| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2716752 | 146 (0.770) | 9 (0.050) | 8/138 | NT | 5.6% | intergenic (+60/+90) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2716804 | 177 (1.080) | intergenic (+112/+38) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2716652‑2716752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcccatacAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGT < USA300TCH1516_ALE/2716804‑2716714 TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 2:113461/91‑1TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 2:2624274/1‑91TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAAGATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 1:3364021/1‑91TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAAGATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 1:3363956/1‑91 TTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAA < 1:2244739/91‑1 TTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAA > 1:603546/1‑91 TTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAA < 1:3277660/91‑1 TATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAA > 1:3420792/1‑91 ATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAG < 1:2814543/91‑1 TGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGC < 1:2730659/91‑1 TGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGC > 1:2154962/1‑91 TGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGC < 1:2040174/91‑1 GATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAGTTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC < 2:1798535/91‑1 GATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC < 1:3193298/91‑1 GATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC > 2:1532980/1‑91 GATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC > 1:692282/1‑91 ATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAACATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAACCAAAGCCC > 2:3373962/1‑91 ATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAACCAAAGCCC > 2:3373829/1‑91 ATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCC > 2:133995/1‑91 ATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCC > 1:3809518/1‑91 ATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCC > 1:962537/1‑91 TCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCA < 2:2089308/91‑1 TCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCA > 1:2196901/1‑91 TCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCA < 2:1092032/91‑1 CTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCAT > 1:848899/1‑91 CTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCAT > 1:848790/1‑91 CTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCAT > 1:696829/1‑91 TTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 1:1996864/91‑1 TTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 2:460382/91‑1 TTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 1:1215168/91‑1 TTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATA < 1:1215198/91‑1 TCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC < 2:3414031/91‑1 TCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC < 2:1754729/91‑1 CAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 1:1179762/1‑77 CAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 2:1179762/77‑1 GGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTC < 2:1805491/91‑1 ATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAGCAAAGCCCATACTGAGATGAGG‑C‑GTAATGTGCACCGTGGTGCGACACATTAGTGTCTTC < 2:925138/91‑1 TGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGA‑TTGAAGACACTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCA < 2:3759927/91‑1 CTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAG < 1:2586008/91‑1 TAAGGTGCCAACTGACCGCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTA < 1:1142008/91‑1 AAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTAT < 1:890261/91‑1 AGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATG < 1:507767/91‑1 GTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGG < 2:1228602/91‑1 TGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGC < 1:3032700/91‑1 AAAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTG < 1:402609/91‑1 AAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGG < 2:756264/91‑1 AAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGG > 1:2519286/1‑91 AAGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGG > 1:2704214/1‑91 AGCCCATACAGAGATGAGG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGC < 2:339284/91‑1 AGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGC < 2:339292/91‑1 AGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGC < 1:688367/91‑1 AGCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGC < 1:688908/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 2:1000321/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:1125681/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:1125780/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:1431987/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA > 2:3632938/1‑91 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA > 2:3632719/1‑91 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA > 1:2109591/1‑91 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:3100964/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:3468562/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA < 1:3619684/91‑1 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATCAGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA > 2:3364021/1‑91 GCCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATACGCTTTGTTTCTGAGGTCAGTTGGCA > 2:3363956/1‑91 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC > 2:431490/1‑91 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC > 1:2617080/1‑91 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC > 2:2657363/1‑91 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC < 1:2099579/91‑1 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC < 1:167122/91‑1 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGCCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCAC > 1:3601592/1‑91 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTA > 1:1143044/1‑46 CCCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTA < 2:1143044/46‑1 CCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACC > 1:3397725/1‑91 CCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACC > 2:711189/1‑91 CCATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGCCAGTTGGCACC > 1:59281/1‑91 CATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCT < 2:419429/91‑1 CATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCT < 2:3480433/91‑1 CATACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCT < 1:1737740/91‑1 TACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTA > 1:893167/1‑91 ACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAA > 1:2020390/1‑91 ACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAA > 1:1113424/1‑91 ACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAA < 1:2020894/91‑1 ACAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAA > 2:1538001/1‑91 CAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAG > 1:28440/1‑91 CAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA‑CTTAAGg < 2:1012251/91‑2 CAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCA‑CTTAAGg < 2:1011892/91‑2 TTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2716652‑2716752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagcccatacAGAGATGAAG‑C‑GTAATGTGCACCATGGTGCGACACATTAGTGTCTTCAATCAGTATGGGCTTTGTTTATGAGGTCAGTTGGCACCTTAAGT < USA300TCH1516_ALE/2716804‑2716714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |