| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 802131 = | 131 (0.690) | 9 (0.050) | 7/138 | NT | 6.7% | intergenic (+372/+252) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 802180 = | 139 (0.850) | intergenic (+421/+203) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ATGATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAA > USA300TCH1516_ALE/802041‑802221 | tGATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAA > 2:120884‑M1/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAA > 1:3842424‑M1/1‑91 (MQ=255) gATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAA > 1:1148202‑M1/1‑91 (MQ=255) gATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAA < 1:2796673‑M1/91‑1 (MQ=255) acatataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAAt < 1:301589‑M1/4‑1 (MQ=255) acatataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAAt < 1:2043843‑M1/4‑1 (MQ=255) acatataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtgatttatgcgtctttttcaaattctataaaAAAt < 1:3309753‑M1/4‑1 (MQ=255) catataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATc < 2:2024377‑M1/5‑1 (MQ=255) catataatttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCg > 1:3507089‑M1/86‑91 (MQ=255) atataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCg < 1:1603449‑M1/6‑1 (MQ=255) atataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCg < 1:394218‑M1/6‑1 (MQ=255) aaaGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCG < 1:3723473‑M1/91‑1 (MQ=255) tataattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCgg < 1:93729‑M1/7‑1 (MQ=255) aaGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGG > 2:1625322‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGG < 2:1268881‑M1/91‑1 (MQ=255) aGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGA < 2:2367698‑M1/91‑1 (MQ=255) aGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGA < 2:2367533‑M1/91‑1 (MQ=255) taattttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGAt < 1:913406‑M1/9‑1 (MQ=255) aaTCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATG > 2:2617566‑M1/1‑91 (MQ=255) attttggcgcatgccactaaaatgattgatgttgtattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGa < 2:1156048‑M1/11‑1 (MQ=255) tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 2:1816102/1‑91 (MQ=255) cGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAt > 1:1247861/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg > 2:3017239/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg > 2:1603449/1‑91 (MQ=255) cTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgt < 2:1225167/91‑1 (MQ=255) tACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgtg > 2:2947948/1‑91 (MQ=255) tACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgtg < 1:1965590/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 1:2257532/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 1:1575158/91‑1 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa < 1:2653958/91‑1 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa > 2:1872655/1‑91 (MQ=255) atcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATc < 1:275208/91‑1 (MQ=255) tcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCt > 2:670135/1‑91 (MQ=255) caatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa > 1:2558525/1‑91 (MQ=255) caatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa < 1:3150684/91‑1 (MQ=255) tcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa < 1:2922669/88‑1 (MQ=255) caTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGc > 1:2294949/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCa < 2:1445848/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCa > 2:2097794/1‑91 (MQ=255) gTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGAtt < 1:1314827/91‑1 (MQ=255) tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg > 2:2437390/1‑91 (MQ=255) tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg > 2:2833131/1‑91 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacatt < 1:3658656‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacatt < 2:2215543‑M1/91‑29 (MQ=255) ttATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCGGATTACACGtca > 1:2981698‑M2/1‑88 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat < 1:807541‑M2/91‑5 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat < 1:3451142‑M2/91‑5 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat > 1:1971761‑M2/1‑87 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat < 2:515808‑M2/91‑5 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc < 2:3240229‑M2/91‑6 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc < 2:433159‑M2/91‑6 (MQ=255) tattttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCg > 1:3829655‑M1/47‑91 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccg < 2:768266‑M2/91‑8 (MQ=255) ttttcCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccga > 2:3770065‑M2/2‑83 (MQ=255) ttttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAt > 2:701759‑M1/45‑91 (MQ=255) ttttaaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAt > 2:3003761‑M1/45‑91 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatt > 1:123080‑M2/1‑81 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagagtaacacattcatccgattt < 2:1081778‑M1/91‑39 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgattt < 1:867659‑M2/91‑12 (MQ=255) taaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttt > 1:2578198‑M1/42‑91 (MQ=255) cGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 2:251540/1‑91 (MQ=255) cGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 1:3380248/1‑91 (MQ=255) aaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 1:1749669‑M1/41‑91 (MQ=255) gTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttata < 1:2825116‑M1/91‑42 (MQ=255) aatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttttt > 1:2339235‑M1/40‑91 (MQ=255) ccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtata < 2:3592291/91‑1 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataa < 1:2551341‑M1/91‑46 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg < 1:1343518/91‑1 (MQ=255) ctcAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAtt > 2:1381304/1‑91 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTGTAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg > 2:2322072/1‑91 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagat < 2:3687283‑M1/91‑52 (MQ=255) aTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaa < 2:512902/91‑1 (MQ=255) aTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATGACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaa < 2:2900467/91‑1 (MQ=255) tAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaa < 1:2437381/91‑1 (MQ=255) aTGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAg < 1:1536451/91‑1 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 1:2199441/1‑91 (MQ=255) cgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 1:1874453‑M1/23‑91 (MQ=255) tAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGc > 2:2809160/1‑91 (MQ=255) 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tCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAcc > 2:2324035/1‑91 (MQ=255) attattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTa > 1:596761/1‑91 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt > 2:3312559/1‑91 (MQ=255) tattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATg > 2:2028941/1‑91 (MQ=255) attatAAATCGGTTGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcggg < 1:994713‑M2/91‑49 (MQ=255) ttatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAt < 1:388205/91‑1 (MQ=255) tataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAtt > 1:994113/1‑91 (MQ=255) tataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAtt < 2:2757902/91‑1 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 2:1737135/1‑91 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 1:2433493/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAcgtgtgatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 2:2976752‑M1/91‑81 (MQ=255) aaaTCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 2:2154676‑M1/91‑81 (MQ=255) aaaTCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 2:3230312‑M1/91‑81 (MQ=255) AAATCGGATGACTGTGTTCATCTATGGCAGATTACACGCCATCCGATTTTTTATAGCATCTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa < 2:344209‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATGATAAAGAATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAA > USA300TCH1516_ALE/802041‑802221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |