaTCTCGAGACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAt < 2:1866069/91‑1 (MQ=255) ttaatGAAACATAAAGTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 1:2427955‑M1/86‑1 (MQ=255) 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AACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTc < 1:357975‑M1/91‑1 (MQ=255) AACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTc < 2:632880‑M1/91‑1 (MQ=255) CATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTcta < 2:3620098‑M1/91‑1 (MQ=255) TACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATGTAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctact < 1:3097520‑M1/91‑1 (MQ=255) TACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctact < 1:2984783‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagtatgtttcATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta > 1:1572816‑M2/13‑91 (MQ=255) ACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATATctacta < 2:311118‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTAt < 1:413110/91‑1 (MQ=255) aagtatgtttcATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTAt > 1:3237940‑M2/12‑91 (MQ=255) tttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATc > 2:3546774/1‑91 (MQ=255) tttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATc > 1:2160395/1‑91 (MQ=255) tttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATc > 2:174064/1‑91 (MQ=255) tttcATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTgg < 1:706063‑M2/87‑1 (MQ=255) aTTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtct > 2:2395263/1‑91 (MQ=255) | ATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCT > USA300TCH1516_ALE/2626626‑2626805 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |