| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1046453 | 164 (0.860) | 16 (0.090) | 12/144 | NT | 9.2% | coding (361/939 nt) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1046472 | 167 (0.980) | coding (342/939 nt) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGAAATAGGGAAAGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGCTCATACCGTTGCGAACAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1046364‑1046543 | tGAAATAGGGAAAGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCa < 2:2971870‑M1/91‑2 (MQ=255) tAGGGAAAGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTaaaaa < 2:3548131/91‑1 (MQ=255) aaaGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCaatattaggtt < 2:511567‑M1/91‑12 (MQ=255) aaGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAAcc < 1:2683146/91‑1 (MQ=255) aaGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAAcc < 1:3285140/91‑1 (MQ=255) aGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCt > 1:3721756/1‑91 (MQ=255) aGGGCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCt < 1:3542709/91‑1 (MQ=255) gggCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCaatattaggtttgt < 2:3671883‑M1/91‑15 (MQ=255) gggCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCaatattaggtttgt < 2:3672685‑M1/91‑15 (MQ=255) ggCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCaatattaggtttgtt < 2:1089181‑M1/91‑16 (MQ=255) gCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCaatattaggtttgttt > 2:408708‑M1/1‑75 (MQ=255) gCCACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAat > 2:436628/1‑91 (MQ=255) cACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAatat < 2:3721774/91‑1 (MQ=255) cACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAatat < 2:2060036/91‑1 (MQ=255) 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tAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAgtagg > 2:669113/1‑87 (MQ=255) tAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGt < 2:122323/91‑1 (MQ=255) tAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGt < 1:2845223/91‑1 (MQ=255) aaCCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTa > 2:3045795/1‑91 (MQ=255) aaCCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTa > 2:2208079/1‑91 (MQ=255) aaCCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTa > 2:3221059/1‑91 (MQ=255) ccAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTaaa < 2:2278769/91‑1 (MQ=255) ccAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTaaa < 1:2808342/91‑1 (MQ=255) 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tacatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGc > 1:594399/1‑91 (MQ=255) tacatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGc < 1:3820308/91‑1 (MQ=255) acatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCt > 1:85621/1‑91 (MQ=255) catacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTa > 2:3253334/1‑91 (MQ=255) atacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTaa < 2:1817975/91‑1 (MQ=255) tAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGt < 2:694426/91‑1 (MQ=255) tCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGc < 1:1008247/91‑1 (MQ=255) tCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGc < 1:969428/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |