| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1195 | 7491 (0.630) | 676 (0.060) | 40/144 | NT | 8.4% | intergenic (‑1/‑384) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1199 | 8040 (0.750) | intergenic (‑5/‑380) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 16677 total aligned reads displayed.
GTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGG > NC_012417/1105‑1286 | acaAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAttttt > 1:1149493/1‑91 (MQ=255) caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaa < 2:1604800‑M1/91‑5 (MQ=255) caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg < 1:3745439/91‑1 (MQ=255) caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg > 2:1909342/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaa < 1:3808378‑M1/91‑6 (MQ=255) aaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaa < 2:1684550‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaat < 2:1191425‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatg < 2:2857999‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatg < 1:762718‑M2/91‑5 (MQ=255) aTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaatga < 2:1386115‑M1/91‑10 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat > 1:2631169‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat < 2:3332057‑M2/91‑7 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat < 2:633112‑M2/91‑7 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag > 1:2767478‑M2/1‑83 (MQ=255) gACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGGATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 2:3189629/91‑1 (MQ=255) gACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:3470238/91‑1 (MQ=255) gACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 2:2317607/1‑91 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTCGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTCTTGAATGATAGCa < 1:3875460‑M2/91‑2 (MQ=255) cAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa > 1:572157‑M2/1‑89 (MQ=255) cAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa > 1:1000060‑M2/1‑89 (MQ=255) cAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCACTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGTCCTATCATTTTTGAATGATAGCaa > 1:175847‑M2/1‑89 (MQ=255) gTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaaat > 2:2125170‑M2/1‑87 (MQ=255) gTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaaat > 1:2564677‑M2/1‑87 (MQ=255) aCAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaaattc > 2:2392570‑M2/1‑85 (MQ=255) aGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtctc < 2:1113354/91‑1 (MQ=255) aGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtctc < 2:1839204/91‑1 (MQ=255) gCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCTCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTcc < 2:3054153/91‑1 (MQ=255) gCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTcc > 1:2083665/1‑91 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt < 1:448125/91‑1 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt < 2:2613216/91‑1 (MQ=255) tttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCtt < 2:1538125/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa > 1:367972/1‑91 (MQ=255) tGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTAt > 2:2058217/1‑91 (MQ=255) tGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctc > 1:3553852/1‑91 (MQ=255) gATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctct < 1:340416/91‑1 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:2207458/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt < 2:2547771/91‑1 (MQ=255) tatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTa > 2:3395854/1‑91 (MQ=255) atCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTAc < 1:2147897/91‑1 (MQ=255) tCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACg > 1:965992/1‑91 (MQ=255) tCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACg < 2:784431/91‑1 (MQ=255) cACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACgg < 2:410017/91‑1 (MQ=255) aCTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGa < 2:2703293/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAg > 1:2494491/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAg > 2:559669/1‑91 (MQ=255) ttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTAc > 1:2709349/1‑85 (MQ=255) ttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtt > 1:699512/1‑91 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtttt > 1:1409415/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag < 1:1889568/91‑1 (MQ=255) tAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaa > 1:833178/1‑91 (MQ=255) aaaaCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaa > 1:2025012/1‑91 (MQ=255) aaCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaatt > 1:3036356/1‑91 (MQ=255) cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaa < 2:2923205/91‑1 (MQ=255) cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaa > 2:3771865/1‑91 (MQ=255) ccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaa > 2:354161/1‑91 (MQ=255) ccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaa > 2:2471574/1‑91 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaa < 2:478358/91‑1 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaa > 1:2831301/1‑91 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaa > 1:1828054/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtc > 2:2982162/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtc < 1:516170/91‑1 (MQ=255) gAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtc < 2:709061/91‑1 (MQ=255) 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TGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttt < 2:3260877‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTCTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttt < 1:3113476‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttttt > 2:1317667‑M1/1‑91 (MQ=255) caaagccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTg > 2:1032250‑M2/11‑91 (MQ=255) ttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGAt < 2:1255802/91‑1 (MQ=255) agccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATa > 1:1342372‑M2/8‑91 (MQ=255) ccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAGTTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaa > 1:3618003‑M2/6‑91 (MQ=255) agaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaaaa < 2:1468767‑M2/88‑1 (MQ=255) 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tCATTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttat < 1:895936‑M2/91‑83 (MQ=255) tCATTTTTGGATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCt > 1:1956891/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCt > 2:1986098/1‑91 (MQ=255) tCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCt > 1:1550866/1‑91 (MQ=255) cATTcaaaaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatt < 1:2904798‑M1/91‑88 (MQ=255) cATTTTTGaatgatagctctggcaaggccagacattccaagggttttaagttattttaaagtgatatcatacaaagctgtagtgtcacact < 1:2353213‑M2/91‑84 (MQ=255) cATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTATAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGACCTg > 2:2253331/1‑91 (MQ=255) aTTcaaaaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttattt > 2:2186255‑M1/1‑3 (MQ=255) aTTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttattt < 1:1483539‑M2/91‑85 (MQ=255) aTTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 2:1752822/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCGTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:3182359/91‑1 (MQ=255) tttttGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCa < 1:1278840/91‑1 (MQ=255) ttcaaaaatgataggtctggcaaatccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatttt < 2:3620065‑M1/91‑90 (MQ=255) ttcaaaaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatttt < 1:1614520‑M1/91‑90 (MQ=255) | GTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGG > NC_012417/1105‑1286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |