New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2626696 = | 206 (1.080) | 15 (0.090) | 14/144 | NT | 7.7% | intergenic (‑296/+10) | sasG/sarT | Surface protein G/HTH‑type transcriptional regulator SarT |
? | USA300TCH1516_ALE | 2626715 = | 172 (1.000) | coding (348/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CATCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATT > USA300TCH1516_ALE/2626606‑2626786 | cATCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCg > 2:3477771/1‑91 (MQ=255) cATCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCg > 2:2922428/1‑91 (MQ=255) cATCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCg > 1:1739239/1‑91 (MQ=255) gaccacatgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGa > 2:717705‑M1/90‑91 (MQ=255) acccacatgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGa > 2:2717168‑M1/90‑91 (MQ=255) aTCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGa > 2:3528199/1‑91 (MQ=255) aTCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGa < 1:1256095/91‑1 (MQ=255) tCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGaa > 1:1510633/1‑91 (MQ=255) tCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGaa < 1:712291/91‑1 (MQ=255) tCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGaa < 1:1675876/91‑1 (MQ=255) tCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGaa > 2:2459850/1‑91 (MQ=255) cccacatgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGaa < 1:2737978‑M1/3‑1 (MQ=255) cacatgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaactatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAAc > 1:3358376‑M1/87‑91 (MQ=255) acatgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACa < 2:655367‑M1/6‑1 (MQ=255) catgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACAt < 2:3519129‑M1/7‑1 (MQ=255) cTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACAt < 2:2154496/91‑1 (MQ=255) tCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATa > 2:1426402/1‑91 (MQ=255) tCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATAATAAAATCTCGAAACATa < 2:3144478/91‑1 (MQ=255) atgatagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATa > 2:1108374‑M1/84‑91 (MQ=255) cAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATAc < 2:240824/91‑1 (MQ=255) cAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATAc < 2:2746988/91‑1 (MQ=255) cAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATAc < 1:1541167/91‑1 (MQ=255) aaTAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATaaa < 2:3177265/91‑3 (MQ=255) aTAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATaaag < 1:1968542/91‑4 (MQ=255) tagtagaaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATACttt > 1:1572816‑M1/80‑91 (MQ=255) tAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGTATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACttt < 2:3827743/91‑1 (MQ=255) tAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATaaagt < 1:2308899/91‑5 (MQ=255) tAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACttt < 1:681499/91‑1 (MQ=255) aTTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGt > 2:1797857/1‑91 (MQ=255) ttGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGtt > 1:1862235/1‑91 (MQ=255) ttGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGtt < 2:1695983/91‑1 (MQ=255) aaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattataaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATACTTTATGttt > 1:3076633‑M1/74‑91 (MQ=255) aaatgtaatcattgttgtttctgtaaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatGAAACATACTTTATGttt > 1:2644726‑M1/74‑91 (MQ=255) gAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTc > 1:2896830/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTc > 1:1398330/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTc > 2:3690051/1‑91 (MQ=255) tttCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCAtt > 1:2227135/1‑91 (MQ=255) tttCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCAtt < 1:902277/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTaa < 2:742907/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTaa > 2:3079005/1‑91 (MQ=255) aaataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtatt < 2:1980878/91‑1 (MQ=255) aataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattt > 2:2890415/1‑91 (MQ=255) aataaaaAAGACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattt < 1:3709092/91‑1 (MQ=255) ataaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtattta < 1:2137788/91‑1 (MQ=255) taaaaAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAAtatttat < 1:1780292/91‑1 (MQ=255) aaaaaTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATatttattt > 1:1474945/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCa > 2:3039636/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCa > 2:942321/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACt > 2:2328045/1‑91 (MQ=255) aCCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCa < 1:1839332/91‑1 (MQ=255) aCCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCa < 1:2363052/91‑1 (MQ=255) aCCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCa > 1:2888443/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 2:1476599/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa < 1:3302443/91‑1 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 1:323891/1‑91 (MQ=255) ccTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaa > 1:101410/1‑91 (MQ=255) ttAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCaaaa > 2:466242/1‑91 (MQ=255) tAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAg > 2:2909435/1‑91 (MQ=255) aaCGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGa > 1:2019016/1‑91 (MQ=255) aaCGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGa < 2:1394223/91‑1 (MQ=255) gCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAttt < 1:544315/91‑1 (MQ=255) cATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGAtttt > 2:3341650/1‑91 (MQ=255) 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aaTACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAAt < 2:2731839/91‑1 (MQ=255) aCATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtgt < 2:872015/91‑1 (MQ=255) aCATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtgt < 1:3530643/91‑1 (MQ=255) cATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATtgtg < 1:2023394/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt > 1:1222239/1‑91 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:3405845/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:608225/91‑1 (MQ=255) aTTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCCATACATGCTTTATGGTTCATTAAGATTGATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTgtgt < 1:3103557/91‑1 (MQ=255) 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aGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAaac > 2:2806485/1‑91 (MQ=255) gATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTTTGTTGTTTTACAGAaaca > 2:824959/1‑91 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAacaacac > 1:3107506/1‑90 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa < 2:2363849/91‑1 (MQ=255) aatattaatGAAACATAAAGTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAAt < 2:1755068‑M1/82‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg > 1:2067430/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 1:3565246/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 1:723386/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 2:1427483/91‑1 (MQ=255) aaTCTCGAGACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAt < 2:1866069/91‑1 (MQ=255) tctcGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTa > 1:822670/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 1:2095603/1‑91 (MQ=255) GAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAtt > 1:349657‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAtt < 2:2347954‑M1/91‑1 (MQ=255) | CATCAACTCAATAGCATTGAATTTCTAAAATAAAAAATACCTTAACGCATTTAAAAAATACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATT > USA300TCH1516_ALE/2626606‑2626786 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |