| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1119914 = | 190 (1.000) | 14 (0.080) | 7/148 | NT | 7.6% | coding (459/483 nt) | USA300HOU_RS05545 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1119940 = | 165 (0.940) | coding (433/483 nt) | USA300HOU_RS05545 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCA > USA300TCH1516_ALE/1119824‑1120004 | tattatcctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaaga > 2:3584303‑M1/91‑91 (MQ=255)tattaccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaaga < 2:836061‑M1/1‑1 (MQ=255)tattaccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaaga < 1:183921‑M1/1‑1 (MQ=255)gACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACa < 1:2118464/91‑1 (MQ=255) attaccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagAt > 1:1415118‑M1/90‑91 (MQ=255) ttaccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATg < 1:2989293‑M1/3‑1 (MQ=255) cAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCGCCTCAATATGAGTTACATGGt < 1:268527/91‑1 (MQ=255) accctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGt < 1:3037351‑M1/5‑1 (MQ=255) ccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGtt < 2:1137589‑M1/6‑1 (MQ=255) ccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGtt > 1:444267‑M1/86‑91 (MQ=255) ccctatttatttttccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGtt < 2:1770380‑M1/6‑1 (MQ=255) aGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGtt < 1:956820/91‑1 (MQ=255) aGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGtt > 1:53734/1‑91 (MQ=255) aGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGtt < 1:2259922/91‑1 (MQ=255) gTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATCTGAGTTACATGGTTg < 2:137706/91‑1 (MQ=255) gTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTg < 1:2707674/91‑1 (MQ=255) ttGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGa > 1:2052206/1‑91 (MQ=255) tgCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTc > 1:2250614/1‑91 (MQ=255) gcgcTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCg < 2:8687/91‑1 (MQ=255) cgcTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACa > 1:3215244/1‑79 (MQ=255) cgcTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACa < 2:3215244/79‑1 (MQ=255) cgcTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGa > 1:1090942/1‑91 (MQ=255) cgcTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGa < 2:2022389/91‑1 (MQ=255) cTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCCCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGata > 2:3493753/1‑91 (MQ=255) cATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATg < 2:2136437/91‑1 (MQ=255) tccaatttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGTTGATTCGATATGaa > 2:1632422‑M1/73‑91 (MQ=255) cTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAAt > 1:3184943/1‑91 (MQ=255) cTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAAt > 1:3467228/1‑91 (MQ=255) tataAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATa > 1:728438/1‑91 (MQ=255) tataAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGAACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCACTATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATa < 1:3451910/91‑1 (MQ=255) taAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAAc < 1:477490/91‑1 (MQ=255) taAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAAc > 2:1591175/1‑91 (MQ=255) ttgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGTTGATTCGATATGAATAACCa > 1:671182‑M1/67‑91 (MQ=255) tgcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGTTGATTCGATATGAATAACCAt > 1:833578‑M1/66‑91 (MQ=255) aTACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAt < 2:458687/91‑1 (MQ=255) tACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtc < 2:1932051/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtctt < 2:2242011/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtctt < 2:2241920/91‑1 (MQ=255) ttttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtcttc > 2:1489882/1‑91 (MQ=255) tttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGGGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtcttca > 2:3840697/1‑90 (MQ=255) ttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATcttctt > 1:2742284/1‑91 (MQ=255) tGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTAGATATGAATAACCATCTTCTTg > 2:1247156/1‑91 (MQ=255) gCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGa > 2:3650339/1‑91 (MQ=255) cATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCGATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGAt < 1:3082716/91‑1 (MQ=255) cATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGAt > 1:2829830/1‑91 (MQ=255) gtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGtt < 1:5099‑M1/6‑1 (MQ=255) cacaGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGt < 1:175486/91‑1 (MQ=255) aaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGTTGATTCGATATGAATa > 1:325708‑M1/53‑73 (MQ=255) gATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGtaaat < 2:377653/91‑1 (MQ=255) tAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGtaaataa < 2:3196753/91‑1 (MQ=255) aaTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGtaaataaa > 1:406558/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 1:3688842/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 1:3327696/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 2:3701325/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 2:3369442/1‑91 (MQ=255) tGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGa < 2:3040809/62‑1 (MQ=255) tGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGa > 1:3040809/1‑62 (MQ=255) tGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATCAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAAc > 1:3280866/1‑91 (MQ=255) ggcgttGCACTTGTCTCAAATTAAAGCACGTCAGTATGGGTTGCATGGGTGATTCGATGTGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAAc < 2:241375/87‑1 (MQ=255) gCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACt > 2:1175622/1‑91 (MQ=255) aTTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTAt > 2:2293698/1‑91 (MQ=255) aTTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTAt < 1:165079/91‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTacac < 2:907557/91‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCAATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTacac > 2:3484122/1‑91 (MQ=255) ttGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGTATAACCATCTTCTTTATTGTAAATAAAACTATCTACAcc < 2:537028/91‑1 (MQ=255) ttGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACAcc < 2:2542433/91‑1 (MQ=255) tGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCa > 1:43286/1‑91 (MQ=255) aTTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCt < 1:2058622/91‑1 (MQ=255) tAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGt > 1:2363259/1‑91 (MQ=255) tAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGt < 2:944186/91‑1 (MQ=255) aaaTCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTa > 1:2067142/1‑91 (MQ=255) aaaTCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTa > 2:352260/1‑91 (MQ=255) aTCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTaaa > 2:350234/1‑91 (MQ=255) tCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAATCTATCTACACCATTATCGCTGTAAAg > 1:1377939/1‑91 (MQ=255) tCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAg > 2:716083/1‑91 (MQ=255) tCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAg < 1:2648875/91‑1 (MQ=255) tCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAg < 2:1864115/91‑1 (MQ=255) cACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGt < 2:3260418/91‑1 (MQ=255) cACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGt > 1:1323590/1‑91 (MQ=255) 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tACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCtttt < 2:1726450/91‑1 (MQ=255) aCATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAGATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTg < 2:3416935/91‑1 (MQ=255) ATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCa > 1:3773006‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCGTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCa > 2:2453925‑M1/1‑91 (MQ=255) | GACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCA > USA300TCH1516_ALE/1119824‑1120004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |