| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830200 | 148 (0.780) | 12 (0.070) | 8/138 | NT | 9.1% | intergenic (+28/+419) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830235 | 112 (0.680) | intergenic (+63/+384) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830146 ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA < 1:1499825/91‑1ATTGCATGAATTCTATATCTTTAGGATTATTATTGGAAATCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA < 1:3605158/91‑1 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:3049747/1‑91 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 1:964265/1‑91 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:1056744/1‑91 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:3049679/1‑91 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTACTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTGTTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:2968813/1‑91 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:1675053/1‑91 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:978803/1‑91 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:3881644/1‑91 GCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC > 1:3089332/1‑91 GCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC < 1:279130/91‑1 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 2:2365068/91‑1 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 2:2364491/91‑1 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA > 1:853072/1‑91 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 1:766864/91‑1 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA > 2:956602/1‑91 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 1:1166509/91‑1 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 2:3678952/91‑1 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 1:3747822/91‑1 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 2:17735/91‑1 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 2:17620/91‑1 GTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 1:211806/91‑1 ATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG < 2:426991/91‑1 ATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 1:1774881/1‑91 ATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 1:1775082/1‑91 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:2714982/91‑1 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 2:494101/91‑1 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:587325/91‑1 TCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 1:625899/1‑83 TCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG < 2:625899/83‑1 AAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑GGGCGAAGTCAGTCAATTCAAACTGAT < 2:713168/91‑1 CAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑GGGCGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTC < 1:2281091/91‑1 AACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTC < 2:1121910/91‑1 AACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTC < 2:1120882/91‑1 AACCATATAAATTGAACATTAATGCGTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTC < 2:1121718/91‑1 TATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCA < 2:194485/91‑1 ATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC < 1:621955/91‑1 TAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:342235/91‑1 TAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:2111584/91‑1 AACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTT < 1:2583690/91‑1 CATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTT < 1:1510545/91‑1 TAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAA < 1:1748989/91‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGT < 2:1571330/91‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGT > 2:2985653/1‑91 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAG > 2:2334964/1‑66 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAG > 2:2334801/1‑66 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAG < 1:2334801/66‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAG < 1:2334964/66‑1 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTT < 2:2293112/91‑1 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTT > 1:89052/1‑91 ACACGCGGTAAAACGAAGTCTGTCAATTCAAACTGTTTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTC > 2:3824714/1‑91 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTC > 1:3380317/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTTGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCA > 2:3872502/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCA > 1:3791266/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCA > 1:3791503/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCA > 1:2981846/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCA > 1:3791872/1‑91 CGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAAT > 1:2291108/1‑91 GCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATT < 2:2254902/91‑1 GCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATT < 2:474905/91‑1 GCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATT < 2:3825193/91‑1 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTATCTTTGTTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTT > 2:2467548/1‑91 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTT > 1:40230/1‑91 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTT > 2:2467431/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAGCGCGTGTTTTTAATATAGCTTAATAATGAATAAGCATTAATGTTCAACTTATA > 1:3603918/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA > 1:1328332/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA > 1:1525891/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA > 2:2401813/1‑91 ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |