| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1195 | 7491 (0.630) | 676 (0.060) | 40/144 | NT | 8.4% | intergenic (‑1/‑384) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1199 | 8040 (0.750) | intergenic (‑5/‑380) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 14746 total aligned reads displayed.
CAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATT > NC_012417/1109‑1290 | caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg > 2:924629/1‑91 (MQ=255)caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg > 2:567679/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaat < 1:3676954‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat < 1:3468658‑M2/91‑7 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat > 1:2631169‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat < 1:1618865‑M2/91‑7 (MQ=255) aaGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgata < 1:2286870‑M2/91‑8 (MQ=255) aaGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgata > 2:3847320‑M2/1‑84 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:2838427‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:1894243‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 2:1599870‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:1485608‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag > 1:1216242‑M2/1‑83 (MQ=255) gACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGGATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 2:3189629/91‑1 (MQ=255) gACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTAACATTTTTGAATGATAGc > 1:3330651/1‑91 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:2706359‑M2/1‑90 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:203062‑M2/1‑90 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:1342431‑M2/1‑90 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa < 2:3042034‑M2/91‑2 (MQ=255) aCAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa < 2:2373460‑M2/91‑2 (MQ=255) cAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa > 1:1000060‑M2/1‑89 (MQ=255) cAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtct < 1:3735893/91‑1 (MQ=255) cAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtct > 2:1828740/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtctc < 1:442526/91‑1 (MQ=255) gCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTcc > 2:1528615/1‑91 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt < 2:1314595/91‑1 (MQ=255) tttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCtt < 2:1028543/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa < 2:2052666/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa < 1:2563615/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa > 2:1902961/1‑91 (MQ=255) gTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATg > 1:3398728/1‑91 (MQ=255) tATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGc > 2:2673838/1‑91 (MQ=255) aTGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGct > 1:1277155/1‑91 (MQ=255) tGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctc > 1:1554425/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAGATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:2971811/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:361513/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:1696404/1‑91 (MQ=255) atCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTAc < 1:830864/91‑1 (MQ=255) 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cTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAg > 2:3399779/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAATACCTTAAAACCACTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGCCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAg > 2:63737/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatga < 2:1186496‑M2/61‑6 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGt > 1:1408513/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGt > 2:1677898/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGt > 1:1965927/1‑91 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctct < 1:318628/80‑1 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGttttt > 2:2109148/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 1:2908808/1‑91 (MQ=255) tACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTaga > 2:2843599/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTagag > 2:276080/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTagag > 2:3622060/1‑91 (MQ=255) aaCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaatt > 2:710019/1‑91 (MQ=255) aCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaatta < 2:3461604/91‑1 (MQ=255) ccccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaa > 1:695355/1‑91 (MQ=255) cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGCGTTTTTAGAGaaaaattaca > 2:3334499/1‑89 (MQ=255) cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaa < 1:2209142/91‑1 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCATTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaa < 1:3259439/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 2:137265/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 2:3779984/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 2:1251862/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt > 2:2171541/1‑91 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 2:245115/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtct < 1:2153220/91‑1 (MQ=255) aTTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtctc < 2:1110714/91‑1 (MQ=255) tttCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCg > 1:242719/1‑91 (MQ=255) ttCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGa > 2:3122682/1‑91 (MQ=255) CTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAtt < 1:3042348‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttttt > 2:1749369‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttttt < 1:3802237‑M1/91‑1 (MQ=255) aagccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGAt > 1:95921‑M2/9‑91 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATa < 1:571137/91‑1 (MQ=255) gccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaa > 1:633828‑M2/7‑91 (MQ=255) 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tttGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatttttg < 1:3868533‑M2/91‑88 (MQ=255) ttGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatttttgt < 1:2769050‑M2/91‑89 (MQ=255) tGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGaa > 2:2237720/1‑91 (MQ=255) tGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGaa < 2:849119/91‑1 (MQ=255) gAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAAt < 1:1833454/91‑1 (MQ=255) | CAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATT > NC_012417/1109‑1290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |