New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 774511 | 156 (0.820) | 9 (0.050) | 6/144 | NT | 5.8% | coding (1761/1959 nt) | fruA | PTS system fructose‑specific EIIABC component |
? | USA300TCH1516_ALE | = 774540 | 152 (0.890) | coding (1790/1959 nt) | fruA | PTS system fructose‑specific EIIABC component |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACACTTACTTCAAACTCTTATTGCACTTCTAGTTGGCACATTAGT > USA300TCH1516_ALE/774450‑774630 | cAGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTAc > 1:2909630/1‑91 (MQ=255) aGCTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACt > 2:3576548‑M2/1‑90 (MQ=255) cTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTTGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgc > 1:3276364‑M2/1‑88 (MQ=255) cTGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgc < 2:1838272‑M2/91‑4 (MQ=255) tGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcg > 2:1142134‑M2/1‑87 (MQ=255) tGCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcg > 1:3467488‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgc < 2:1500216‑M2/91‑6 (MQ=255) gCCGATCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgc > 2:673317‑M2/1‑86 (MQ=255) aTCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcaca > 1:1674426/1‑91 (MQ=255) aTCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCcaca < 2:1513467/91‑1 (MQ=255) tCCATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAt > 2:1290934/1‑91 (MQ=255) ccATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtg < 1:471794/91‑1 (MQ=255) cATTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtgg > 2:3635045/1‑91 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 1:3030647/91‑1 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 2:479475/91‑1 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt > 2:2498642/1‑91 (MQ=255) aTTACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggt < 2:3095103/91‑1 (MQ=255) ttACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggtg > 1:1701686/1‑91 (MQ=255) ttACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggtg > 2:2750729/1‑91 (MQ=255) ttACGTGTTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACAtggtg > 1:509717/1‑91 (MQ=255) tgtTATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGtatt < 1:122085/91‑1 (MQ=255) ttATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGtattat < 2:2471765/91‑1 (MQ=255) ttATTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGtattat < 2:1542873/91‑1 (MQ=255) aTTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTg > 1:3815515/1‑91 (MQ=255) aTTCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTg < 1:1365587/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGt < 2:2700148/91‑1 (MQ=255) ccTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTaa > 1:1023759/1‑91 (MQ=255) ccTTCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTaa > 1:1510755/1‑91 (MQ=255) ttCAATGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTGTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAtt < 2:70706/91‑1 (MQ=255) aaTGATGATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAttgtt < 1:2030797/91‑1 (MQ=255) atgatgATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAttgttg > 1:715202/1‑91 (MQ=255) atgatgATTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAAttgttg < 1:2246441/91‑1 (MQ=255) tgatgaTTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTgg > 2:569882/1‑91 (MQ=255) gatgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTCGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGt < 2:3058841/91‑1 (MQ=255) gatgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGt > 2:2089056/1‑91 (MQ=255) atgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTa > 1:1153921/1‑91 (MQ=255) tgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTAc > 2:2001030/1‑91 (MQ=255) tgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTAc < 2:2816169/91‑1 (MQ=255) tgatTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTAc < 1:2302266/91‑1 (MQ=255) atTGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTg < 1:2757413/91‑1 (MQ=255) ttGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGa > 2:1694550/1‑91 (MQ=255) tGGTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGAt < 1:15729/91‑1 (MQ=255) ggTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATg < 2:348922/91‑1 (MQ=255) ggTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATg < 2:1539443/91‑1 (MQ=255) gTTCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATgg > 1:2812100/1‑91 (MQ=255) ttCAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGt > 1:2481170/1‑91 (MQ=255) tctggTATGGGTGGCGCAAGTGGTTTTGGCTTAGGTTGACGAGTTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTGATTGTTAGTACTGATGGTg < 2:2597936/88‑1 (MQ=255) cAGGTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGc > 1:566352/1‑91 (MQ=255) aGGTAGAGCTTGCCCAATTGCTTTAGGCTGACGTTCTCGAAAGAGTCCGCCACATGGTGGTATTATTGGAATTGTTGGTACGGATGGTGca < 2:3275966/91‑1 (MQ=255) ggTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGcac > 1:927481/1‑91 (MQ=255) ggTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGcac < 1:2277326/91‑1 (MQ=255) ggTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGcac < 1:1290934/91‑1 (MQ=255) gTATAGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGcaca < 2:766403/91‑1 (MQ=255) tataGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCacac < 1:1715809/91‑1 (MQ=255) ataGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACact < 2:274280/91‑1 (MQ=255) taGGTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgccacctatacctgaaccaatcatcattgaaggaataacacgtaatgg < 1:2413675‑M2/91‑52 (MQ=255) ggTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACacttac > 1:2595780/1‑91 (MQ=255) gTGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACacttact < 2:2443320/91‑1 (MQ=255) tGGCGCAATTGTTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACacttactt < 2:1307748/91‑1 (MQ=255) tGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACacttactt > 1:1391038/1‑91 (MQ=255) tGGCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACTGCGCCACATGGTGGTATTATTGTAATTGTTGGTACTGATGGTGCACacttactt > 1:695847/1‑91 (MQ=255) ggCGCAATTGCTTTAGGCTTAGGTTCACGAATTACtgcgccacctatacctgaaccaatcatcattgaaggaataacacgtaatggatcgg < 2:1486490‑M2/91‑57 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |