New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2636356 = | 194 (1.020) | 9 (0.050) | 7/138 | NT | 6.1% | intergenic (‑409/+60) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
? | USA300TCH1516_ALE | 2636404 = | 112 (0.680) | intergenic (‑457/+12) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/2636314‑2636494 | ttcattttattcattagcttatttgtttaactaaatattaagTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTAc > 1:1496999‑M1/43‑91 (MQ=255) ttcattttattcattagcttatttgtttaactaaatattaagTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTAc > 1:1497383‑M1/43‑91 (MQ=255) gTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACt < 2:1429596/91‑1 (MQ=255) gTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACt < 1:764279/91‑1 (MQ=255) ttCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACtt < 2:1780790/91‑1 (MQ=255) tCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTa > 2:1078989/1‑91 (MQ=255) tCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTa < 2:1063942/91‑1 (MQ=255) cGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTaa < 1:3682465/91‑1 (MQ=255) gATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAata > 1:3418052/1‑91 (MQ=255) aTTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAatat < 1:1582690/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAACTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTACAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 1:3444700/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 1:3563791/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 2:2218385/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 2:642872/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt > 1:2935498/1‑91 (MQ=255) cTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTa > 1:861598/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:2702076/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 2:3263521/1‑91 (MQ=255) gAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGt < 1:2223808/91‑1 (MQ=255) agaaTTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCTATGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGtt < 2:2593804/88‑1 (MQ=255) tATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTaa > 1:1020167/1‑91 (MQ=255) aTTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTaaa < 2:3000745/91‑1 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa < 1:747043/91‑1 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa > 2:3339819/1‑91 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa > 2:75565/1‑91 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACGTAATATTTAGTTAAACaaa < 2:3396696/91‑1 (MQ=255) gACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATCTTTAGTTAAACAAATa > 2:3700388/1‑91 (MQ=255) gACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATa > 1:2912179/1‑91 (MQ=255) aCGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATaa > 2:2362410/1‑91 (MQ=255) cGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAg > 1:792980/1‑91 (MQ=255) cGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAg > 1:2739051/1‑91 (MQ=255) ttttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTa < 1:3517500/91‑1 (MQ=255) ttttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTGACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTa > 1:3118391/1‑91 (MQ=255) tttCTGCGTAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTaa < 2:3449776/91‑1 (MQ=255) tttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTaa > 2:3129439/1‑91 (MQ=255) tttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTaa > 2:960402/1‑91 (MQ=255) tttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTaa < 1:2176366/91‑1 (MQ=255) tCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATg > 1:3456009/1‑91 (MQ=255) 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aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa < 2:3663252/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa < 1:398751/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa > 1:1170071/1‑91 (MQ=255) taagtaaacgtgtttttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAAt > 1:689186‑M2/53‑91 (MQ=255) aaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATg < 1:2966458/91‑1 (MQ=255) TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg > 2:2571225‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAga < 1:1491511‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgat < 2:25691‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgat < 2:3200796‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga < 1:3716129‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga < 1:3351825‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:194197‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:2794384‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 2:2833985‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 2:1221695‑M1/1‑91 (MQ=255) tttttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAcc > 1:2387526‑M2/41‑91 (MQ=255) TTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGAGAcc < 1:3125562‑M1/91‑1 (MQ=255) TTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCt > 2:1017156‑M1/1‑91 (MQ=255) ttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGa > 1:683370‑M2/38‑91 (MQ=255) aaGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGaa < 1:967017/69‑1 (MQ=255) aaGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGaa > 1:2513646/1‑91 (MQ=255) ggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAAc > 2:3034615‑M2/35‑91 (MQ=255) gCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACg < 2:1568949/91‑1 (MQ=255) aaTATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGa < 1:138365/91‑1 (MQ=255) atatatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGaa > 1:1884285/1‑91 (MQ=255) tatatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGaaa < 2:920191/91‑1 (MQ=255) atatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaat < 1:1505428/91‑1 (MQ=255) atatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaat < 2:2912179/91‑1 (MQ=255) tatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaata > 2:3558067/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTACCTAACAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAAAGGTaataat > 2:3294786/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaataat > 1:211224/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaataat > 2:3780548/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |