| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 868310 | 166 (0.870) | 15 (0.090) | 7/148 | NT | 8.6% | coding (458/465 nt) | smpB | SsrA‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 868335 | 165 (0.940) | intergenic (+18/+1304) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TGATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTC > USA300TCH1516_ALE/868245‑868425 | gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:1189414‑M2/91‑2 (MQ=255) gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:3160248‑M2/91‑2 (MQ=255) gATAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATc < 1:1440019‑M2/91‑2 (MQ=255) tAAACGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgg < 2:773075‑M2/91‑4 (MQ=255) aaCGTCAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggc > 2:2698440‑M2/1‑86 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 2:2091064/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 1:2347552/91‑1 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat > 1:189339/1‑91 (MQ=255) cAAGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat > 2:90121/1‑91 (MQ=255) cAAGCTTGGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTatat < 1:2687425/91‑1 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAtt > 1:924149/1‑91 (MQ=255) aaGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAtt > 1:1135725/1‑91 (MQ=255) aGCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATAttt > 2:1696332/1‑91 (MQ=255) gCTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTg > 2:3390398/1‑91 (MQ=255) cTTTGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGa > 2:3721864/1‑91 (MQ=255) tttGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGat < 2:2357711/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGata < 1:105677/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGata < 1:474348/91‑1 (MQ=255) tGAAAGAAAAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGatat < 1:1782071/91‑1 (MQ=255) gaaagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGAtata < 1:3777277/91‑1 (MQ=255) aagaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGt < 1:2333017/91‑1 (MQ=255) gaaaAAGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTta < 1:3419572/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGCTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 1:332615/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTtat > 1:329179/1‑91 (MQ=255) aacgCAGTCAACCGAGAGGTGGCGCGCGAGTTGAACGCCCGTTATTAAGCGATTTAGATGCTTCAGCGGGCGATAGTTGATATAGGTatat > 2:318226/4‑91 (MQ=255) agcagcCAAAAGGGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgt > 2:3765625/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgt > 1:8457/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgt > 2:2677454/1‑91 (MQ=255) gCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATAtgtg > 1:628575/1‑91 (MQ=255) gCAGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTCGATATAGTTATAtgtg > 2:3708549/1‑91 (MQ=255) aGTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCt < 2:676614/91‑1 (MQ=255) gTCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCtt > 2:812045/1‑91 (MQ=255) tCAAACGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCttt > 1:2255440/1‑91 (MQ=255) aaaCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTg < 1:2791592/91‑1 (MQ=255) aCGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTa > 2:2820646/1‑91 (MQ=255) cGAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaa < 1:2950089/91‑1 (MQ=255) gaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTaattt < 1:2916840/91‑4 (MQ=255) gaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATATGCTTTTGTAAAtt < 2:3586096/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATGTGTGCTTTTGTAAATTa > 2:544950/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAATTTa < 2:35515/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATAAGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATCTTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 1:3306808/1‑91 (MQ=255) gTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACa > 2:112228/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 1:2063685/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 2:2682621/1‑91 (MQ=255) cgcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAg > 2:52548/1‑91 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:3198038/1‑91 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:2380754/1‑91 (MQ=255) gcgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGt > 2:2246405/1‑91 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:2509886/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 2:3108762/91‑1 (MQ=255) cgcgATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTa < 1:299971/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:41563/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 1:1923393/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt < 2:342718/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCCTAATCGGGCTATCTTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAt > 2:718995/1‑91 (MQ=255) tatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtt < 1:1618694/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtt < 1:1677012/91‑1 (MQ=255) atGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAttt > 2:1582414/1‑91 (MQ=255) atGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAttt > 2:700417/1‑91 (MQ=255) atGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAttt > 1:818550/1‑91 (MQ=255) gAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgt > 1:2746348/1‑91 (MQ=255) gAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGATTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgt > 1:3288980/1‑91 (MQ=255) aaaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttcttgcaaagcttgac < 1:3516957‑M2/91‑59 (MQ=255) aaaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgtt > 2:649409/1‑91 (MQ=255) aaGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGAtttgttt < 1:3540038/91‑1 (MQ=255) cccGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAt < 2:1567343/91‑1 (MQ=255) ccGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAtt < 2:1822484/91‑1 (MQ=255) cGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGAttt < 2:1142243/91‑1 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcatatcttgacgtttttc < 2:332377‑M2/91‑66 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:3572015‑M2/91‑66 (MQ=255) gTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatc < 1:1844866‑M2/91‑66 (MQ=255) ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGCGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 2:489689/91‑1 (MQ=255) tattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatt > 2:2936817/1‑91 (MQ=255) tattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatt > 1:3688032/1‑91 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta > 2:2418456/1‑91 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta < 1:1492226/91‑1 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta > 2:12319/1‑91 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatatt < 2:1356562‑M2/91‑71 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatatt < 1:1301220‑M2/91‑71 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatatt < 2:3753371‑M2/91‑71 (MQ=255) taAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTattatt < 1:175228/91‑1 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt < 2:1398219/91‑1 (MQ=255) gCGATTTAGTTGCTTAATaacgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttctcatattt < 2:1479851‑M2/91‑74 (MQ=255) cGATTTAGTTGCTTAATcgggctttcatatcgcgcgcaacatctcgtttgactgctttttctttcaaagcttgacgtttatcatatttttt < 1:1666192‑M2/91‑75 (MQ=255) cGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgg > 2:3820414/1‑91 (MQ=255) gATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCggg < 1:383468/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |