| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 153 (0.800) | 21 (0.130) | 15/138 | NT | 14.2% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 122 (0.740) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGTT > USA300TCH1516_ALE/2665435‑2665615 | ttAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttt > 1:421158/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtctttt > 1:1229594/1‑91 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc > 2:3669/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:1256514/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat > 2:1751197/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat > 2:1751623/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat < 1:1601845/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAat < 2:1568793/91‑1 (MQ=255) ttttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAata > 2:3428574/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 2:2652759/91‑1 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:1279323/1‑91 (MQ=255) tCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAttt < 2:1486544/91‑1 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt < 1:470304/91‑1 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt > 1:3007217/1‑91 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTCAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa > 2:2960785/1‑91 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa < 2:698064/91‑1 (MQ=255) cATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTa < 2:3549773/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTg < 1:2283945/91‑1 (MQ=255) ttCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAGTATTTTATTGTTAtct > 2:2971362/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 1:150103/1‑91 (MQ=255) acaataaaatattgataattAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCa > 1:2513310‑M1/21‑91 (MQ=255) aaCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCat < 1:3278837/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt > 2:1625636/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGATTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAGCTCatt > 1:2638091/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAAAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 2:649049/91‑1 (MQ=255) ttcttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaa < 2:3746713/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 1:1134956/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 1:1520787/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:2692700/91‑1 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta > 1:2583069/1‑91 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTATTTTTTATCAATATTTTCTTGTTCTCTCattaatca > 2:3556900/1‑89 (MQ=255) tcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattat < 2:3175618/91‑1 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt > 1:865229/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt > 1:2391845/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt < 1:1016884/91‑1 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc > 1:3354629/1‑91 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc < 2:2700369/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 2:2709194/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 2:75992/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc > 2:1170299/1‑91 (MQ=255) aagaagcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCatat > 1:1608746‑M2/45‑91 (MQ=255) AGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATc > 1:1676706‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATc < 2:2278785‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCt > 1:3423312‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCtt > 1:2552873‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCGTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTc > 2:1424919‑M1/1‑91 (MQ=255) gcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa > 1:960117‑M2/40‑91 (MQ=255) GCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa > 1:660442‑M1/1‑91 (MQ=255) catctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAg > 2:457349‑M2/39‑91 (MQ=255) ATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGc > 2:610533‑M1/1‑91 (MQ=255) tctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt > 2:487449‑M2/37‑91 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 1:214755‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg > 1:1751197‑M1/1‑91 (MQ=255) TATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgt > 1:728254‑M1/1‑91 (MQ=255) gtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgtg > 2:1500118‑M2/34‑91 (MQ=255) atctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgtg > 2:2153637/1‑91 (MQ=255) tctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTAGCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc > 2:3052840‑M2/33‑91 (MQ=255) tctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc > 2:2415797/1‑91 (MQ=255) tctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc > 2:930760/1‑91 (MQ=255) tctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc < 2:1959046/91‑1 (MQ=255) tctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc > 2:2862735/1‑91 (MQ=255) tctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGc < 1:2260826/91‑1 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 1:2001789‑M2/31‑91 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 1:636093‑M2/31‑91 (MQ=255) tGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa < 1:1170299/91‑1 (MQ=255) gTACTAATGCTCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTATCTGGTTATCTCATTAAGCATTGTTAACCATATCGTCAGCTGTGCCcaa < 2:1296524/91‑1 (MQ=255) gTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaaa > 2:2363963/1‑91 (MQ=255) tACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAg < 1:1792508/91‑1 (MQ=255) tACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAg > 1:1543023/1‑91 (MQ=255) tAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAtt < 2:2369210/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |