| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2721747 | 162 (0.850) | 16 (0.090) | 12/146 | NT | 9.4% | intergenic (+28/+119) | USA300HOU_RS14000/yciC_3 | putative hydrolase/Putative metal chaperone YciC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2721776 | 159 (0.920) | intergenic (+57/+90) | USA300HOU_RS14000/yciC_3 | putative hydrolase/Putative metal chaperone YciC | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACATGAAGGCA > USA300TCH1516_ALE/2721657‑2721837 | cACTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGG > 2:531088‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGa > 1:2029087/1‑91 (MQ=255) aCTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGa < 1:1031506/91‑1 (MQ=255) cTTAGGTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGAc > 1:3774559/1‑91 (MQ=255) gTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGttt < 2:1280976/91‑1 (MQ=255) gTTATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGttt > 1:3637573/1‑91 (MQ=255) ttATATTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGtttt < 1:3334677/91‑1 (MQ=255) tatTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCaa > 1:2761244/1‑91 (MQ=255) tatTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCaa < 2:1211577/91‑1 (MQ=255) atTCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCaaa > 2:2682516/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAAt < 1:2276720/91‑1 (MQ=255) tCAAAAACCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAAtt < 2:3148154/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATtata < 1:3759824/91‑1 (MQ=255) aaaCCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGtcagccatcaaatataat > 2:3267822‑M1/1‑73 (MQ=255) aaaCCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTatat < 2:1692707/91‑1 (MQ=255) aaCCTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATAtt > 2:1508870/1‑91 (MQ=255) ccTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTg < 1:2847477/91‑1 (MQ=255) ccTGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTg > 2:3100025/1‑91 (MQ=255) tGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACa < 2:3826023/71‑1 (MQ=255) tGAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGAt > 2:481778/1‑91 (MQ=255) gAAGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATg > 2:3451145/1‑91 (MQ=255) aaGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATgg > 2:1747075/1‑91 (MQ=255) aaGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATgg > 2:1950424/1‑91 (MQ=255) aGGCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGc < 1:163808/91‑1 (MQ=255) ggCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCt < 2:3005056/91‑1 (MQ=255) gCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTg < 1:313393/91‑1 (MQ=255) gCTTTGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTg > 1:3748808/1‑91 (MQ=255) tGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAcca > 1:2185343‑M2/1‑88 (MQ=255) tGCTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAcca > 2:3640153‑M2/1‑88 (MQ=255) cTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaag < 1:2785292‑M1/91‑35 (MQ=255) cTGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAccaag > 2:2570118‑M2/1‑86 (MQ=255) cTGATGTATTATTAAATATGTGGGGCTAATTGATTGTTCGCTAATAAAACAGCGTGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaag < 1:3610798‑M1/91‑35 (MQ=255) tGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaagc < 1:92463‑M1/91‑36 (MQ=255) tGATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAccaagc > 1:1460946‑M2/1‑85 (MQ=255) gATGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAccaagct > 1:1080234‑M2/1‑84 (MQ=255) tGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCtta < 1:266323/91‑1 (MQ=255) tGTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCtta < 1:2814144/91‑1 (MQ=255) gTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATtat < 1:3327971/68‑1 (MQ=255) gTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATtat > 2:3327971/1‑68 (MQ=255) gTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttat > 1:440734/1‑91 (MQ=255) gTATTATTAAATATGTGGGGTTAATTGATCGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttat > 1:2421323/1‑91 (MQ=255) gTATTATTAAATAGGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaagctgtt < 1:3884384‑M1/91‑40 (MQ=255) tattatTAAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatt < 2:3522095/91‑1 (MQ=255) attattAAATATGTGTGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATATAATTTGAAAACTGTccaagctgtttt > 2:3461669‑M2/1‑79 (MQ=255) ttattaAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatttt < 1:509380/91‑1 (MQ=255) ttattaAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatttt < 1:509118/91‑1 (MQ=255) ttattaAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatttt < 2:629167/91‑1 (MQ=255) tattaAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttattttt > 1:1394854/1‑91 (MQ=255) ttaAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatttttat > 1:2350317/1‑91 (MQ=255) taAATATGTGGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCttatttttatt > 1:2557831/1‑91 (MQ=255) gtgGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCtt > 1:3221480/1‑91 (MQ=255) tgGGGTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTa > 2:2328243/1‑91 (MQ=255) tgGGGTTAATTGATTGTGCTCTAATCCGACAGCTTGGACAGTTGTCATATTATAGTTGATGGCTTACCCAGCTTATTTTTATTTACGCttc < 2:668519/91‑2 (MQ=255) gggTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTaaa < 1:1666359/91‑1 (MQ=255) gggTTAATTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTaaa > 1:385103/1‑91 (MQ=255) aaTTGATTGTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTc > 1:2735951/1‑91 (MQ=255) attgattgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCa > 1:1674382/1‑91 (MQ=255) ttgattgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGtt > 1:672058/1‑88 (MQ=255) gattgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAAt > 2:1030380/1‑91 (MQ=255) gattgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAAt < 1:1850285/91‑1 (MQ=255) attgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATc > 1:1597017/1‑91 (MQ=255) ttgTTCTCTAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCa < 1:2095486/91‑1 (MQ=255) 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ctAATAAAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGtt < 1:1508870/91‑1 (MQ=255) taaAACAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGttatta > 2:1162037/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTtattat > 1:3538062/1‑91 (MQ=255) aaCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATAc < 1:3450007/91‑1 (MQ=255) aCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAccaagctgttttattagagaacaatcaattaaccccacatatttaataataca < 1:3865382‑M2/91‑54 (MQ=255) aCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACa > 1:2521703/1‑91 (MQ=255) aCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACa > 2:2490389/1‑91 (MQ=255) aCAGCTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACa > 1:827567/1‑91 (MQ=255) 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cTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGAccacgctgttttattagcgaacaatcaattagccccacatatttaataatatatcag < 1:3610834‑M2/91‑58 (MQ=255) cTTGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACATGaa < 1:3557452/91‑1 (MQ=255) ttGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACATGAAg > 2:2303748/1‑91 (MQ=255) tGGtcagtcatcaaatataatttgaaaactgtccaagctgttttattagagaacaatcaattaaccccacatatttaataatacatcagca > 2:1442867‑M1/1‑3 (MQ=255) tGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaagctgttttattagagaacaatcaattaaccccacatatttaataatacatcagca > 2:2096388‑M1/1‑3 (MQ=255) tGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaagctgttttattagagaacaatcaattaaccccacatatttaataataca > 2:2515960‑M1/1‑3 (MQ=255) tGGtcagccatcaaatataatttgaaaactgtccaagctgttttattagagaacaatcaattaaccccacatatttaataataca < 1:2515960‑M1/85‑83 (MQ=255) tGGACAGTTTTCAAATTATATTTGATGGCTGACCAAGCTTATTTTTATTTACGCTTAAACGTTCAAATCAACTCGTTATTATACATGAAgg < 2:2180430/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |