New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 46314 | 204 (1.070) | 12 (0.060) | 9/156 | NT | 5.3% | coding (1207/1629 nt) | hin_1 | DNA‑invertase hin |
? | USA300TCH1516_ALE | = 46361 | 228 (1.230) | coding (1160/1629 nt) | hin_1 | DNA‑invertase hin |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GCTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTTACTAC > USA300TCH1516_ALE/46224‑46404 | gCTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTG > 1:3348342‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTG > 2:2653411‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTG < 1:1589781‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGt < 1:1720471/91‑1 (MQ=255) tCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACtt > 1:2973103/1‑91 (MQ=255) cATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtc > 2:2016537/1‑91 (MQ=255) cATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtc < 1:2820858/91‑1 (MQ=255) cATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtc > 2:1974937/1‑91 (MQ=255) cATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtc < 2:2061367/91‑1 (MQ=255) cATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtc > 2:2325707/1‑91 (MQ=255) atTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGAATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTtcatc > 1:3785219/1‑91 (MQ=255) tttGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCata < 1:2669797/91‑1 (MQ=255) tGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAtt < 2:2889462/91‑1 (MQ=255) tGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAtt > 1:2085852/1‑91 (MQ=255) gAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttg > 1:954614/1‑91 (MQ=255) gAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttg < 2:1938454/91‑1 (MQ=255) aTACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgtt > 1:2677085/1‑91 (MQ=255) tACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttg > 1:145027/1‑91 (MQ=255) cTTTGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgtt > 2:1842863/1‑91 (MQ=255) cTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgtt > 1:3537072/1‑91 (MQ=255) cTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgtt < 2:107175/91‑1 (MQ=255) ttGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgttg > 2:3316486/1‑91 (MQ=255) ttGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgttg < 2:3543362/91‑1 (MQ=255) ttGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATAttgttgttg < 2:2097608/91‑1 (MQ=255) cTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTtat < 1:3388618/91‑1 (MQ=255) tGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTtata < 1:2074032/91‑1 (MQ=255) tGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTtata < 1:651694/91‑1 (MQ=255) aTTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAg < 2:1276980/91‑1 (MQ=255) ttACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGc < 1:2384141/91‑1 (MQ=255) ttACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGc < 1:2414957/91‑1 (MQ=255) ttACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGc < 2:570663/91‑1 (MQ=255) ttACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGc < 2:2481933/91‑1 (MQ=255) tACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCa > 2:38568/1‑91 (MQ=255) aTGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATc < 2:1677560/91‑1 (MQ=255) aTGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATc > 2:1008001/1‑91 (MQ=255) tGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCg < 1:418259/91‑1 (MQ=255) gTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTGGTTGCTTATAAGCAATATCGt < 2:874576/91‑1 (MQ=255) aGTCCGGATTATCCTCGTTGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGtgatg > 1:3040355/1‑91 (MQ=255) aGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGtgatg < 1:1211310/91‑1 (MQ=255) gTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGtgatga > 1:715069/1‑91 (MQ=255) cGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGt > 1:839071/1‑91 (MQ=255) ggATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTg > 1:1362730/1‑91 (MQ=255) ggATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTg < 2:1967161/91‑1 (MQ=255) aTTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGcacttcatcacgatattgcttataagcaacaacaatatgatgaagtaca < 1:2020211‑M1/91‑50 (MQ=255) ttATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTTCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAg < 2:3373342/91‑1 (MQ=255) tATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCatat > 1:1541504/1‑53 (MQ=255) tATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTg < 1:571961/87‑1 (MQ=255) aTCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGcacttcatcacgatattgcttataagcaacaacaatatgatgaagtacaaat < 1:687814‑M1/91‑53 (MQ=255) aTCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcg > 2:2822518/1‑91 (MQ=255) aTCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcg < 2:3115962/91‑1 (MQ=255) aTCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcg > 2:1397520/1‑91 (MQ=255) aTCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcg < 2:3728998/91‑1 (MQ=255) tCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcgc < 2:3027467/91‑1 (MQ=255) tCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcgc < 2:1246223/91‑1 (MQ=255) tCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcgc > 1:2324789/1‑91 (MQ=255) tCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAgcgc > 1:2325101/1‑91 (MQ=255) tCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCAt > 2:2568620/1‑91 (MQ=255) tCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCAt < 2:2324842/91‑1 (MQ=255) tgATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATc < 2:772357/90‑1 (MQ=255) cGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATc > 2:3422938/1‑91 (MQ=255) cGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATc > 1:2151044/1‑91 (MQ=255) aTGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGcacttcatcacgatattgcttataagcaacaacaatatgatgaagtacaaatcaaaata < 1:13373‑M1/91‑60 (MQ=255) tGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAAc < 2:3333294/91‑1 (MQ=255) 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gATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGtt > 1:2282816/1‑91 (MQ=255) aTTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTta < 2:839071/91‑1 (MQ=255) aTTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTta < 1:2731785/91‑1 (MQ=255) aTTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTta < 2:3785219/91‑1 (MQ=255) aTTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTta < 2:3537072/91‑1 (MQ=255) ttGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTtact > 1:2535250/1‑91 (MQ=255) tGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGcaaatcaaaataaataacttgattaaaaccatcgaggataat < 1:2220090‑M2/91‑43 (MQ=255) tGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTtacta > 1:755674/1‑91 (MQ=255) tGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTtacta > 1:2555554/1‑91 (MQ=255) tGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTtacta > 1:1354265/1‑91 (MQ=255) gcacttcatcacgatattgcttataagcaacaacaatatgatgaagtacaaatcaaaataaataacttgattaaaaccatcgaggataatc < 1:639933‑M1/91‑91 (MQ=255) gTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGcaaatcaaaataaataacttgattaaaaccatcgaggataatc < 1:42808‑M2/91‑44 (MQ=255) gTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTtactac > 2:210952/1‑91 (MQ=255) | GCTTTTCATATTTTTGAATACTTGGTCTGATTACTGATGTTAAGTCCGGATTATCCTCGATGGTTTTAATCAAGTTATTTATTTTGATTTGTACTTCATCATATTGTTGTTGCTTATAAGCAATATCGTGATGAAGTGCAGCGCCATCAACTTGATTTTCTTGATTGACGTGTGTTACTAC > USA300TCH1516_ALE/46224‑46404 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |