| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 774511 | 156 (0.820) | 9 (0.050) | 6/144 | NT | 5.8% | coding (1761/1959 nt) | fruA | PTS system fructose‑specific EIIABC component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 774540 | 152 (0.890) | coding (1790/1959 nt) | fruA | PTS system fructose‑specific EIIABC component | |||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
ATTTATTACAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACACTTACTTCAAACT > USA300TCH1516_ALE/774421‑774601 | tattaCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAAtt > 2:36118/1‑91 (MQ=255) tttaCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTg < 2:2683468/90‑1 (MQ=255) ttaCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGc < 2:2807650/91‑1 (MQ=255) taCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCt > 2:2299194/1‑91 (MQ=255) taCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCt > 1:1525496/1‑91 (MQ=255) taCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCt > 1:1525576/1‑91 (MQ=255) taCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCAATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATACGTGGCGCAATCGCt > 1:3498819/1‑91 (MQ=255) aCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCtt < 2:2242476/91‑1 (MQ=255) aCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCtt < 2:1886959/91‑1 (MQ=255) aCAGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCtt < 2:59766/91‑1 (MQ=255) aGAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTa > 1:79289/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAg > 1:1008511/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAg > 2:2484358/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAg < 2:3322556/91‑1 (MQ=255) aaGGTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAgg > 1:2561763/1‑91 (MQ=255) gTGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCtt > 2:314599/1‑91 (MQ=255) tGCGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTa < 1:2449527/91‑1 (MQ=255) cGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAgg > 1:3707764/1‑91 (MQ=255) cGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAgg > 2:1335647/1‑91 (MQ=255) cGATTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAgg > 2:510091/1‑91 (MQ=255) aTTCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGtt > 1:650896/1‑91 (MQ=255) ttCCATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTc > 2:468035/1‑91 (MQ=255) ccATTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCAc > 1:38034/1‑91 (MQ=255) aTTTGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCTCGa > 1:3219921/1‑91 (MQ=255) ttGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAAt < 2:3520956/91‑1 (MQ=255) tGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAgtaattcgtgaacctaagcctaaagca < 1:595268‑M1/91‑28 (MQ=255) tGCAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAAtt > 2:3655364/1‑91 (MQ=255) cAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTAc > 1:2909630/1‑91 (MQ=255) cTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTTGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgc > 1:3276364‑M2/1‑88 (MQ=255) tGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcg > 2:1142134‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcg > 2:2494214‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgc < 2:1500523‑M2/91‑6 (MQ=255) gCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgc > 2:673317‑M2/1‑86 (MQ=255) ccGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAgtaattcgtgaacctaagcctaaagcaattgcgcc < 1:3469306‑M1/91‑36 (MQ=255) ccGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAgtaattcgtgaacctaagcctaaagcaattgcgcc < 2:1486490‑M1/91‑36 (MQ=255) ccGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgcc > 1:2314284‑M2/1‑85 (MQ=255) cGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAACTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtg > 2:3387952‑M2/1‑84 (MQ=255) aTCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcaca > 1:1674426/1‑91 (MQ=255) aTCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcaca < 2:1513467/91‑1 (MQ=255) tCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAt > 2:1290934/1‑91 (MQ=255) ccATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtg < 1:471794/91‑1 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 1:3030647/91‑1 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 2:479475/91‑1 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 2:3095103/91‑1 (MQ=255) ttACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggtg > 1:1701686/1‑91 (MQ=255) ttATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGtattat < 1:1155732/91‑1 (MQ=255) ttATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGtattat < 2:1542873/91‑1 (MQ=255) aTTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTg > 1:3815515/1‑91 (MQ=255) aTTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTg < 1:1365587/91‑1 (MQ=255) aTTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTg > 1:3157993/1‑91 (MQ=255) ttCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGt < 2:2700298/91‑1 (MQ=255) ttCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTGTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAtt < 2:70706/91‑1 (MQ=255) cAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAttgt > 1:2266552/1‑91 (MQ=255) aaTGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAttgtt < 1:2030797/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |