| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1183547 = | 196 (1.030) | 13 (0.080) | 10/140 | NT | 7.1% | intergenic (+58/+51) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1183585 = | 168 (1.010) | intergenic (+96/+13) | yfnB/USA300HOU_RS05910 | Putative HAD‑hydrolase YfnB/putative N‑acetyltransferase | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TCATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1183457‑1183637 | tctttttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcg > 1:1875049‑M1/91‑91 (MQ=255)tCATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAG > 2:2709911‑M1/1‑91 (MQ=255) ctttttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGa < 2:100796‑M1/2‑1 (MQ=255) cATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGA > 1:729799‑M1/1‑91 (MQ=255) cATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGA > 2:1985810‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGAC > 2:3299260‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACA < 2:1335335‑M1/91‑1 (MQ=255) tttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGacac > 1:3238364‑M1/87‑91 (MQ=255) tttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGacac < 1:2172686‑M1/5‑1 (MQ=255) tttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGacac > 2:2453970‑M1/87‑91 (MQ=255) ttacatcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACt > 1:1567301‑M1/86‑91 (MQ=255) aacaacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAAGAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTAC < 2:3466204‑M1/91‑1 (MQ=255) acaacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACG < 1:1681522‑M1/91‑1 (MQ=255) ctcatgggttttcaggtgtgggagcttaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaacataagataataatatttGACACTACGa < 2:2933284‑M1/10‑1 (MQ=255) atcatggatttacagatgtggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGa > 2:430416‑M1/82‑91 (MQ=255) aacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaa > 1:2706042/1‑91 (MQ=255) aacTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGAAATTGTAAAAAAGACACTACGaa < 2:598439/91‑1 (MQ=255) acTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaaa < 1:3449846/91‑1 (MQ=255) cTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGaaaa > 2:836724/1‑91 (MQ=255) tAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAg < 2:2008228/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 2:3673944/91‑1 (MQ=255) aaaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGa < 1:463749/91‑1 (MQ=255) aaTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGAt > 1:3533993/1‑91 (MQ=255) aTGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATg < 1:1320001/91‑1 (MQ=255) tGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGc > 1:3210451/1‑91 (MQ=255) tGATATTCTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGc < 1:1944498/91‑1 (MQ=255) atatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaa > 1:633617‑M1/1‑81 (MQ=255) tatTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtt < 1:1473797/91‑1 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt > 2:3656748/1‑91 (MQ=255) ttGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCAtttt > 1:2749318/1‑91 (MQ=255) tGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTc < 1:1049422/91‑1 (MQ=255) ggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 1:1143290‑M1/63‑91 (MQ=255) ggaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCt > 1:245873‑M1/63‑91 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatctttt < 2:1821902‑M1/91‑20 (MQ=255) gTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatctttt < 1:3279675‑M1/91‑20 (MQ=255) ttAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtc > 1:1519505‑M2/1‑89 (MQ=255) gaagctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTc > 1:1997205‑M1/62‑91 (MQ=255) tAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcg > 1:1979387‑M2/1‑88 (MQ=255) agctaaaaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGt > 2:3875338‑M1/60‑91 (MQ=255) gACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtag < 1:2909721‑M1/91‑25 (MQ=255) aCAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagt < 2:31183‑M2/91‑8 (MQ=255) cAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtg > 1:2679111‑M2/1‑83 (MQ=255) cAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtg > 2:1064048‑M2/1‑83 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtc < 1:1485176‑M1/91‑29 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc < 2:1737278‑M2/91‑11 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc > 1:1409829‑M2/1‑81 (MQ=255) aataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCtcgtagtgtc < 2:2655122‑M2/91‑11 (MQ=255) aaatatagagggacatgatgtcttattgtggaaaccataagataataatattcGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTc > 1:3754566‑M1/54‑91 (MQ=255) ataatTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCg > 2:2150997/1‑91 (MQ=255) atTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAat < 2:1907725/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAata < 2:327198/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAata > 2:1427498/1‑91 (MQ=255) tttGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAata > 2:70272/1‑91 (MQ=255) tGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtctttttta < 1:2921683‑M1/91‑36 (MQ=255) 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aaaaaaGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCctct < 1:1267518/91‑1 (MQ=255) aaaaGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCtat > 2:1776706/1‑91 (MQ=255) aaaGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCtata < 2:2694582/91‑1 (MQ=255) aaaGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCtata < 1:300520/91‑1 (MQ=255) aGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATAtt < 1:2035867/91‑1 (MQ=255) gACACTACGAgcatgaaaatgcatcttttcgtagtgtcttttttacaattactttcttaagctaatataagtaaatcattttcaaattatt > 2:1258504‑M1/1‑10 (MQ=255) | TCATGGAAACAACTAAATGATATTGTACGTTAAGACAAATAATTTGAAAATGATTTACTTATATTAGCTTAAGAAAGTAATTGTAAAAAAGACACTACGAAAAGATGCATTTTCATGCTCGTAGTGTCGAATATTATTATCTTATGGTTTCCACAATAAGACATCATGTCCCTCTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1183457‑1183637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |