| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1046453 | 164 (0.860) | 16 (0.090) | 12/144 | NT | 9.2% | coding (361/939 nt) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1046472 | 167 (0.980) | coding (342/939 nt) | menA | 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase | |||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ACCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGCTCATACCGTTGCGAACAATGGCACCACCAATGCCTACAGAT > USA300TCH1516_ALE/1046382‑1046562 | aCCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATAtt < 1:269643/91‑1 (MQ=255)aCCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATAtt > 1:3588076/1‑91 (MQ=255)aCCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATAtt < 1:3790825/91‑1 (MQ=255)aCCTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATAtt < 2:176097/91‑1 (MQ=255) ccTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTg < 2:3528145‑M2/91‑2 (MQ=255) cTGTATATAGGTAACCAACAGCCATACATACTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTgc < 2:1208691‑M2/91‑3 (MQ=255) 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catacataCTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATg < 2:192890/91‑1 (MQ=255) tacatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGc > 1:594399/1‑91 (MQ=255) tacatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGc < 1:3820308/91‑1 (MQ=255) tacatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGc > 2:2379749/1‑91 (MQ=255) acatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCt > 1:85621/1‑91 (MQ=255) acatacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCt < 1:3279519/91‑1 (MQ=255) catacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTa > 2:3253255/1‑91 (MQ=255) catacTAATCCAACTGGTAATAACCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTa > 2:3253415/1‑91 (MQ=255) 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aataaCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTa > 1:2409672/1‑73 (MQ=255) taaCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTggg < 1:2568402/91‑1 (MQ=255) taaCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTggg > 2:2227031/1‑91 (MQ=255) taaCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTggg > 2:1090876/1‑91 (MQ=255) aaCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGc > 1:3023940/1‑91 (MQ=255) aCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCTAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGCt < 2:1614767/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATGAAGAGTTAGCAGCCAAAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGCt < 1:1767220/91‑1 (MQ=255) ccAAAATGAAGAGTTAGCAGCTACAAACAAACCTAATATTGCTGCTAAGATGTAAAATGCAATGGCTAATCGTAGCACAAGCTCTGGGCTc > 1:1837045/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |