| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1262900 = | 146 (0.770) | 13 (0.080) | 7/140 | NT | 9.1% | intergenic (+25/‑202) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1262943 = | 132 (0.790) | intergenic (+68/‑159) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAA > USA300TCH1516_ALE/1262810‑1262990 | tCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 2:3269848‑M1/91‑1 (MQ=255)tCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTA < 1:1852289‑M1/91‑1 (MQ=255) ctttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaAt < 1:1015872‑M1/2‑1 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCATGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:2158315‑M1/91‑1 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:1338711‑M1/1‑91 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT > 2:2277579‑M1/1‑91 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:809727‑M1/91‑1 (MQ=255) cAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:540569‑M1/91‑1 (MQ=255) tttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATa > 1:2812455‑M1/89‑91 (MQ=255) tttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATa > 2:1533986‑M1/89‑91 (MQ=255) ttgttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAg > 2:3238292‑M1/88‑91 (MQ=255) gttttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGcc > 1:2968292‑M1/86‑91 (MQ=255) aTTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC < 1:1678207‑M1/91‑1 (MQ=255) tttataaagctattgtaggaggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCa > 2:2195451‑M1/84‑91 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAAGTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3077374‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATATATGGCTATAGCCCAT > 1:998872‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 2:3821462‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 1:3070098‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT < 2:703486‑M1/91‑1 (MQ=255) tGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTcc > 1:368063/1‑91 (MQ=255) tGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTAGTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTcc > 1:3284321/1‑91 (MQ=255) aaGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCAt < 2:1568055/91‑1 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAc > 1:2836901/1‑91 (MQ=255) ctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACt < 1:2626630/91‑1 (MQ=255) tAAAGTAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTtat < 2:3584092/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTcc < 2:2663015/81‑1 (MQ=255) aaaGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTcc > 1:2663015/1‑81 (MQ=255) aagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAg > 1:445204/1‑91 (MQ=255) aagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAg < 1:175577/91‑1 (MQ=255) agCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGt < 1:397290/91‑1 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa < 2:1510168/91‑1 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa < 2:1980689/91‑1 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1980689/1‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACt > 2:462750/1‑79 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTAt > 2:3401203/1‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTAt < 1:954975/91‑1 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 2:3183537‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:3721‑M1/62‑91 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:137722‑M1/62‑91 (MQ=255) aGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagta < 2:2729061‑M1/91‑21 (MQ=255) aGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc < 2:2641191/91‑1 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtat < 2:2565179‑M1/91‑22 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCg > 1:1209688/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCg < 1:965454/91‑1 (MQ=255) aaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCg > 2:822050‑M1/61‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 2:749396/1‑91 (MQ=255) aaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 2:2900390‑M1/60‑91 (MQ=255) tATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatgg < 1:3810024‑M1/91‑24 (MQ=255) aataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGa > 1:3392832‑M1/59‑91 (MQ=255) tttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaa < 1:86304‑M1/91‑26 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 2:3545951‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:490536‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 2:3438155‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:1261353‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:2894089‑M1/91‑27 (MQ=255) aattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAAt > 1:754626‑M1/56‑91 (MQ=255) tGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatgat > 2:2614264‑M1/1‑62 (MQ=255) gAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggc < 2:1457586‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:1648360‑M2/91‑9 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta > 1:1043349‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta < 2:1182989‑M2/91‑10 (MQ=255) tattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGt > 2:2536731/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |