| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 802141 | 128 (0.670) | 14 (0.090) | 8/138 | NT | 10.1% | intergenic (+382/+242) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 802168 | 139 (0.850) | intergenic (+409/+215) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802052‑802231 | tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 2:2817637/1‑91 (MQ=255)tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa < 1:818834/91‑1 (MQ=255)tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 2:1816102/1‑91 (MQ=255)tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 2:2794056/1‑91 (MQ=255) cGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCCCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAt > 1:1250200/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg > 2:3017239/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg > 2:1603449/1‑91 (MQ=255) cTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgt < 2:1225528/91‑1 (MQ=255) cTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgt < 2:1225167/91‑1 (MQ=255) tACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgtg > 2:2950507/1‑91 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 1:3107404/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 1:2257532/91‑1 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa < 2:2265979/91‑1 (MQ=255) aTAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTa > 2:1872655/1‑91 (MQ=255) tcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCt > 2:670135/1‑91 (MQ=255) caatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa < 1:3150684/91‑1 (MQ=255) tcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa < 1:2922669/88‑1 (MQ=255) caTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGc > 1:2294949/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCa > 2:2097794/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCa < 2:1445848/91‑1 (MQ=255) aGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGAt > 1:2045204/1‑91 (MQ=255) cGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTac > 1:940326/1‑91 (MQ=255) cGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTac > 1:2797680/1‑91 (MQ=255) tCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACg > 2:2833479/1‑91 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacatt < 1:3658656‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacatt < 2:2215543‑M1/91‑29 (MQ=255) ttATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCGGATTACACGtca > 1:2981698‑M2/1‑88 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTac < 1:3813952/84‑1 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat < 1:807416‑M2/91‑5 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcat > 1:1971761‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttcCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccga > 2:3770065‑M2/2‑83 (MQ=255) aTTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccga > 2:2702840‑M2/1‑83 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatt > 1:123080‑M2/1‑81 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagagtaacacattcatccgattt < 2:1081778‑M1/91‑39 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgattt < 2:2154676‑M2/91‑12 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATCACACGtcatccgattt < 2:2976752‑M2/91‑12 (MQ=255) taaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttt > 1:2578198‑M1/42‑91 (MQ=255) cGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 2:251540/1‑91 (MQ=255) cGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 1:3380248/1‑91 (MQ=255) aaatcatagtggtttatgcgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt > 1:1749669‑M1/41‑91 (MQ=255) gTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttttt < 1:2665324/91‑1 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataa < 1:2551341‑M1/91‑46 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg < 1:1343518/91‑1 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg > 1:1388397/1‑91 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg > 1:2788115/1‑91 (MQ=255) tcAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAttt < 2:2017289/91‑1 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagat < 2:3687283‑M1/91‑52 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg < 1:705791/91‑1 (MQ=255) aaTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGa < 1:1128303/91‑1 (MQ=255) aTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATGACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaa < 2:2900467/91‑1 (MQ=255) tAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaa < 1:2437390/91‑1 (MQ=255) aaaTGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaaa > 2:3340061/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 1:2199441/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa < 2:1156741/91‑1 (MQ=255) cgtctttttcaaattctataaaAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 1:1874453‑M1/23‑91 (MQ=255) ttAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACg > 1:1555573/1‑91 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa > 2:3509515/1‑91 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa > 1:2533604/1‑91 (MQ=255) gTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCAt > 2:2700584/1‑91 (MQ=255) ttATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttat < 1:2947719‑M2/91‑39 (MQ=255) aTCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAc < 1:481447/91‑1 (MQ=255) aTCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAc < 1:3585045/91‑1 (MQ=255) aTCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGATAATCTATGGCAGATTAAACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttagtg < 2:3687442‑M2/91‑41 (MQ=255) tCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAcc > 2:2324035/1‑91 (MQ=255) tattattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACt < 1:1625322/91‑1 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt > 2:3312339/1‑91 (MQ=255) attatAAATCGGTTGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcggg < 1:994713‑M2/91‑49 (MQ=255) tataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAtt > 1:994113/1‑91 (MQ=255) ataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAttt < 1:3458500/91‑1 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 2:467896/1‑91 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 1:2433553/1‑91 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 2:1736990/1‑91 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAATTTTTATAGCATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTCTGATTTa > 2:544780/1‑91 (MQ=255) aaaTCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 1:867659‑M1/91‑81 (MQ=255) aaaTCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacgga < 2:3230312‑M1/91‑81 (MQ=255) AAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaa < 1:2377088‑M1/91‑1 (MQ=255) AATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaaa > 2:913090‑M1/1‑91 (MQ=255) AATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTaaa > 1:1209755‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactatcatttattgagagcgggacggaaatgat < 1:1341290‑M1/91‑87 (MQ=255) gATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgat < 2:433159‑M1/91‑87 (MQ=255) gATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgat < 2:3240229‑M1/91‑87 (MQ=255) GATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATaca < 2:1412607‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgata < 2:515808‑M1/91‑88 (MQ=255) aTGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgata > 2:2499680‑M1/1‑4 (MQ=255) aTGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgata > 2:2353325‑M1/1‑4 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttatcataataagataaactaacatttattgagagcgggccggaaatgataa < 2:753163‑M2/91‑62 (MQ=255) tGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa < 2:2428692‑M2/91‑62 (MQ=255) GAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaaca < 1:1968189‑M1/91‑1 (MQ=255) acgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagggcgggacggaaatgataaag < 2:1057527‑M1/91‑91 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaag < 1:3405092‑M2/91‑64 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaag < 1:3658773‑M2/91‑64 (MQ=255) AATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAt > 2:3682629‑M1/1‑91 (MQ=255) | TCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802052‑802231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |