| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 344445 | 212 (1.110) | 20 (0.130) +ACATTAAGATAGTTTA |
8/128 | NT | 10.7% | intergenic (+44/‑164) | yezG_1/USA300HOU_RS01545 | putative antitoxin YezG/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 348041 | 206 (1.080) | coding (288/300 nt) | yezG_1 | putative antitoxin YezG | |||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
ATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAATATAAAGATAATTTTAGGTTTTTAAACTTTT > USA300TCH1516_ALE/344355‑344534 | ataaAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑tt < 2:1334330/91‑1 (MQ=255) taaAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑ttt < 1:2403762/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑tttt > 1:2081126/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑ttttt < 2:1245601/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTa > 1:3198724/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTa < 2:1609226/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTa > 1:3200049/1‑91 (MQ=255) gTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAg > 1:377095/1‑91 (MQ=255) gTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAg > 1:625885/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAAC‑‑‑AAAGCTTTATTGTTTAGTC‑TTacattaa < 1:467791‑M1/91‑8 (MQ=255) aaaGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATGAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGt > 1:3615551/1‑91 (MQ=255) aaGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGtt < 1:2981102/91‑1 (MQ=255) aaGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGtt < 1:2246924/91‑1 (MQ=255) gAAATCGAGCAATTTATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTa < 1:2322083/91‑1 (MQ=255) gAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTa < 1:3586948/91‑1 (MQ=255) gAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTa < 2:3173896/91‑1 (MQ=255) aaaTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTaa < 1:3265123/91‑1 (MQ=255) aaaTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTaa < 1:3692927/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGt < 1:704555/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGt < 2:459975/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGt < 2:459230/91‑1 (MQ=255) tCGAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAGCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTa > 2:3804733/1‑91 (MQ=255) gAGCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTaaa > 2:1532141/1‑91 (MQ=255) gCAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTaaaaa > 1:1142550/1‑91 (MQ=255) cAATATATTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAg > 2:3375655/1‑91 (MQ=255) atatatTAAAGAGCTAGAAGAATAAAGTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCa > 2:2219595/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATa > 2:2468109/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGa > 2:3202942/1‑91 (MQ=255) aaaGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATa < 2:3115679/91‑1 (MQ=255) aaGAGCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATAc < 2:1090808/91‑1 (MQ=255) agagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATAcc > 2:2806634/1‑91 (MQ=255) gagCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCg < 1:2530891/91‑1 (MQ=255) agCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGt < 1:66701/91‑1 (MQ=255) gCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTCTTTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGt > 1:517052/1‑91 (MQ=255) gCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTa < 2:1261993/91‑1 (MQ=255) gCTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTa < 2:1066511/91‑1 (MQ=255) cTAGAAGAATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTaa > 2:136769/1‑91 (MQ=255) agaagaATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAg < 1:1028352/91‑1 (MQ=255) agaagaATAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAg < 1:1123430/91‑1 (MQ=255) agaagaATAAACTATCTAAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAg < 2:3450046/91‑1 (MQ=255) gaagaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGt > 1:2922101/1‑91 (MQ=255) gaagaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGt < 1:2138741/91‑1 (MQ=255) aagaaTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGtt < 2:2665051/91‑1 (MQ=255) aTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATg < 2:2050456/91‑1 (MQ=255) aTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATg < 2:1587033/91‑1 (MQ=255) aTAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATg < 1:2794484/91‑1 (MQ=255) tAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAGTAGATACCGTAAAGTTGATGc < 2:2423636/91‑1 (MQ=255) tAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGc > 1:2164140/1‑91 (MQ=255) tAAACTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGc < 2:3040689/91‑1 (MQ=255) aaCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtc > 2:3760438/1‑91 (MQ=255) aaCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtc > 1:3573701/1‑91 (MQ=255) aaCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtc < 2:2560282/91‑1 (MQ=255) aCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATCAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTCTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtca > 2:2391976/1‑91 (MQ=255) aCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtca < 2:1756518/91‑1 (MQ=255) aCTATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtca > 2:825268/1‑91 (MQ=255) tATCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtcatc < 2:2936528/91‑1 (MQ=255) aTCTTAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCtcatca > 1:1393696/1‑91 (MQ=255) tCTTAATGTAAGATTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAATC‑TTacattaagattgtctattcttcttgctctttaatatattgctcgatttctt > 1:167801‑M1/1‑40 (MQ=255) ttAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAaat < 1:1315566/91‑1 (MQ=255) tAATGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAaata > 1:3461069/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAaataa > 2:3286507/1‑91 (MQ=255) gTAAGATTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTacattaagattgtctattcttcttgctctttaatatattgctcgatttctttaacctc > 2:3704688‑M1/1‑33 (MQ=255) gTAAGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTacattaagatagtttattcttctagctctttaatatattgctcgatttctttaacttt > 2:922951‑M1/1‑33 (MQ=255) aaGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAataataata > 1:959366/1‑91 (MQ=255) aaGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAataataata < 2:1901818/91‑1 (MQ=255) aGACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAatat < 2:2368583/91‑1 (MQ=255) gACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAAtata > 1:3787882/1‑91 (MQ=255) gACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAAtata < 1:1969146/91‑1 (MQ=255) gACTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAAtata < 1:1968254/91‑1 (MQ=255) aCTAAACAATAAAGCT‑‑‑TTGTTTAGTC‑TTTTTAGCGTTTAAGTAAAAAGCAATAGATACCGTAAAGTTGATGCTCATCAAATAATAATATaa > 1:2494477/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |