| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 153 (0.800) | 21 (0.130) | 15/138 | NT | 14.2% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 122 (0.740) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCAT > USA300TCH1516_ALE/2665391‑2665569 | gTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTa < 2:123301/91‑1 (MQ=255)gTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTa > 2:2155991/1‑91 (MQ=255) ggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaaga < 2:938414‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaaga < 2:3007217‑M1/4‑1 (MQ=255) aTTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTaaga > 2:2176141/1‑91 (MQ=255) ttttAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTaagaa < 2:1671445/91‑1 (MQ=255) gcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaagaa > 2:1223825‑M1/87‑91 (MQ=255) gaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGc > 2:2262336‑M1/85‑91 (MQ=255) tAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCa < 2:3310317/91‑1 (MQ=255) tAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCa < 1:1117671/91‑1 (MQ=255) tAGATATACGGGGGCGCTTGTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCa < 2:2135816/91‑1 (MQ=255) aagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataatatattgataaaaAAGAAGCa < 1:216365‑M1/8‑1 (MQ=255) agcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCat > 2:2456983‑M1/83‑91 (MQ=255) aGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCat > 2:282928/1‑91 (MQ=255) gcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaGAGAAGCatc < 2:1227815‑M1/10‑1 (MQ=255) gcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatc > 1:1237919‑M1/82‑91 (MQ=255) gcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatc > 2:267209‑M1/82‑91 (MQ=255) gATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatc < 1:721395/91‑1 (MQ=255) caattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatct > 1:652310‑M1/81‑91 (MQ=255) caattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatct < 1:3250585‑M1/11‑1 (MQ=255) atatACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatct > 2:1353998/1‑91 (MQ=255) atatACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatct < 2:3036833/91‑1 (MQ=255) ataCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatctat > 1:2019121/1‑91 (MQ=255) taCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatctatc < 1:3670524/91‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatctatct < 2:2644626/91‑1 (MQ=255) aCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatctatct > 1:3498198/1‑91 (MQ=255) cGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTg > 2:3866073/1‑91 (MQ=255) gggggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTgg < 2:1429855/91‑1 (MQ=255) gggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTa < 1:130501/91‑1 (MQ=255) gggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTa > 2:2667800/1‑91 (MQ=255) gggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTa < 2:3433767/91‑1 (MQ=255) ggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTAc < 1:1359537/91‑1 (MQ=255) gcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTaa < 2:690649/91‑1 (MQ=255) aaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTaa > 1:2444705‑M1/69‑91 (MQ=255) ttttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATg < 2:735705/91‑1 (MQ=255) tttGTAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGa > 2:1496830/1‑91 (MQ=255) tttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGa < 1:161992/91‑1 (MQ=255) tttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGa > 1:2802152/1‑91 (MQ=255) ttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGAt > 1:885876/1‑91 (MQ=255) tttggcacagctgaagatatggctaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATc > 2:3130538‑M1/64‑91 (MQ=255) tggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 1:636093‑M1/62‑91 (MQ=255) tggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 2:1605442‑M1/62‑91 (MQ=255) gcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagctaacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcaga > 2:3052840‑M1/60‑91 (MQ=255) cacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagac > 2:1500118‑M1/59‑91 (MQ=255) aCTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacag < 1:3346347/91‑1 (MQ=255) cTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacaga < 1:218973/91‑1 (MQ=255) agctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacaga > 2:487449‑M1/56‑91 (MQ=255) tATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt < 1:1768686/91‑1 (MQ=255) gctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt > 1:1090672‑M1/55‑91 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 2:457349‑M1/54‑91 (MQ=255) aTTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:270074/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc > 1:767936/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc < 2:2888846/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc < 1:3865587/91‑1 (MQ=255) tgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc > 2:1823424‑M1/53‑91 (MQ=255) tttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGct < 1:2639752/91‑1 (MQ=255) gaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGct > 2:3596874‑M1/52‑91 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGctt < 2:2771348/91‑1 (MQ=255) tGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttc > 2:2716135/1‑91 (MQ=255) tGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttc < 2:2126229/91‑1 (MQ=255) gATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttct < 1:2151482/91‑1 (MQ=255) atatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttctt > 1:1609632‑M1/48‑91 (MQ=255) 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aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat > 2:1751495/1‑91 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGct < 2:60455/72‑1 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt > 1:3007217/1‑91 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt < 2:1800940/91‑1 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTCAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa > 2:2960785/1‑91 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa < 2:3549773/91‑1 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa < 2:698064/91‑1 (MQ=255) aTAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTAt > 1:42880/1‑91 (MQ=255) 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gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt < 1:1016884/91‑1 (MQ=255) agaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAttttt < 1:2270787/91‑1 (MQ=255) agaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAttttt > 1:409781/1‑91 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc < 2:2700456/91‑1 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc < 1:1675963/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc > 2:1170299/1‑91 (MQ=255) | GTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCAT > USA300TCH1516_ALE/2665391‑2665569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |