| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 414290 = | 183 (0.960) | 16 (0.090) | 8/148 | NT | 8.4% | intergenic (‑32/‑632) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 414341 = | 181 (1.030) | intergenic (‑83/‑581) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J | |||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GCTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATAAAAAGGACGAAAGCTTATGTTTCGCGGTACCACCTTTATTTGTTATTCCATCGCTG > USA300TCH1516_ALE/414200‑414380 | attgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacata < 1:1043905‑M1/1‑1 (MQ=255)attgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacata > 1:1203808‑M1/91‑91 (MQ=255) ttgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacataa < 2:1576431‑M1/2‑1 (MQ=255) cTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATaaaaaaa > 2:3135088/1‑91 (MQ=255) tgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAg > 2:2833904‑M1/89‑91 (MQ=255) gttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGc < 1:1351707‑M1/4‑1 (MQ=255) 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catcGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTAcc < 1:77105/91‑1 (MQ=255) tcGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCg < 2:3022639/91‑1 (MQ=255) cGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCga < 2:718030/91‑1 (MQ=255) cGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCga < 2:231473/91‑1 (MQ=255) gTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaat < 1:2989411/91‑1 (MQ=255) aaTGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatgaa > 1:3476488/1‑91 (MQ=255) aTGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatgaat < 2:1246771/91‑1 (MQ=255) tgtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATc < 1:1910648/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |