New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 868310 | 166 (0.870) | 15 (0.090) | 7/148 | NT | 8.6% | coding (458/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 868335 | 165 (0.940) | intergenic (+18/+1304) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTA > USA300TCH1516_ALE/868220‑868400 | gtgtTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCG < 2:3783114‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttat < 2:3292204/91‑1 (MQ=255) tGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttat < 1:749098/91‑1 (MQ=255) gCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGCCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGACCGttatt > 2:3372638/1‑91 (MQ=255) aGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCg > 1:352174/1‑91 (MQ=255) aGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCg < 1:1428215/91‑1 (MQ=255) ggTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGa < 2:2138074/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt < 1:3739778/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAt < 2:496717/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAttt > 2:2637255/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGAttt > 2:1878413/1‑91 (MQ=255) gAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCACTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAg > 2:3186699/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcg < 1:1666192‑M1/91‑18 (MQ=255) aaaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGttattaagcaactaaatcg < 1:2918542‑M1/91‑20 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc < 2:519838/91‑1 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGc > 1:3848576/1‑91 (MQ=255) aaaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTAAgcaac < 1:1009199/91‑5 (MQ=255) aaTATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgctta < 2:1356562‑M1/91‑22 (MQ=255) tatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTa > 1:642150/1‑91 (MQ=255) tatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTa > 1:525526/1‑91 (MQ=255) tatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTa > 2:120100/1‑91 (MQ=255) tatGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTa < 2:1232730/91‑1 (MQ=255) atGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTaa > 2:968039/1‑91 (MQ=255) atGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTaa > 2:194167/1‑91 (MQ=255) tGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaataa < 1:62245‑M1/91‑26 (MQ=255) tGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAAt > 1:1337439/1‑91 (MQ=255) gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaataac < 1:1844866‑M1/91‑27 (MQ=255) gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:1440019‑M2/91‑2 (MQ=255) aTAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcg > 2:3403277‑M2/1‑89 (MQ=255) tAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgg < 2:2684883‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgg < 2:773075‑M2/91‑4 (MQ=255) aaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaataacgggc < 1:804585‑M1/91‑31 (MQ=255) aaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggc > 2:241165‑M2/1‑86 (MQ=255) gTCAAGCTTTGCAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGattaagcaactaaatcgcttaataacgggcttt < 1:3516957‑M1/91‑34 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGACAAAGCAGTTAAACGAGATGTTGCGCGCGTTATGAAAGCCGGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGTGCTatat < 2:3613473/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 2:1501612/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat > 2:90121/1‑91 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 2:1110585/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 1:2687511/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat > 1:189339/1‑91 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAtt > 1:924149/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAttt > 2:1696332/1‑91 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa > 2:3721864/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGata < 1:105677/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGata < 1:474348/91‑1 (MQ=255) tGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGatat < 1:1782381/91‑1 (MQ=255) aagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGt < 1:2333157/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGCTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 1:332615/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 1:2685610/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 1:2955398/1‑91 (MQ=255) agcagcCAAAAGGGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgt > 2:3765625/1‑91 (MQ=255) gCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgtg > 2:1780818/1‑91 (MQ=255) gCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTCGATATAGTTATAtgtg > 2:3708549/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 2:676614/91‑1 (MQ=255) gTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAGGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtt < 2:3004961/91‑1 (MQ=255) gTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtt > 2:812045/1‑91 (MQ=255) gTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATAGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtt > 2:3583481/1‑91 (MQ=255) aCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTa > 2:2820646/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATGTGTGCTTTTGTAAATTa > 2:544845/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTa < 2:35515/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTa < 2:1135725/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 2:739535/1‑91 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa < 1:1758891/91‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaa < 1:2307961/91‑1 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 2:2682621/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 1:2063685/1‑91 (MQ=255) gcgcgcGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaaa > 2:1581231/1‑91 (MQ=255) cgcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTACAAAAg < 2:3439423/91‑1 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:2246405/1‑91 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:2380754/1‑91 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:3198038/1‑91 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:2509886/91‑1 (MQ=255) gcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTAt > 2:3124360/1‑91 (MQ=255) cgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATg > 1:1241220/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:41563/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:1923393/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCCTAATCGGGCTATCTTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 2:718995/1‑91 (MQ=255) tatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtt < 1:1618694/91‑1 (MQ=255) 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aaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgttt < 1:3541160/91‑1 (MQ=255) gCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtt < 1:482315‑M2/91‑62 (MQ=255) cccGattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgttt > 2:1500101‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgttta < 1:1142243‑M1/91‑89 (MQ=255) ccGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAtt < 2:1822484/91‑1 (MQ=255) cGattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttat > 1:895679‑M1/1‑2 (MQ=255) gattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:3160248‑M1/91‑91 (MQ=255) gattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:2805600‑M1/91‑91 (MQ=255) gattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:1189414‑M1/91‑91 (MQ=255) gattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:3322540‑M1/91‑91 (MQ=255) gattaagcaactaaatcgcttaataacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:1106723‑M1/91‑91 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcatatcttgacgtttttc < 2:332377‑M2/91‑66 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:3572015‑M2/91‑66 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATtta < 2:84223/91‑1 (MQ=255) | GTGTTGCACGAGGTAAGAAAAAATATGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTA > USA300TCH1516_ALE/868220‑868400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |