| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2818806 = | 196 (1.030) | 8 (0.050) | 7/142 | NT | 4.8% | intergenic (‑478/+67) | sraP/USA300HOU_RS14425 | Serine‑rich adhesin for platelets/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2818849 = | 143 (0.850) | intergenic (‑521/+24) | sraP/USA300HOU_RS14425 | Serine‑rich adhesin for platelets/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2818904‑2818806‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatgcatttAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAGA > USA300TCH1516_ALE/2818849‑2818938 ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCG > 1:1297749/1‑91ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCG > 1:1151103/1‑91ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCG < 1:840679/91‑1ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCG < 1:840560/91‑1ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCG > 1:22979/1‑91 TTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGA < 1:2197226/91‑1 TTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGAT > 2:3226516/1‑91 TTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGAT > 1:3209763/1‑91 TTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGAT > 1:3209591/1‑91 TCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATG < 2:1087836/91‑1 TCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATG < 2:1087753/91‑1 TCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATG < 2:1087579/91‑1 TCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATG > 1:2827818/1‑91 TCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATG < 1:1921008/91‑1 CGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGC > 2:3347162/1‑91 CGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGC > 2:3347257/1‑91 CGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGC > 1:2818850/1‑91 CGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGC > 2:3347488/1‑91 CGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGC < 2:440958/91‑1 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTCAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA < 2:956973/91‑1 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA > 2:201925/1‑91 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA > 2:1420712/1‑91 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA > 2:690049/1‑91 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA < 1:432426/91‑1 GATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA < 1:3779780/91‑1 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT < 2:524090/91‑1 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT > 2:3235830/1‑91 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT < 2:155771/91‑1 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT < 2:1358695/91‑1 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT > 1:2731597/1‑91 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCAT < 2:906231/91‑1 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA > 1:847819/1‑90 ATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCA < 2:847819/90‑1 TAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCGACTTAGTAGCGATGCATT < 2:3172490/91‑1 TAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCGACTTAGTAGCGATGCATT < 2:3173065/91‑1 TAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATT < 2:2132799/91‑1 AATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTT > 1:3785070/1‑91 TTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCAT > 2:1927840/1‑91 TAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATC > 1:3353199/1‑91 GTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTCTATCTTTTCATCTG > 1:1679663/1‑91 TGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATC > 1:2247450/1‑91 GCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCG > 2:1584213/1‑91 GCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCG > 1:2879740/1‑91 CATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGCTTGATTATCGA > 1:3516874/1‑91 AACTTAGTAGCGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAAC < 1:1927840/91‑1 GATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACgct < 2:3288418/91‑4 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTT < 2:3506355/91‑1 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTT > 1:1358572/1‑91 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTT < 2:2544170/91‑1 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTT < 2:2544272/91‑1 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTT < 2:2707835/91‑1 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGA < 1:2463987/61‑1 ATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGA > 2:2463987/1‑61 TGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTC < 1:2079093/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTCTCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 1:3281750/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 1:2214508/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 1:1542692/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 1:2214425/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT > 1:258267/1‑91 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 1:1546140/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT > 1:1536312/1‑91 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT < 2:1901815/91‑1 CATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTT > 2:2443149/1‑91 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT < 2:3347074/91‑1 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT > 2:1785456/1‑91 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT > 2:1501391/1‑91 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT > 2:1808654/1‑91 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT < 2:3759912/91‑1 ATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTT > 1:1873472/1‑91 TTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAG < 2:2801603/91‑1 TTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAG < 2:445740/91‑1 TTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAG < 2:2800376/91‑1 TAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAGA > 2:1067030/1‑91 TAATCCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAGA > 1:1779118/1‑91 ATTTCGATAATCAATCAGATGAAAAGATATAAGTAATTTAATCATTTTAGTGAATTAAATGCATCCTTACTAAACATTCAACTTAGTAGCGATGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2818904‑2818806‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatgcatttAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATTATCGAAATTTCTTCCTTCTAAACCTGCTAACTCTTCTTTAGA > USA300TCH1516_ALE/2818849‑2818938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |