New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1119914 = | 190 (1.000) | 14 (0.080) | 7/148 | NT | 7.6% | coding (459/483 nt) | USA300HOU_RS05545 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1119940 = | 165 (0.940) | coding (433/483 nt) | USA300HOU_RS05545 | hypothetical protein |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTAATA > USA300TCH1516_ALE/1119850‑1120029 | tACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtc < 2:1932051/91‑1 (MQ=255) tACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtc > 1:2920382/1‑91 (MQ=255) gcaaaagacggtaaacgactttacagcgataatggtgtagatagttttatttacaatcaagaagATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtc > 1:511366‑M1/65‑91 (MQ=255) cTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtctt < 2:694338/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtctt < 2:2242011/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtctt > 1:409774/1‑91 (MQ=255) ttttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtcttc > 2:1489882/1‑91 (MQ=255) ttttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtcttc < 1:3764166/91‑1 (MQ=255) tttGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGGGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCAtcttca > 2:3840697/1‑90 (MQ=255) tGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTg > 1:20846/1‑91 (MQ=255) tGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTAGATATGAATAACCATCTTCTTg > 2:1247156/1‑91 (MQ=255) gCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGa > 2:3650339/1‑91 (MQ=255) gCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGa > 1:3455495/1‑91 (MQ=255) cATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGAt > 1:2829830/1‑91 (MQ=255) 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aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa < 1:767331/91‑1 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 1:3688842/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATaaaa > 1:3327696/1‑91 (MQ=255) gCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACt > 2:1175670/1‑91 (MQ=255) cTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTacac < 2:908085/91‑1 (MQ=255) ttGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGTATAACCATCTTCTTTATTGTAAATAAAACTATCTACAcc < 2:537028/91‑1 (MQ=255) ttGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACAcc < 2:2542433/91‑1 (MQ=255) tGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCa < 2:2239381/91‑1 (MQ=255) tGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCa > 1:43286/1‑91 (MQ=255) tcAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTAt < 2:2398021/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATc < 1:3224115/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATc > 1:2061535/1‑91 (MQ=255) cAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATc > 1:1402052/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCg < 1:1489882/91‑1 (MQ=255) aaTTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGc > 1:2217157/1‑91 (MQ=255) tAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGt < 1:3041879/91‑1 (MQ=255) 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ccTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCg > 2:1874388/1‑91 (MQ=255) cTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGt < 1:616692/91‑1 (MQ=255) cTCAAGATGAGTTACATGGTTGATTAGATATGAATAACCTTCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGt < 1:3615153/91‑1 (MQ=255) tCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGtt < 1:3175962/91‑1 (MQ=255) atatGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTAc < 2:2675807/91‑1 (MQ=255) tGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTAccat > 1:2532348/1‑89 (MQ=255) tGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGt > 2:1777851/1‑91 (MQ=255) tGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGATTACCGt > 2:3450317/1‑91 (MQ=255) cgTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATCAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTCCCGTcc > 2:133424/2‑90 (MQ=255) aGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAACTAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCt > 2:3486150/1‑91 (MQ=255) aGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCt > 1:1256773/1‑91 (MQ=255) aGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCt > 2:1434619/1‑91 (MQ=255) gTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCtt < 1:101011/91‑1 (MQ=255) gTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCtt < 2:3746412/91‑1 (MQ=255) ttACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCttt < 1:1658657/91‑1 (MQ=255) tACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCtttt > 1:1604248/1‑91 (MQ=255) 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tattcatatcgaatcaaccatCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGttt > 1:325708‑M2/22‑73 (MQ=255) gATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTgg < 2:2281457/91‑1 (MQ=255) ttcatatcgaatcaaccatCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGa > 2:1632422‑M2/20‑91 (MQ=255) ttCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGaa > 2:564226/1‑91 (MQ=255) cGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGaaaa < 1:3398144/91‑1 (MQ=255) gATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGaaaaa < 2:728438/91‑1 (MQ=255) gATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGaaaaa < 2:1604248/91‑1 (MQ=255) gATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGaaaaa > 2:2896343/1‑91 (MQ=255) 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accatCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGt < 2:802067‑M2/86‑1 (MQ=255) catCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTaa < 1:2989334‑M2/88‑1 (MQ=255) atCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTAAt > 2:1655925‑M2/3‑91 (MQ=255) atCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTAAt > 2:841382‑M2/3‑91 (MQ=255) tCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGataata > 2:3584303‑M2/2‑91 (MQ=255) tCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTAATa < 1:704969‑M2/90‑1 (MQ=255) | TACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACATGGTTGATTCGATATGAATAACCATCTTCTTGATTGTAAATAAAACTATCTACACCATTATCGCTGTAAAGTCGTTTACCGTCTTTTGCAAATTGGAAAAATAAATAGGGTAATA > USA300TCH1516_ALE/1119850‑1120029 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |