| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 110682 | 232 (1.220) | 17 (0.100) | 8/150 | NT | 6.6% | coding (541/771 nt) | USA300HOU_RS00515 | putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 110687 | 260 (1.460) | coding (546/771 nt) | USA300HOU_RS00515 | putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/110597‑110777 | cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCTACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 1:357328/91‑1 (MQ=255)cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 1:2865928/91‑1 (MQ=255)cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 1:697191/91‑1 (MQ=255) aGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATtcggc < 1:1207956‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTaaa > 2:1495845/1‑91 (MQ=255) ttGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAata > 2:1219926/1‑91 (MQ=255) ttGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAata < 1:2712376/91‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat < 1:1521708/91‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTAGAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAatat < 2:3061993/91‑1 (MQ=255) ttCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAATAACtcggcacctctgga > 1:2116673‑M2/1‑77 (MQ=255) tCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa < 2:791844/91‑1 (MQ=255) cAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAt > 2:2895952/1‑91 (MQ=255) aaTATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt < 2:3884508/91‑1 (MQ=255) atGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 1:1391940/91‑1 (MQ=255) ggCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTa < 2:2923830/91‑1 (MQ=255) gACTTTATAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatg < 1:1932211/91‑1 (MQ=255) gACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatg > 1:1612658/1‑91 (MQ=255) gACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatg < 1:2371757/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 2:1835541/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 2:1281798/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 1:1466139/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatgaata > 1:2185997/1‑88 (MQ=255) aaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:3563778/91‑1 (MQ=255) aaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtata > 1:1788792/1‑91 (MQ=255) aaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtata > 1:313383/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg > 1:529737/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 1:3753720/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg > 1:1660582/1‑91 (MQ=255) tGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt > 1:2555599/1‑91 (MQ=255) gAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:3426035/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa > 2:878217/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 2:3277323/91‑1 (MQ=40) aaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAATAACtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataat > 2:1119699‑M2/1‑49 (MQ=255) aaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAc < 2:2588017/91‑1 (MQ=40) aaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAc > 1:1332855/1‑91 (MQ=40) ataAAGACGGAGATATTTCATATAGTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 1:1981883/1‑91 (MQ=255) ataAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 2:634390/1‑91 (MQ=39) taAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa < 1:2099519/91‑1 (MQ=39) agatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:3753440/87‑1 (MQ=9) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:2468225/91‑1 (MQ=12) gatggAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCa < 2:2653601/88‑1 (MQ=255) ggAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc > 2:761947/1‑85 (MQ=40) ggAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAATAACtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaattttt > 2:928772‑M2/1‑36 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAga > 1:2667856/1‑91 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata > 2:74757/1‑91 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata > 1:2512323/1‑91 (MQ=255) atatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata > 2:3676725/1‑91 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatg < 1:610440/88‑1 (MQ=255) atTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatg < 1:2449938/91‑1 (MQ=40) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga < 1:76727/89‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCGATTAACTAATGGTGATTATAAGGTAAATCAATTACGCAAAAgatatgata > 2:2029246/1‑91 (MQ=14) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata > 1:165658/1‑91 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata < 1:2811715/91‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata > 2:56655/1‑91 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata < 1:329290/91‑1 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgatat < 1:1102192/91‑1 (MQ=255) tataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAc < 2:3642081/91‑1 (MQ=255) tataATCCAGAGGTGCCGAGTTAGGCGGCTAAATATCAATTAAGTAATGAGGATCATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAc < 2:3610353/91‑1 (MQ=17) ataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAcc < 2:888120/91‑1 (MQ=255) ataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAcc > 2:2269464/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcga < 1:984453/91‑1 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg < 2:2050044/91‑1 (MQ=255) 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ttATtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctctataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaacttaaagt < 2:2424606‑M2/91‑88 (MQ=255) tATtcggcacctctggattatatgaaatatctccgtctttataatttttcaaatttttaaagtcgccatattgaacaaagaacttaaagtt < 2:3166‑M2/91‑89 (MQ=255) tATTCGGCTAAGTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGt < 1:3513987/91‑1 (MQ=255) tATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGt < 2:1740808/91‑1 (MQ=255) aTTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGtt < 1:3195900/91‑1 (MQ=255) ttCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTa > 2:1912001/1‑91 (MQ=255) | CTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/110597‑110777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |