| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265511 | 171 (0.900) | 21 (0.140) | 14/130 | NT | 12.3% | intergenic (+19/‑154) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265527 | 160 (1.040) | intergenic (+35/‑138) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA | |||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTG > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265601 | ttaattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA > 2:301008‑M1/1‑91 (MQ=255)ttaattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA > 1:3391612‑M1/1‑91 (MQ=255)ttaattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA > 1:2832651‑M1/1‑91 (MQ=255) attGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattg < 2:1300221/91‑1 (MQ=255) ttGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattga > 2:2962675/1‑91 (MQ=255) ttGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattga > 2:681297/1‑91 (MQ=255) gTGATTTCAACAAACCAGTAAGAGCAATTCTATAAAAATATGCAAAAAATATTTAGAAGGATTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaattta < 2:1370572‑M1/91‑8 (MQ=255) tGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattgaaatt > 1:2048011/1‑91 (MQ=255) gATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAAttt > 1:100744/1‑91 (MQ=255) gATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAAttt > 2:3557526/1‑91 (MQ=255) aTTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaa < 1:1995247‑M1/91‑11 (MQ=255) tttCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTa < 2:1436121/91‑1 (MQ=255) tttCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTa < 2:1141601/91‑1 (MQ=255) tcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTc > 2:881107/1‑91 (MQ=255) tcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTc > 2:2571002/1‑91 (MQ=255) cAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCt < 2:2644407‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCt < 1:3036173‑M2/91‑2 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 2:2709162‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 2:1908556‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 2:2045249‑M2/91‑9 (MQ=255) aaGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacat < 1:2278520‑M2/91‑11 (MQ=255) aaGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacat > 1:261248‑M2/1‑81 (MQ=255) aGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacata < 1:2610296‑M1/91‑28 (MQ=255) gACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatac < 1:2715917‑M2/91‑13 (MQ=255) gACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatac < 1:1056998‑M2/91‑13 (MQ=255) cAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatacttt > 1:2234820‑M2/1‑76 (MQ=255) tCTATATAGATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataa < 2:263677‑M1/91‑36 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAGAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc < 2:1814617/91‑1 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc < 2:1995456/91‑1 (MQ=255) cTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACt < 2:1949480/91‑1 (MQ=255) cTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACt > 2:1571552/1‑91 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataatt < 1:1721846‑M1/91‑38 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtt < 2:3628027/91‑1 (MQ=255) atataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttt < 2:594831/91‑1 (MQ=255) atataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttt > 2:2781915/1‑91 (MQ=255) ataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttttt < 1:1225065/91‑1 (MQ=255) taAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAACGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTa > 1:3272014/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTaa > 1:3155085/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACACACTTTTCACTTTTTaa > 2:3704365/1‑91 (MQ=255) tttGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTc > 1:1164345/1‑91 (MQ=255) ttGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCa > 2:1547058/1‑91 (MQ=255) cAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTa > 1:3237068/1‑91 (MQ=255) aaaCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtt > 1:3876352/1‑91 (MQ=255) aaaCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtt < 2:7286/91‑1 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt > 2:1020719/1‑91 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt < 2:322970/91‑1 (MQ=255) cTTGTTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAttttt > 2:3438190/1‑91 (MQ=255) atttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACt < 2:904202/91‑1 (MQ=255) tttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTc > 1:409006/1‑91 (MQ=255) ttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTcc < 1:544806/91‑1 (MQ=255) tataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCt < 2:2693877/91‑1 (MQ=255) ataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaa < 1:3785914‑M1/91‑62 (MQ=255) ataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCtt < 2:2892227/91‑1 (MQ=255) aaGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaa > 1:216532/1‑91 (MQ=255) ttAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATaa < 2:1515531/91‑1 (MQ=255) tAATTATAAAGTATTTTTGATAGTGAAATTTTGAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTGGAATTCAGTATTGTTACTCCTTAAAATAAc < 2:3500745/91‑1 (MQ=255) tAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAAc > 1:1862855/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAACTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCCCTTTTTAAGTCAGTATTCTTACTCCTTAAAATAACa < 2:2524633/91‑1 (MQ=255) tataAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaa < 1:3398319‑M2/91‑58 (MQ=255) ataAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaat < 1:1514740‑M2/91‑59 (MQ=255) ataAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTAc < 1:1430886/91‑1 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACAt > 1:2480465/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACAt > 2:709882/1‑91 (MQ=255) aGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCg < 1:708148/91‑1 (MQ=255) aGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCg < 1:2123309/91‑1 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 2:3161728‑M1/91‑80 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 1:2275517‑M1/91‑80 (MQ=255) gTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 2:1964362‑M2/91‑64 (MQ=255) gTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGa > 2:1493682/1‑91 (MQ=255) tATGTTGGGAATTTAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGAc < 2:2419650/91‑1 (MQ=255) tATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 2:49068‑M2/91‑65 (MQ=255) tATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGAc < 1:3595158/91‑1 (MQ=255) tATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGAc < 2:2078560/91‑1 (MQ=255) tATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGAc < 2:391291/91‑1 (MQ=255) tATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTAATCCTTAAAATAACATTACCTCGAc > 2:2327005/1‑91 (MQ=255) aTGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctt < 1:2192914‑M1/91‑82 (MQ=255) aTGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctt < 1:3795344‑M2/91‑66 (MQ=255) aTGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctt < 2:1247166‑M2/91‑66 (MQ=255) aTGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACa < 1:1305904/91‑1 (MQ=255) tGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta > 2:966027‑M1/1‑9 (MQ=255) tGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta < 1:2398500‑M2/91‑67 (MQ=255) tGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACaa > 1:766081/1‑91 (MQ=255) gTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttac < 2:3458928‑M1/91‑84 (MQ=255) gTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttac < 2:3792419‑M1/91‑84 (MQ=255) gTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAAt > 1:103224/1‑91 (MQ=255) gTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAAt > 1:1185889/1‑91 (MQ=255) ttGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttact < 2:3182940‑M1/91‑85 (MQ=255) ttGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg < 2:3308704/91‑1 (MQ=255) ttGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg < 1:3045437/91‑1 (MQ=255) ggAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactgg < 2:754897‑M2/91‑71 (MQ=255) ggAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt > 1:2128759/1‑91 (MQ=255) ggAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTNTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt > 1:1560766/1‑91 (MQ=255) ggAAATTGAAATTTTAAATTCTTGCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt < 1:455273/91‑1 (MQ=255) gAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggt > 1:3000201‑M1/1‑4 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt < 1:3658640‑M1/91‑89 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt > 2:2046219‑M1/1‑3 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt > 2:3391612‑M1/1‑3 (MQ=255) aattgaaattTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGttttt > 1:1516564/1‑91 (MQ=255) attgaaattTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTg < 2:2177352/91‑1 (MQ=255) agaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtttg < 1:319880‑M1/91‑91 (MQ=255) | TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTG > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |