New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1061336 = | 181 (0.950) | 12 (0.070) | 6/144 | NT | 7.4% | coding (601/3771 nt) | atl_1 | Bifunctional autolysin |
? | USA300TCH1516_ALE | 1061375 = | 136 (0.790) | coding (562/3771 nt) | atl_1 | Bifunctional autolysin |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TACGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATA > USA300TCH1516_ALE/1061246‑1061426 | ttaaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaac > 1:2633987‑M1/91‑91 (MQ=255) ttaaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaac < 2:3022876‑M1/1‑1 (MQ=255) tACGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGc < 2:2610930/91‑1 (MQ=255) tACGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGc > 1:2009055/1‑91 (MQ=255) taaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaaCt < 1:742212‑M1/2‑1 (MQ=255) taaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaaCt < 1:3199349‑M1/2‑1 (MQ=255) taaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctacaactacatcagcacctaaagctaaaaCt < 1:3117292‑M1/2‑1 (MQ=255) aCGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCt > 1:3040557/1‑91 (MQ=255) cGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTTGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTAGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTg < 1:3446247/91‑1 (MQ=255) cGAATGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTg < 2:1702864/91‑1 (MQ=255) aaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaaCTg < 1:2108696‑M1/3‑1 (MQ=255) aaatcagctgctaaacctgcagctcttgaaacgcaatataaaaccgcagcacctaaagctgcaactacatcagcacctaaagctaaaaCTg > 1:2110293‑M1/89‑91 (MQ=255) aaTGTAATCGTTAATTGAAGAGTTTACTTGTGGTTTATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGaa < 2:3456602/91‑1 (MQ=255) aaTGTAATCGTTAATTGAAGAGTTCACCTGTTGTTCATGTTTTGGCTAACTCGTTTTTGGTGCTGCAGACACTGGTCTTGGTTGTGCGGaa < 2:368967/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |