| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 110682 | 232 (1.220) | 17 (0.100) | 8/150 | NT | 6.6% | coding (541/771 nt) | USA300HOU_RS00515 | putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 110687 | 260 (1.460) | coding (546/771 nt) | USA300HOU_RS00515 | putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
GAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAA > USA300TCH1516_ALE/110592‑110772 | aaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAata < 2:3166‑M1/91‑4 (MQ=255) aaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAata < 2:834855‑M1/91‑4 (MQ=255) aaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAata < 1:3563096‑M1/91‑4 (MQ=255) aaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAata < 1:2042652‑M1/91‑4 (MQ=255) aCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAataa < 1:394171‑M1/91‑5 (MQ=255) aCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTa > 1:1612811/1‑91 (MQ=255) cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 1:697847/91‑1 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAATAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAataact < 1:3300541‑M1/91‑7 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAataact < 1:3478935‑M1/91‑7 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAataact < 1:1013113‑M1/91‑7 (MQ=255) ttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAataactc < 2:2357771‑M1/91‑8 (MQ=255) tAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATtcg > 1:1756207‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATtcg > 2:2922342‑M2/1‑88 (MQ=255) cTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTaaa > 2:1495845/1‑91 (MQ=255) tGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat < 1:1521708/91‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTAGAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat < 2:3061993/91‑1 (MQ=255) atatGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa < 1:2832981/91‑1 (MQ=255) tGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 2:633745/91‑1 (MQ=255) tGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:2533103/91‑1 (MQ=255) gCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa < 1:2154421/91‑1 (MQ=255) gCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa > 1:2499839/1‑91 (MQ=255) gACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatg < 1:2371757/91‑1 (MQ=255) aCTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatga > 2:1206274/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 1:559072/1‑91 (MQ=255) tttAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg < 2:2880700/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 2:255507/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAgttattcggcacctctggattatatgaaatatctcc > 2:928772‑M1/1‑55 (MQ=255) aaaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 1:1466139/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 2:1281798/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 1:3822565/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 1:1075052/1‑91 (MQ=255) aaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtata > 1:313521/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg > 1:1660582/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 2:3346381/91‑1 (MQ=255) tGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 1:3743713/91‑1 (MQ=255) gAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:3426035/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 2:877736/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:1823822/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 1:117832/91‑1 (MQ=40) aTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAgttattcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataattt > 2:1119699‑M1/1‑42 (MQ=255) ataAAGACGGAGATATTTCATATAGTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 1:1981839/1‑91 (MQ=255) aaaGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 2:2276465/91‑1 (MQ=39) aaaGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc > 1:2108182/1‑91 (MQ=39) agatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:3544570/87‑1 (MQ=9) agatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:3753440/87‑1 (MQ=9) aGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 1:1508542/91‑1 (MQ=40) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCa < 2:2605267/91‑1 (MQ=40) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCa < 2:776328/91‑1 (MQ=255) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCa > 1:2396516/1‑91 (MQ=255) cGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa < 2:2661948/91‑1 (MQ=255) ggAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc > 2:761933/1‑85 (MQ=40) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAg > 1:816/1‑91 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAga > 2:2444500/1‑91 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAga < 1:96399/91‑1 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAga > 1:2667856/1‑91 (MQ=255) atatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata > 2:3676725/1‑91 (MQ=255) tttCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga < 2:2499839/91‑1 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTCACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga > 1:3073015/3‑91 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga < 1:74757/89‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCGATTAACTAATGGTGATTATAAGGTAAATCAATTACGCAAAAgatatgata > 2:2029246/1‑91 (MQ=14) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata > 1:165538/1‑91 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata > 2:56655/1‑91 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgatat > 2:2800528/1‑91 (MQ=255) atatAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata > 1:2947431/1‑91 (MQ=255) atatAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata > 1:355468/1‑91 (MQ=255) atatAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata > 2:689938/1‑91 (MQ=255) tataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAc < 2:3642081/91‑1 (MQ=255) ataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAcc < 2:888120/91‑1 (MQ=255) aaTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcga < 1:984453/91‑1 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAgttattcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaa > 1:2116673‑M1/1‑14 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg > 2:1807699/1‑91 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 1:273960/69‑1 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacga > 1:1386822/1‑91 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacga < 2:2384179/91‑1 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAg > 2:1939297/1‑91 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa < 1:3370965/69‑1 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 2:3087434/91‑1 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 2:3877068/91‑1 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAg > 1:3679095/1‑91 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAg < 2:1748804/91‑1 (MQ=255) gCCGAataactcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttatagtcgccatattgaacaaagaact > 2:3615017‑M1/1‑5 (MQ=255) gCCGAGTTATTCGGCacctctggattatatgaaatatctccgtctttatacttcgacaaatctttaaagtttccatattgaacaaagaact > 1:612089‑M1/1‑15 (MQ=255) gCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCt > 2:683713/1‑91 (MQ=255) cGAataactcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaactta > 1:1755936‑M1/1‑3 (MQ=255) cGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:3812413/91‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:1044577/91‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc > 2:152095/1‑91 (MQ=255) cGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 1:3291344/91‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 1:3258227/91‑1 (MQ=255) gAGTTATTCGGCacctctggattatatgaaatatctccgtctttatacttcgacaaatctttaaagtttccatattgaacaaagaacttaa > 2:1697897‑M1/1‑12 (MQ=255) gAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCa > 2:402468/1‑91 (MQ=255) gAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCa < 2:945529/91‑1 (MQ=255) aGTTATtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaacttaaa < 2:3585018‑M2/91‑86 (MQ=255) aGTTATtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaacttaaa < 2:2094917‑M2/91‑86 (MQ=255) aGTTATtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaacttaaa < 1:2749788‑M2/91‑86 (MQ=255) aGTTATTCGGCacctctggattatatgaaatatctccgtctttatacttcgacaaatctttaaagtttccatattgaacaaagaacttaaa > 1:1311931‑M1/1‑11 (MQ=255) aGTTATTCGGCacctctggattatatgaaatatctccgtctttatacttcgacaaatctttaaagtttccatattgaacaaagaacttaaa > 1:1241162‑M1/1‑11 (MQ=255) aGTTATTCGGCacctctggattatataaaatatctccgtctttatacttcgacaaatctttaaagtttccatattgaacaaagaacttaaa > 2:2214109‑M1/1‑11 (MQ=255) aGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCaa > 2:2068720/1‑91 (MQ=255) aGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCaa > 1:1480399/1‑91 (MQ=255) | GAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAA > USA300TCH1516_ALE/110592‑110772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |