| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2818806 = | 196 (1.030) | 8 (0.050) | 7/142 | NT | 4.8% | intergenic (‑478/+67) | sraP/USA300HOU_RS14425 | Serine‑rich adhesin for platelets/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2818849 = | 143 (0.850) | intergenic (‑521/+24) | sraP/USA300HOU_RS14425 | Serine‑rich adhesin for platelets/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTGTAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATT > USA300TCH1516_ALE/2818716‑2818896 | gtgtAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGaaaa > 1:3347488/1‑91 (MQ=255)gtgtAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGaaaa > 2:430898/1‑91 (MQ=255) tgtAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGaaaaa > 2:2358676/1‑91 (MQ=255) ctaaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattaa < 2:445740‑M1/2‑1 (MQ=255) ctaaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattaa < 2:2801603‑M1/2‑1 (MQ=255) tAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAAt < 2:572109/91‑1 (MQ=255) aaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAAt > 2:1501391‑M1/88‑91 (MQ=255) aaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAAt > 2:1785456‑M1/88‑91 (MQ=255) aaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAAt < 2:3759912‑M1/4‑1 (MQ=255) aaagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAAt < 2:3347074‑M1/4‑1 (MQ=255) aagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATg < 1:2214425‑M1/5‑1 (MQ=255) aagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATg > 1:258267‑M1/87‑91 (MQ=255) aagaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATg < 1:1542692‑M1/5‑1 (MQ=255) gaagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCa < 1:2079093‑M1/7‑1 (MQ=255) aagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCAt < 2:3506355‑M1/8‑1 (MQ=255) aagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCAt < 2:2707835‑M1/8‑1 (MQ=255) aagagttagcaggtttagaaggaagaaatttcgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCAt < 2:2544170‑M1/8‑1 (MQ=255) gtAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGctac > 1:2194826/1‑91 (MQ=255) gtAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGctac > 2:2214508/1‑91 (MQ=255) tAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGctact > 2:3327613/1‑91 (MQ=255) ttCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAg > 2:111352/1‑91 (MQ=255) ttCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAg < 2:879397/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAg < 1:1836436/91‑1 (MQ=255) tCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGt < 1:490995/91‑1 (MQ=255) tCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGt > 1:3235830/1‑91 (MQ=255) tCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGt < 1:1325028/91‑1 (MQ=255) cTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGtt > 2:1297895/1‑91 (MQ=255) tAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTg > 2:3538900/1‑91 (MQ=255) tAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTg > 2:2114466/1‑91 (MQ=255) tAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTg > 2:9620/1‑91 (MQ=255) aaaaGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGa > 1:2942425/1‑91 (MQ=255) aaaaGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGa > 1:2179940/1‑91 (MQ=255) aaaGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGat > 2:2061632/1‑90 (MQ=255) aGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATg < 1:624853/91‑1 (MQ=255) aGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATg < 2:1672325/91‑1 (MQ=255) aTTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGtt < 1:3199456/91‑1 (MQ=255) cttcttTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAg > 2:3052070/1‑91 (MQ=255) ttcttTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGt > 2:2876662/1‑91 (MQ=255) tcttTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTa > 2:3884655/1‑91 (MQ=255) tcttTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTa > 1:3530684/1‑91 (MQ=255) cttTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTaa < 1:1065327/91‑1 (MQ=255) tttAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAg < 1:2023267/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAgg > 2:1173622/1‑91 (MQ=255) tAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGa > 2:3024249/1‑91 (MQ=255) aaaaTATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATg > 1:815019/1‑91 (MQ=255) cgataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGc > 1:2879740‑M1/53‑91 (MQ=255) gataatcaatcagatgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCa > 1:2247450‑M1/52‑91 (MQ=255) atatAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCAt < 2:822737/91‑1 (MQ=255) tataAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCAtt > 2:3254570/1‑91 (MQ=255) tataAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCAtt < 1:2735789/91‑1 (MQ=255) tataAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTAATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCAtt > 1:3274617/1‑91 (MQ=255) ataAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCAttt > 1:2614743/1‑91 (MQ=255) taAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTa > 1:1009269/1‑91 (MQ=255) taAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTa > 2:3128358/1‑91 (MQ=255) aaaTACCGCGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTaa < 1:1934210/91‑1 (MQ=255) aaaTACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTaa > 2:1969257/1‑91 (MQ=255) aaTACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAAt < 1:1415732/91‑1 (MQ=255) aTACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAAtt < 1:3386029/91‑1 (MQ=255) aTACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATACATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAAtt > 1:2801603/1‑91 (MQ=255) aCCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCa < 1:604878/91‑1 (MQ=255) aCCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCa < 2:2473360/91‑1 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc < 2:2634422/91‑1 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc > 1:1754911/1‑91 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc < 1:3035070/91‑1 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc > 2:1596379/1‑91 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc < 2:701795/91‑1 (MQ=255) ccACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCAc > 1:866988/1‑91 (MQ=255) atgaaaagatataagtaatttaatcattttagtgaattAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTaa > 2:1927840‑M1/39‑91 (MQ=255) gACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTaaa < 1:516866/91‑1 (MQ=255) gACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTaaa > 2:1089158/1‑91 (MQ=255) 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ttCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTatat > 1:2770183/1‑91 (MQ=255) ttCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTatat < 2:667079/91‑1 (MQ=255) ttCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTatat < 1:317870/91‑1 (MQ=255) tCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATc > 1:1608215/1‑91 (MQ=255) cATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCt > 2:274133/1‑91 (MQ=255) tttATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCttt < 2:3239824/91‑1 (MQ=255) tttATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCttt < 2:865445/91‑1 (MQ=255) tataAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTc < 2:1850272/91‑1 (MQ=255) ataAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCa < 1:1906248/91‑1 (MQ=255) ataAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCa > 1:2380109/1‑91 (MQ=255) ataAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCa < 1:1431060/91‑1 (MQ=255) gCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCtga > 1:3759912/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAATGCGTCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCtgat < 1:3512726/91‑1 (MQ=255) AAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTgattgatt > 1:3785070‑M1/1‑91 (MQ=255) | GTGTAATATATGTGTAATTCTAAAAGATTCTTCTTTAAAAATATAAATACCACGACATATTGCTTTAACATTTTCATTTATAAAGCGAAAAAATGCATCGCTACTAAGTTGAATGTTTAGTAAGGATGCATTTAATTCACTAAAATGATTAAATTACTTATATCTTTTCATCTGATTGATT > USA300TCH1516_ALE/2818716‑2818896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |