| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2721747 | 162 (0.850) | 16 (0.090) | 12/146 | NT | 9.4% | intergenic (+28/+119) | USA300HOU_RS14000/yciC_3 | putative hydrolase/Putative metal chaperone YciC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2721776 | 159 (0.920) | intergenic (+57/+90) | USA300HOU_RS14000/yciC_3 | putative hydrolase/Putative metal chaperone YciC | |||||
GGCGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2721651‑2721747‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcttggTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA < USA300TCH1516_ALE/2721776‑2721687 GGCGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CA > 2:3547220/1‑91 GCGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAG > 1:775676/1‑91 GCGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAG > 2:2240475/1‑91 CGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGC < 1:1971798/91‑1 CGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGC < 1:2612104/91‑1 GGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCT < 1:2369760/91‑1 GGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCT < 1:3801400/91‑1 GGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCT < 1:3627114/91‑1 TCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTG > 1:1211577/1‑91 TCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTG < 2:236927/91‑1 TCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTG < 1:3435877/91‑1 CACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGG > 2:531088/1‑91 CACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGG < 2:2004035/91‑1 AAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAAT > 2:3267822/1‑91 GGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACT < 2:1278804/91‑1 GGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACT < 2:1278789/91‑1 CTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAT‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGT < 1:3267822/91‑1 TTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCC < 1:276487/91‑1 CTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAG < 1:2785292/91‑1 CTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAG < 1:2785198/91‑1 CTGATGTATTATTAAATATGTGGGGCTAATTGATTGTTCGCTAATAAAA‑‑CAGCGTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAG < 1:3610798/91‑1 CTGATATATTATTAAATATGTGGGGCTAATTGATTGTTCGCTAATAAAA‑‑CAGCGTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAG < 1:3610834/91‑1 TGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGC < 1:1553618/91‑1 TGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGC < 1:92463/91‑1 GATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCT < 2:3589386/91‑1 ATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTG < 1:839468/91‑1 TGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGT < 1:3865382/91‑1 GTATTATTAAATAGGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTT < 1:3884384/91‑1 TGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAAATAAGCTTGGTCAG‑CATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAA < 2:1391516/91‑1 AAAA‑‑CAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCACACATATTTAATAAT > 2:3461669/1‑91 AGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATC > 1:1080234/1‑91 AGCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATC > 1:1080233/1‑91 GCTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCA > 1:1460946/1‑91 CTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAG > 2:1357949/1‑91 CTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAG > 2:2570118/1‑91 CTTGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAG > 2:1358027/1‑91 TGGTCAGTCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCA > 2:1442867/1‑91 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAACAATGTCAACGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTACCCACACATATTTAATAATACATCAGCA > 2:1153206/1‑91 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCA > 2:2096388/1‑91 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCA > 1:2185343/1‑91 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCA > 2:3640153/1‑91 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACA > 2:2515960/1‑85 TGGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACA < 1:2515960/85‑1 GGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAA < 1:3539946/91‑1 GGTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAA < 1:3539924/91‑1 GTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA < 2:2037711/91‑1 GTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA < 1:478668/91‑1 GTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA < 2:2797409/91‑1 GTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA > 2:687100/1‑91 GGCGGTCACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAA‑‑CAGCTTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2721651‑2721747‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcttggTCAGCCATCAAATATAATTTGAAAACTGTCCAAGCTGTTTTATTAGAGAACAATCAATTAACCCCACATATTTAATAATACATCAGCAAA < USA300TCH1516_ALE/2721776‑2721687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |