| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1061336 = | 181 (0.950) | 12 (0.070) | 6/144 | NT | 7.4% | coding (601/3771 nt) | atl_1 | Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1061375 = | 136 (0.790) | coding (562/3771 nt) | atl_1 | Bifunctional autolysin | |||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATTTAAT > USA300TCH1516_ALE/1061285‑1061465 | tataTTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGt < 2:201905/91‑1 (MQ=255)tataTTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGt < 2:18280/91‑1 (MQ=255) atTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGACCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGtttt > 1:3277738/1‑91 (MQ=255) ttttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTa > 2:2654093/1‑91 (MQ=255) tttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAg > 2:3549065/1‑91 (MQ=255) ttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGc > 1:139531/1‑91 (MQ=255) ttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGc < 2:1274659/91‑1 (MQ=255) ttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGc < 1:2109828/91‑1 (MQ=255) ttGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGc > 1:246512/1‑91 (MQ=255) ggCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCtt < 2:708550/91‑1 (MQ=255) ggCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCtt < 2:1928684/91‑1 (MQ=255) ggCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCtt < 2:3297071/91‑1 (MQ=255) ggCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCtt > 1:1707839/1‑91 (MQ=255) gCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCttt > 1:250880/1‑91 (MQ=255) aaaCTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAg > 2:3173754/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTTTTTTTTTTTTCTTCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAgg > 2:2376278/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAgg > 2:3117972/1‑91 (MQ=255) cTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCACTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTg < 2:1982615/91‑1 (MQ=255) cGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCt < 2:830823/91‑1 (MQ=255) cGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCt < 2:2408587/91‑1 (MQ=255) gTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTg < 1:351092/91‑1 (MQ=255) gTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTg < 2:679410/91‑1 (MQ=255) tttttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGa > 2:1389900/1‑91 (MQ=255) tttttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGa < 2:713876/91‑1 (MQ=255) ttttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGAt > 2:2401672/1‑91 (MQ=255) ttttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGAt > 1:191349/1‑91 (MQ=255) tttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATg > 2:154864/1‑91 (MQ=255) tttGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATg > 2:1002869/1‑91 (MQ=255) ttGGTGTTGCAGCAACTGAAATTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTCTAGGTGTCGCTTCAGTTTTCGCTTTAGGTGCTGATGt > 2:3081382/1‑91 (MQ=255) gtgtTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGt < 2:2422434/91‑1 (MQ=255) gtgtTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGt < 2:2325435/91‑1 (MQ=255) tgtTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGtt < 1:1959225/91‑1 (MQ=255) gtTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTg < 1:2169060/91‑1 (MQ=255) gtTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGAGCTAAAAGTCGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTg > 2:2950897/1‑91 (MQ=255) gtTGCAGCAACTGATCGTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTg < 2:3712255/91‑1 (MQ=255) actacatcagcacctaaagctaaaaCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTg > 2:1102138‑M1/26‑91 (MQ=255) gcagcaACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAg < 2:2348606/91‑1 (MQ=255) caACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCttt > 1:2694534/1‑91 (MQ=255) 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cTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGtgctg > 2:3503086/1‑91 (MQ=255) ttGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGtgctgc > 2:2501137/1‑91 (MQ=255) tGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCg < 1:3002267/91‑1 (MQ=255) tGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCg < 2:206970/91‑1 (MQ=255) gTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGt < 1:940248/91‑1 (MQ=255) gtgCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGtttt > 1:1173506/1‑91 (MQ=255) aaactgaagcgacacctaaagtaactacttttagcgcttcagTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGtttt > 1:380454‑M2/43‑91 (MQ=255) GAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATAtt > 1:3111009‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cagTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGATTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTATAGCAGCTGAttt > 1:3881685‑M2/4‑91 (MQ=255) agTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATTTa < 1:742212‑M2/89‑1 (MQ=255) agTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATTTa < 1:3199349‑M2/89‑1 (MQ=255) gTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATTTaa > 1:2633987‑M2/2‑91 (MQ=255) ttttAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATttaat > 2:1354748/1‑91 (MQ=255) ttttAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATttaat > 1:223661/1‑91 (MQ=255) | TATATTTTGGCAAACTCGTTTTTGGTGTTGCAGCAACTGATCTTGGTTGTGCTGAAGCGCTAAAAGTAGTTACTTTAGGTGTCGCTTCAGTTTTAGCTTTAGGTGCTGATGTAGTTGCAGCTTTAGGTGCTGCGGTTTTATATTGCGTTTCAAGAGCTGCAGGTTTAGCAGCTGATTTAAT > USA300TCH1516_ALE/1061285‑1061465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |