| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 153 (0.800) | 21 (0.130) | 15/138 | NT | 14.2% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 122 (0.740) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATA > 1:728254/1‑91 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 2:2148318/91‑1 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG > 1:1751623/1‑91 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG > 1:1751495/1‑91 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG > 1:1751197/1‑91 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 1:394108/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 1:214755/91‑1 GCTGAAGATATGGTTAAGAATAATTAATGAGAGAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT < 1:3325100/91‑1 GCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT > 2:610533/1‑91 GCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT > 1:2603415/1‑91 CTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATG < 1:1143240/91‑1 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 2:223163/91‑1 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC > 1:660442/1‑91 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 1:3505826/91‑1 GAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAACGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCT > 2:1424919/1‑91 GAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCT > 1:579731/1‑91 GAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCT > 1:3309886/1‑91 GAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAACATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCT > 2:3188056/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 1:954068/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 1:2552873/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 2:464185/1‑91 AGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTC > 1:3423312/1‑91 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT < 2:2278785/91‑1 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT > 1:780589/1‑91 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT > 1:1676706/1‑91 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT > 1:2336095/1‑91 TGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTAATTATCAATATTTTATTGT > 1:2513310/1‑91 AAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATAT > 1:1608746/1‑91 AAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATAT > 1:1609632/1‑91 AGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTC > 2:3596874/1‑91 GCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCA > 2:1823424/1‑91 GCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCA > 1:960117/1‑91 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TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 1:636093/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 2:1605442/1‑91 GATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAGCCATATCTTCAGCTGTGCCAAA > 2:3130538/1‑91 ATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCA > 1:1497653/1‑68 ATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCA < 2:1497653/68‑1 TTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTT > 1:2444705/1‑91 AGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTG < 1:3250585/91‑1 AGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTG > 1:652310/1‑91 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC < 1:1625636/91‑1 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC > 2:267209/1‑91 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC > 1:1237919/1‑91 GATGCTTCTCTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC < 2:1229594/91‑1 GATGCTTCTCTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC < 2:1227815/91‑1 ATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCT < 2:2079525/91‑1 ATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCT > 2:2456983/1‑91 TGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTT > 2:3069032/1‑91 TGCTTCTTTTTTATCAATATATTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTT < 1:216365/91‑1 GCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTC > 2:2262336/1‑91 GCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTC > 2:2267375/1‑91 GCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGCCATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTCCCTTTAATTGCTTC > 2:3226417/1‑91 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 1:2887029/1‑91 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 2:1804450/1‑91 TTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGC > 2:158006/1‑91 TTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGC > 2:3621020/1‑91 TTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGC > 2:1223826/1‑91 TTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGC > 2:1223825/1‑91 TTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGC > 1:3859915/1‑91 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 2:3007217/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:2435246/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 2:938414/91‑1 CTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCA > 1:3393924/1‑91 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 2:1250196/91‑1 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |