| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2636356 = | 194 (1.020) | 9 (0.050) | 7/138 | NT | 6.1% | intergenic (‑409/+60) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2636404 = | 112 (0.680) | intergenic (‑457/+12) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter | |||||
AGGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2636455‑2636356‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2636404‑2636493 AGGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAA > 2:1017156/1‑91 GGTCTCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAA < 1:3125562/91‑1 GGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAA < 2:1203531/91‑1 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC > 2:2833985/1‑91 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC < 1:1895646/91‑1 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC > 2:1221695/1‑91 TATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACA < 1:194197/91‑1 TATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACA < 1:2794384/91‑1 TATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACA < 2:3076779/91‑1 ATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACAC > 1:186478/1‑91 ATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACAC > 1:2901512/1‑91 TCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACG < 2:1435764/91‑1 TCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACG < 1:3351825/91‑1 TCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACG < 1:3716129/91‑1 TCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACG < 1:3716234/91‑1 ATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTT < 2:3200796/91‑1 ATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTT < 2:25691/91‑1 TCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTT > 2:1081619/1‑91 TCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTT < 1:1491511/91‑1 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA > 2:2571142/1‑91 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA > 2:2571225/1‑91 ATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATA > 1:413930/1‑91 TAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAAT > 1:689186/1‑91 GTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAA > 1:1497383/1‑91 GTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAA > 1:1496999/1‑91 CGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGA > 2:103646/1‑91 TTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACC > 1:2387526/1‑91 TTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACC > 2:3292785/1‑91 TTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGA > 1:683370/1‑91 GGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAAC > 2:3034615/1‑91 AAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAGTGAAGATGATAACTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATG > 1:1826466/1‑91 AAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATG < 2:2875341/91‑1 CGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCAT > 2:219301/1‑91 CGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCAT < 1:3454259/91‑1 TACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA < 2:2032573/91‑1 ACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAA > 2:1234536/1‑91 ACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAA > 1:100069/1‑91 AGGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2636455‑2636356‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2636404‑2636493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |